RnoINT0095462 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009615 | Mtor
Description
mechanistic target of rapamycin kinase [Source:RGD Symbol;Acc:68371]
Coordinates
chr5:165307689-165327073:+
Coord C1 exon
chr5:165307689-165307834
Coord A exon
chr5:165307835-165326997
Coord C2 exon
chr5:165326998-165327073
Length
19163 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
GTTTCTTCCTCTTCCCTCAGCAT
3' ss Score
9.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCCCCTACCACTGAGAGATGACAATGGCATCGTGCTGTTGGGTGAGAGAGCTGCCAAGTGCCGGGCATATGCCAAAGCACTACACTACAAAGAGCTGGAGTTCCAGAAGGGGCCCACGCCTGCCATACTTGAGTCCCTCATCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CATTAATAATAAACTGCAGCAGCCTGAGGCAGCGTCCGGGGTGTTAGAGTACGCCATGAAACACTTCGGAGAGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009615:ENSRNOT00000014167:28
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]