GgaINT0124995 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004052 | GPR107
Description
NA
Coordinates
chr17:6424897-6431756:+
Coord C1 exon
chr17:6424897-6424940
Coord A exon
chr17:6424941-6431705
Coord C2 exon
chr17:6431706-6431756
Length
6765 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGCAAGT
5' ss Score
3.24
3' ss Seq
TTTTGTGTTCTTTTTGACAGCTG
3' ss Score
10.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAATAAGACATTTACAGGAGGCTTCAGCAACAGATGGAAAAG
Seq A exon
GCAAGTAGCAGTAATTTTCTTACTGTTCTGTGCTGCATACCAGAAGATCTTGCCAGAATTTCAAACATGATGCTGATTTTTTTTTTTTTAAATATGTAAACTAGAGCTGTAAGCCTACACTGTTATTGTTGCATTGCTACTTTTCCTTTGTGGTCTTTTAGGAATAACTTTTGGGTAATGCCCTTTTTCATGCATTGCTTCAACAATTCATGTATGAAATTCATTTGCTGGTACCTGCACAGCCCCAAATGCTCAGGTTAGACACTGTATCTGGAGGGAATCATCTGACAGCTTTACCTTGTTCTTAGACTCAAGTTCAGAAGCAGTCTAGAAGTGTATTCTAGAATTGGTGTATATTTTGACTGATAGCCTAACTTAAATATCATCAGAAATCTGTTCCTACCTGGACAGAGGGGAAATAAATCTTAGTAGGAAACAAAATATAATCTGGCATTGGGTGTAACACAGTTCTCATCTTGTCCGTGTTTGTACAGCAGTTCCAAGGGCTGCTTGTGTAAAGTCAAGTTATGTTTATTGTAGCAGTGAAAGTGAGATGATGGATGGAAAGTCAACCCAAATATGGCTTTTGTAATCTTTGCTTTTCCTGCTTTGTCCTCTCTCTTCTTCCAAATAAGTTCCTCAGTTGGCTGCAGATTGAAGCCATGGAACATAGCACTTGCTTCCTTGGAAGCAGGCAGCCGCTTCAGTATTCTGTCATTGGATGCTGACTGAGTATATGTCTTCTGGAATCTTTCTGTGTTTACAAGTCTGCTTTGGTTTAGACCATCTTTGAAGCAGTGACTTAGTCATTTGAGGACTTTTTGTAAGTATTTTGTAAGTAAGGCCTGGTTCATAGCTGGCATGGATCAGTGTTCCTGTAATGAAGGCAGAGCTCCGGCACACAGTGGAGTCAGCAGCTGCTCCAGTGCTGAGAGCTCCAGGGCTTTTGCGTAGAACTGAGATGGAAGACCTTTACATCTACCCAAAGGTGATTAAGCCTGTGCTTACCTTGCACTTGGTGGTTCATATCACAAGATGGTGCTATGGAGTTGGGTTGATTAACCTTAAAACACTGAATGAAGGATGAAAGTAGGGTGGTGAACATCAAAGACGTTCAACATAAAGACTTTTGACCTGTCTGTCCATCATAGTGATGGGTGGAACCCTGATCTGAGTAATAACATTGTTGCTGGCTTTTTATTCTGAAAGATTTGTTGTAGTGTATAATGGAAGTAAGAGTATAGTGATCTGAGAAGTGCCTACATCTTACAGCTAGTCAGTGATGCACGCAGTTCCCCCTCAGACTGTCCCTTAGACCTCTGTCTTGTATCACTGATATGCACATGCAGCAGTGTTCTTCACAATGAATGCTGTGTGTGAGCCACCTGCTTCTGTAACCACATTTCATTGCAGGGATTCTGCAGATTCAGTAATTGTGTGTTGAGATTGCACAGCATAAGGAAGTGGTGAGCCTTATTATAAGGGAAGAGTTAAAAAAAATATATATATATATGTATGTATATATCAGGGAAAACATTGCATAGGCTTGTGCCAGATTGTACCCAGCACCCCCACGGGAATGAAGCTCTCATCAGATGTTAAATATTTAGAGGTGGTTGACAGAAGCCCATGGGGAGTGTTACCTGATGGTGTCATGCTGCTAGTGTGCCTGGTGAGGAAGGTAAAGATGATTTGGTTGCACTGTAAGTAAGGCAGAATCATTCATGGGCTTATAAATGAACCATCCTGACTGGAACCACATGCTCTTTACTCTGCAGGCTTCCCTTGGAGGCAGTATTCTGCAGAGGTGCTGCTCAGTCTCTTGCCTTCTCAAGAAAAGTAACACCAGCACTAACCCTGAATTTACCAAATGGAGGCAGTTTTCTCCTGAAGTGGTGAAAGCTACTGAATCCTTTCATATGCAGTCTAGCTGCTGCTCTGTCTATCCTGTGCTAAGAGCTGTCTGAATCTTGTGCAGAGTTCTGGTCAGGCTGCCTATTGCTAGCTAAGATTTATTGTCTGGCGTTACCTCAAAGGCTGTTTTCCCTGTTTCTCTTGCACAGACTTCATTATCTCAGAGGGTGTCTTGGGGAATTATATCCTATAAATTCAATAGCTGTTTTTCCTGTCTCTGGGTCTTCTGGTGACCTTTTTGCTGGTGAGAAGGTCCTAAGGAAAATTGTTTTCACTTCCTGTGTCCTTTAGAACTAACTGCTCCAGGACTTTATGGCTCAGGTTCCTGCTAATGTTCCTGACTGTTTGTCTGTCTTGTTGTCCGCTTCTAGCTACTTCACAACCTGTTATTAGATAGTGCTCCCTTGGGTCGAGTGCAGTCGTGACTGCAGTCTGACTAGAATAGAAATAAAGTAGAAAGCTGGCCTGACTACGAGTCTTCAGTCTCTTAGAGCTGTGCCTGCTGTAGGGTTTTATTTTACCCATCTGCAGTTATATAAAAGGCTTGTTAAACTGCTGGTGATTTGAAGTCACTGGCTAATGTTCACTTAAACTTGGTTTTAAAAAAATTAATTTTTGAAGTGGGAAAGCTAGAGAAATATGTCTAAAGCTATGACTTATCCAGGAAGACCTTGCAAGCACAGATGTTACGGATTGCTGGTGAGGAGTAGGCATGGCACAGCCATACAGCTGGCTCTGAGCTGCCTTGGTGTGCTTTTTTTTTTTTCCTTTGAAGGTGATCTTAAACTCTGAAGCAAAGTACTTGATGTGCCCAGGCTTCTTATGCTGCACAGTGGTGGGTATTAAAAAAATACAACCCCTTTTTTAAGGAGTTTTTCTCTTCCTCATTTAAAATCACCACCTTAAGCAAGTGCCTAGCTGCAGCCCTTCTGGTCTGTCACTGCATTTTTCAGAGGGAGCTTGCTGTCTGTCCACTTCTGCATCTACATTGTGGATGTCTTGCTTGCAGATGTGAGGAAATGAGCCTTGCTGACTGAACTAGGGTTGTTTGGGCTGCAAGTCTGCTCAACTATCACTGCCTTCAGAGGCCTTGTTAGAGAAGGAGGAGAAAAGACTGTTGTTGGAAGATTCCTTATTTTTGTTCAAAACTCAAAGATCTCAAGAGGTCACTGGGCCTCTCAAGTCTCATAACCCACTCTTACCTGACACCTATTGTTTGAGAGCGGAGCGGAGGGCTGGAAGCACCACTGCAGCTTTGGTTCTGCCAGTACCTCTGTGTGTTAAGAGACGTGAAGCTTGGTGCAGTCTGATCACGAACAGTTAGCTATTTTCCTGAAGCACTGCAGCATGTCACAGTTGGCAGCAGTGCTAGAGGAAATACATTGCAGTGTATAGCTCCCAGGCAACATTCCCTGTGTGCTGTGCAGTGGGCAAATGATTAATGCTTCCATGCTTGTTCTTCCTGACATGGAAACCTTTTGCCATATTCACCTTCATCCTGCTTCTATACCATGGAAGTGCTGTGAACAAAGCTCCCCATCCTGACTGGTGCAGAATACCCTGGCTTAGCTGAGCTCAGCAGATGTTGGAGGCAATGACTCCAGAGACCTGAGTTTAAAAACACCTCTGCAGCTCTCTAGAGAGGAGGGCCTAGTGCCTGGGTAAACATGCTCCAGGCAGTACACAGACATATCAAAACCCTGAGATAAAGTGTAGTGATTTCAGTCTCAAGACCTCAGTGAATAGCACAGAAGAGCTGAAAAATGTTGAGAAATGAAATAGGCCTGTTGTGTTCCAGGGTCAAAATAGCAGTTACGTGTTGCAGACACATTGCTTATCCTGTAGTGTGGAATTTCTTCTGAGTGTGATGGGGAACTTCTGTGCCAAATGGCTAACGTGTTTCAGAATATTCAAGATTAACTAGTCTGTGCCACCTTCACTGGCATGACACTGGGAGTTAATGTATCTGTATGCTTGACCTCTTCCTTCTGTTGTAGGAATGCTTTTAAGCAGAGTGCCATAGAGATTATAAGGCCATACTTCTCAGAGTTACTCCTGCAGTAGCTTTTTGAGGTCTAAATCTGCATGCATGACTTCATTCATGGGGGACAGGAGGGGATAGAAAACTTACATTTAGTATTTGGCAATGACATAGCATCTCAAATACATGAATTACTATAGTGTGCAGTGTACTGTGGAAATATTCTTATCTGTACTTTGTATTTGCTCTAGATGCTTTATATTTTGTCCTTGCATTCTATATTGTCTGAATTTGAGCTTTCTATTCTCTCATCTGCAGTCCTCTTACTGTTATTACATACGTATTCTGAAACGTTGCTTATTACTCTTCAAAAAGCTATTGTCTAGTGTGCAGGTCCGACTTTCTTCTTCCCCCATCTTACAGGCTGCTTCAGCATTTGAAATTAGCATAGAGAGTAATCTGAAAATGCAGATCAGGCTATTGCAGGCACAAGCTGTTAAAGTAAATAGTGATGGAGAGTGGAAACTGAGAGAAGCAGGGTATAGGTGTTATAAACCTTTCTTGGAAGATTGCTTTTATCTTAATTAGTCTGTGAAAGCAGTGGAACACAAGTATGAATTTATTTGTAAAACCTTTGGTAGAGAGTCTCTTTTATTCTTTCTCTACTCTGCAGTTAAGTACTGTTCCTTGAAGAATGGTTATCGTACTCGAAACATAAATTTACCCAACCTTTGCTGCATGCTGTGATTGCTGCTGCTTTATCACAGCTTCACAGGTTGGGACTGCAAGTGATTAAAGTTGTAAGTGACAGCTGCTGGCCTAACCTCTCTCCCATGTGTTGATGTTGATGTCTGTACTGCCAGGCTAGGTGAGCCTAAGTCTCCAAGTGTCCAGCAAAGCAAGACTCAAGTGTTACTGCGTGGAGCACCTTCAGCCTGTGGAAAAGCTGTCTGCAGGCTGCTGATGCCAAGCAGTGATGATTTTAGACTTCCTTCAGAACAGTGTGTGCTGTGACTTTGAGCTGTTGAGATAAACTGGCATAGCTGTGCATTAATACTGACTCTTAGTGTCTGACAGTGGAGAAGAGTATTTCTGAAGTTGAGAC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Seq C2 exon
CTGCCATTAACCCTAAAAAGCTGAAGCTTTTCAGGCATTACTATGTTATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004052:ENSGALT00000006449:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF068148=Lung_7-TM_R=FE(5.1=100)
A:
NA
C2:
PF068148=Lung_7-TM_R=FE(5.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]