GgaINT0133923 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000003339 | MTOR
Description
NA
Coordinates
chr21:4160334-4177083:-
Coord C1 exon
chr21:4176938-4177083
Coord A exon
chr21:4160410-4176937
Coord C2 exon
chr21:4160334-4160409
Length
16528 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
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3' ss Score
12.68
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
CATTAACAATAAACTGCAACAGCCAGAAGCAGCTGCTGGGGTGCTGGAATATGCCATGAAGCACTTTGGGGAGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003339:ENSGALT00000005284:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=PU(3.0=7.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]