GgaINT1002801 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1P432]
Coordinates
chr23:823570-837655:+
Coord C1 exon
chr23:823570-823619
Coord A exon
chr23:823620-837560
Coord C2 exon
chr23:837561-837655
Length
13941 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACG
5' ss Score
10.52
3' ss Seq
CTCTTTATTTTTTTTTTCAGACC
3' ss Score
11.15
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGCAGAGGCAATGGCAGAGCCGCGGCTGCAGGGCGGGGGGCGAGCGCAG
Seq A exon
GTAACGGGCACCGCTCCCTCCCTCCCGTTCTCTCTCCTTCTCTGTTTCGCTTCATTTCGATTTCTTTTTTTTCCCTGGGGCAGAGGGGAGCTGGGGGCAGAGCAGCGCGGCGGGGAGCACCGGGGCACTGCTGGCTGCGGGGGTCTTAATTGGTGCCTAGCTCTAATTAAGGTCCGGACTTGCCGCGGGCTTGCGCCGGCCGTGTTACGCAGGGTGAGCCGTGCGTCCGCGTGTCCGCCTGTGTCCGTCCATCTGTCCAGGACGGATTTCCTCCTTAACGCTCGCACAGGAAAGTGATCGGGGAGCGCCACGTGACGGCAGCGAGCAGAACCCTGCGTGGGTAAACCCTGCGTGGGTAAACCCTGCGTGGGCTCAGTGCTCCCAGCCCAGCATCGCGGGGCTCTGCGGGAGGGGATGCGGTGACCCTTCGTGGGCAGTGACCCTTTGTGGGTGCACCGAGTGAGGGCACCTGGGGGTTACCCCGGGGGTGTTTTATCCCCTTCAGTCTTCATTCTTTGTCCTGGCTGATAGGTGCCCGCATCTCAGCCTAAATTGAGGCGGCGTTCAAATGCATTAAGTCTGACTAAATGAGCGCTAATGATTTAAGCTCCTTAGCCTCCTCGATGGAAATTAATAACGCTTTTGATGCACCCGGAGGTGCGATCAGAAACGCAGCCACGCGCTGAGCTGCTCTATGCAAATGTGTGGATTGTTGTTCCGGAAAAAGGCACCGCGCGTTATTATTAATTTGTTTTTTACATCATTCTGGAGCTAATTGGCTGAGTGTCGTGGAGGCGCCCGGTGCTTCTACCCGGCTCTGCTGCGGTGAGTGGAAGTGGCTGGGGCAGCTGCCACGGTGATTGATGGTGTGAGCAACACAACCCAGCCCTTGCTCCGCTGCTGGGGATCACCTGCAGCTTACAGGCTTTTGGTTTCCCTGGTGTTGAAAGACTGTTAGTGTCAGCGTGCAGAGTCAGCTTTAACTTTGGTGTGTTGGTGTCCCCCCACTGCCCTTTGTTACACCCTCTGGTTCCACTGGGCTCCAGCCATCCCCTGCCTGTTGGGACTGGTGTGGTTTTCTTGCAGCCTCAGTGTTTGGGAAAGTTTGGAGATTTGTAGGAAAAATGTGCAGGGTGCTGTTAGTGTGCATTGACAGCAAGAGCAGGTGGGGTTTGTGTGGGGTGGGATGTTTGGTTCTCGCTTGGCTCCCACGGCAGGGAGCATCGCTGCACCCGTTACTTCTTGGTCTTTGCACACAGCTGTTGGTGTAGAGCTCCTGGGAAGCTGCTTCCCTCTATCCCAGGGATGCATCCTTCAGTGAAGGATGGAGGGATCCTGTTGTAGGGTTACATGTGGTCCTGGCTTGCAGAGCAGCCCTCTGCAGGGCTTGCAGCTTGGTACTCAGCCCAAGGAGGAGTCACTAAGGAGAGGACAAACAGCACTTGTGGAGGACTTGGGTAAACGCATCAAAGCAAAAAGCCTTCCAGAAGTGACTGGTTCATTAATGGACGTGTTGCTGCCGCGCTGTTTGCACAGCTCTGAGCTCTGTGTCCCATGGGACACATCCAGCACCTGTGCTGTATCCCCTAAGAAGTGTCTCTGAGGGCCCTCTCCTCTCCAGGGGATGCTCCTGGAGCATCAGGAAAGGACCGCATTCGCTCTGAGCACTTTAACCCTCATTTCTCCATGAGGACCTCAGGCTTGCAGCCAGCTCTTCCCAGCGGCCGTCGGAGTGGGGCAGCGCTCGCCCTGCAGTGGCTGTGAGCGGATGTGGGGACTCCGTGGGGTGAGTCCCCTGAGAAACAGTTTCGAAAACAATATTTATTCAGAAGCTGACAACGAAAGCACTGTTGGGAGCAGCACTTCCCAAGCTGCGGGGACCAGCTGCCCTGGGTTGCTCTAGCAGGGAAATGCGCTGGGCTGGGGAAGCACCGCTGTCCCTGGGCTCTAGGGGATTACCGAGGGGCTCCTGGGAACTCCCTGCCCACGTCATGCCCGTGGCCCCCAGCCATGCTGGGAGGCTCCTTCTGCCTCTTTTCCCCAGGTCCCCTGGTTGCTGAGGCTGCCACTGCCTCCCAGCCACGTCCGGCTGCACAGTGAATGCAAGAAGTGTTTCAGCAGTTGCCATTTCTGCAGCAGTGCTTTGGAGCATTTAGTTTCTTGGCACGGGGTTCAAACTTAGGAGGAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAGCTCTGGAAAGTTATTTATTTAAAATATATGTTTTACGGCATTGTCTCTGAGTTTAAGAGGGCTGCTTGTTAGGAGATCCTTATAGCTCTGCAGGGACCTGCAGCCAGCGAGGATGCAGGGCAAGCATTTCTGCTGTTTTCCATCCTGCCCATTGCACTGCTGCATCCTTCCTCCTTCCCCTTGTCAACCCATGGGCAGTTCCTCCATGGTGCTCCCTGTGCTGCAGCAGGCACTGCTGGTGTGCAGGACGGGGTCTCCCCCACGCTGGCTTTGCATGCTGAGCTGGGATCTCGGTTTCTATAATTGGCGCAGTAATCAGAATGGGGATTTCATATTATTATTTTTTTTAATCCTTTCCATATCCTGCATAAGGTGAACCTTTTAATGAGCATCAAAGGAAGCACTGCGTGGGGAGGGCCTGTGTTAAAGGGGATTACTCAGTCACTCAAAAAGCATTTGGTGAAAGTAAATGTGCAGTAAACCTTTGTTATCCCCTACCTTGCCTTCCTTTCTTTGCACAGCCCTTCCAGCACTTCCAGCGTGGTGGGAAGCCTTATTGTACCTTGATGATAGAAATTCTTTTTTTGTGCTAATGAGATTTTCAGTTTCAGGAGGTCTCCAGATCCCAACTCGTCTTTCCCACACCATTTATCCCACCCTTCCCTTGTTCCTCCTGTGGACTTTGGAGGGTCATCTGTTCATTAAACCATTATTTAGGCTTTGCAGCACTGGGAGGCTTTGGGGTTTCTGTTATTTTGCTCTGCTTTACTATGAGACCTGCAGATTTTAGGCAGGAAGGTGAAGCGTGTCAGAACTTGGCTAGATCCAGCTGCATTCAGACCTGGGATTTGGGTTCCTGCGGCAGTATTGCTCTCGGATGCGTCGAGACCCGGAGGGGTTTGCTGATTCCTCATTTGGTGGTTCAGTTTAGAGGGGAAATCTCAAGAGAATCCCAAAAAATTAAGCCTGGCCCTTTTCCCAGCAAACCTGGTTAAAGTGTCGTAGTTCCCTGAAGTCTTTATTGCCGTGCTCCAGATGGAAATCCAACTACTGCCTTGCTCAGATGGGCTCTCCTGAAGTTTACTACCTTGTAGAACTCAAAAGGCCCAAAGTAGACACAAACTTTAATTGTATAACCACCTGCTGCCACTGTTCATAGGAATTACTGATGGGTTGAGGCCTCATGATGATGTGGAACAGCCTTCTTCACCTTGGGCTGTGTGGTTATTCTCTTGGTAATCTCTTCTATGGGCAGTGCTACAGCAATGTGGGTGCTGCTTGCTTTGGTGGAGGGACCCAGGTGGTGTTGAGTTGTGAACTCGTTATGTTCCCAGCTGGGGGTAGGGCATGCCCTTGGGGTAAAAGGCTGATAAGCCAAAGGCTTGATTGTGCACGTGCTCCCCAAAAGTGCAGTATGAAGGTAAGAAGTGGGTTGGATGCTTTGTAGGTCTGTGTTGCTGCTGGCAGCTATGGTGTGGTCTCTGGCCATACAATCTGGTGAAGGTGAACCAGTGGTTGCTATTTGTGACAGGGTACAGGGCTCACTAATTGTATTTGAGTGGTCCTATGGGCTTTCATGGGATTTAGGAGGACCCCATGTCTTATGGCTGTGCAGAGGAGAGGGTCAGCCCCACTGTGTGCTGTCTGGGGGCAGTGGGGACCCCAAGGAGACACTGACCCGGAGCTGCAGGGTTTGTCACTGCCTGGTTGTGTTTCAGAGTTTTCCATGAGGCATCGCTGGGTCTTTAAATAGCTGCCCACGGGTTTCCTGTGTTTCCTCCTGCACCGTATTCAGTTTTCCTGGGTTTGTTCCCTTCTGGGGACATTTACTAACATCAATTAAAAATCTAGAAACACTGAAAGTGTAGCTAAAGTGAGGTGAATAGAAATAAGCAAAAAAACCCAAACAAACAAGTGAGCTTGATGAAATTCACACGTTTCAGTAAGCACTGGAATAGCCCCCACCACCTGTAACACATGAGGAGCTGCAGGATGCTCTGTGGGCTGAGCTGTGAGCTGGGAACAGGGCAGTAATTTGTAGGTGCCACCACATTGTAAACCCAGTAAAACCCCTTGGAGGGTTTATGGCTACACCAGGTGTTAGAATCATAGAATTTCCAAGGTTGGAAAAGACCTCCAAGATCAACTAGTCTGCCTACCACCAATATTTCTCCACTAGACCATGTCCCCTAGTACAGCATCTAAACGTTTCAGGAAAAAGCTGACTCTCGGAAAGGAGCAAGTTAAGGGTAATCAGATGGCTTGGCATGAGGAAGGATGCAGCCCTCAGGAGGATGAGCATTGAAGGATGGAGGCGATGCCTGGTCCTTACGGAGATGCAGCCTCCAGGAGGTTGAGCGCTGCGTGGTGTTTCTAGAGTGGTTCTCCTTGGAAGGGCTGTTGGCAGTGATTCCTTTTGGCAAAAGTGGAAATACTGAAGGGATTTCTTCAGGTGAGCTAGTGAAGTTTCCTGACGTCCCAGCTTGAGTATTGGTCCAAACTGGAAGACTTCTGTAGGGGACATCAGGGTAGGAAGGACAGGATAAAGCCTTTCCGCGTGCATTCAAGCTGACCAGAAATCTGTTGGGCTTTTGCTTGTTTTAAAGAAGTAAATAGAGCGTCGGTTGTGTTTGAAACAAAACTGACTTCACTTTGAAGATGTGGAGTGTTTGACTTCTGGACAAAACAGTGCAGTGGAAGGTCAGGCCTGAACCAAGTACAGAAATGGCTTTATAGATAGATACAGAATAACATGAAGCTTTCTGTGTTGAAAGGGAAGTCAAACTGTGTGT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Seq C2 exon
ACCATTTCTACTCCTTACCAAGACCATTTTGAATCCTAATCCTGGCTTCCGAAGTACTTGCAGCCCGTCCCAGCCTGGTATCAGCCGCACTTTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000021812:ENSGALT00000035354:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]