GgaINT0137758 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1P432]
Coordinates
chr23:837561-855665:+
Coord C1 exon
chr23:837561-837655
Coord A exon
chr23:837656-855600
Coord C2 exon
chr23:855601-855665
Length
17945 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTAGTAAGC
5' ss Score
4.41
3' ss Seq
ACGTGCTCTTTCTTTTACAGGCT
3' ss Score
12.03
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGAATTAAATCTTGGGCAAACGAGGGAGAGACACCATCAAAATTACAGGCTATCAAGTCCACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000021812:ENSGALT00000035354:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.136
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]