MmuINT0102055 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000028991 | Mtor
Description
mechanistic target of rapamycin (serine/threonine kinase) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1928394]
Coordinates
chr4:147865730-147885955:+
Coord C1 exon
chr4:147865730-147865875
Coord A exon
chr4:147865876-147885879
Coord C2 exon
chr4:147885880-147885955
Length
20004 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TATTCCTTCTTTCCCCTCAGCAT
3' ss Score
9.47
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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TCAG
Seq C2 exon
CATTAACAACAAGCTCCAGCAGCCTGAGGCAGCTTCTGGGGTGTTGGAATACGCCATGAAACACTTCGGAGAGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000028991-Mtor:NM_020009:28
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=PU(3.2=7.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: