RnoINT0162649 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007422 | Vav2
Description
vav guanine nucleotide exchange factor 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1306285]
Coordinates
chr3:5884244-5937709:-
Coord C1 exon
chr3:5937593-5937709
Coord A exon
chr3:5884303-5937592
Coord C2 exon
chr3:5884244-5884302
Length
53290 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TCTCTCTTGTCTCCCCCCAGGTC
3' ss Score
14.09
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]