GgaINT1006938 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009287 | ATF2
Description
Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O93602]
Coordinates
chr7:16179945-16189332:+
Coord C1 exon
chr7:16179945-16180031
Coord A exon
chr7:16180032-16189182
Coord C2 exon
chr7:16189183-16189332
Length
9151 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
GAAGTTTTGTTTTCTTTCAGAGA
3' ss Score
8.65
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTGTTAGACCTGTCACCATGGTGCCTAGTATCCCAGGAATCCCAGGGCCTTCCTCCCCACAGCCAGTGCAGTCTGAGGCTAAATTG
Seq A exon
GTAAGTGAAAAACTCCATTTTTCCTCAAGAAGACTAATTTGAGAAATTAATTAAATTTTGCTGCTTTTTAGAATGGCTTTAGTTTTCTTTTGTTGGTCTAAAATCTGCAACTGCAAATTTAATGACATAGAATAATAGTTGCATTTGGATTATAATTATTTTAAATTCCAGTGTATGTCATACTTTTAAATGGTCTTCAAATGAACTCTTTCTTGCTTCTTGTATTGGAGGATAGGAAATGTTAGTAGTTCGAAGAAAGACAGGTATAGTAGCTTGTCAGTGGTGAACATCACCTTCAGAGAAGCAGAATGTAGTTCCTCATAAAAGATGTGTTGTTTCTTGGTTTAAAAAAAAAAAAAAGAGACTAGGAAAAGAAAGTGTTGCATTAACAGTGTTTTCAGAACCTCAAATATACCCCAATTGACAATTTTTTTTTGTAATCTGCATTACTGACATACTCAAGAAGTTGTATTGTGTGTTTTCTGTTGTGTGTGGGCTATTTTGTTAAGGGAGTATTATGTGGGGAAGTTGTGAATAAAACAGGCTAAGATTTAAAAAGAAAAAAATTAGTAATCAAGTTATGGTGGTAGTTTGAATTAACTGAAAAAAACATCAGTTGCTTTGCTGTTTTTTCTGGCTTATCTTACTGCCCCAACTGTTTTAAAAACATATTATTAAACATAATGAACCCACTTACATAGGTATCAACAGAAATGCGAGTTGCTTTTGTCTTGTGAAGTAGTATTCCTCTTTTGAGGAACTAAAAAGAATCAAGAACACCTGCTACTTTTTTTTTTTGTATTTTGTACAGCAATATTGTTGAGTGGGAGGATTATCTTAACATTTTTTGTCTTATTTCTCTTTGCCTTTTCTTACCCATTCTCTCTTCCCAAACTTTTCCTAGTTCTGTCATGTTATCCTTTCAGTTTCATTAAAGCCGTGTAGGGAGGGACAGAAAGGTTAAAAGTCTCTTTCCGTGCATCCTTATCCCTCTAGGAATGGAATCATGGAATCACAGAATTGTTTGGCTGGGAAGGGATCTTAAAGCCCATTCGATTCCATATGTGGGCGGGGTTACTACCCACCAGATCAGAGCCCAGGCCCCTATCCAACCTGGCCTTGGACACCTCCAAGGATGGGGCATGCAGAACCGCTCTGGGCAGCCTCTTGTACCACCCTCTCAGTAAAGAATTTCTTCCTAACATCTAACCTAAATCTGCCTTCTTTTTGGTTAAAGAATTTGCCCTTGTCTTACTACATCAGACCATGTAAAAAGTTGCTTTCCCTCTGTTTATAAGCTCCCTTTAATAACTTGAATACTCTTTTCCATGCTGAACAAACCAAGCTCCCTCAACCTCTCTTAGAAGGAAAAGTACTCCGGCCCTCTGTTAATCTTTGTGTCCTATTCTCTACCTGCTTCAACAGCTCTTCTTCTTTCTTGTGATGGGGGCCCCAGGCCTGGTAATAACTTCAGTGTAACCAGGTCTGATGGGATGAAATTTATCTTAAATATAGGAGAGAAGAAGGTAAAAAAGTGTAAATGAGATTTGTTTTTCCCCACAGATATTGGAAATTTATAGTTATTAGGAGAGTCAAGTTTTAAGTTTTGCTTTGTGAAATAAGGATAAATTATTACCTAATATGTATTTCTTACTGTTGGGCAGGAAATTAGGTTCTTAAGGAGATTACTCTTGAGTGATCTGTCCTTATGAAGCTTTAAAGCAGGGAAGAAAATACATGTATGTAGTGAAGATTTTGATCTCACACGGGAAGAAGCAATCTCTTGGATGCAAAGAAAAACAAAGATCATTAGACTTAAAATTTAACAGTCTCATTAGTCTTCTCGTTAGAATTTAGCTAATATATGCACTTCAGTGATTGCCTATCTTTTTTTTAAATGAGCCTGTAAAAAGTATATTTGCAGTTATTTCTTCTTTCTTTCCTTGTTTCCTAATACAAAGCATGAGCAGAATTCAAGAATATCAGAATTATGTATATTTCTTATGCTCATTTACTTTTATGTAGTGCCTACTCACAAAAATAAAAACCTTAATTTCTTATCACTCCTCAAGTAAAGGCAACTTAATGAGAATTTTAACGTTGATGCAGAAAAGCTTACAAAAGGAAGACAAACTTACTATGCCATGTGATGCATTGTTGACAGATACATTATGGTTTATTAACTGAAAAGTTCCATTTAATTTTAAAAATCCAAACTTTTTGTGATGCCAAGTACTTTTATTTTAATTTTTTCTTGTATCTCTTAAAAATTATTTTGCTTGCAACAGACCAAATCCTTCAAAGGTATGGTATCAGTTTTCCTTTTCATTTGTGTTCCGGGCTAAGCCACAAGAATTCTTAAATACCTATTTTTACAACTACTTGTTTTCTTTTTACTTTATTGGTAGTTCTACTGGAAGGTGAAATATAAGCTTTTCTATTGAGTTAAATTTTATAACTGATCAAATGATGTATGTTTCATCTACTAACAGTAGACTGCAATTTATGGACTTACTGGTATGCTTAAATAAGCAGAAGACAGGGAACAGTTCCTGCATCTTTTTTGTACTGTATCCACTTCTCTGGGATGAAGCCTGTCAGCCTGATATTCTTACTGTATTTTAAATGCAATACTGAATGAAGGGGGACAGCTGTGATGTTGCTCTCTCAGCAATCAGGACATAGGAGTCAGGTTTTTTATAGATCTTTGCAATTCTCTTATCTGTTGGGTTTTTTCTTTTTAAATTATTTATTAGTTGGAGGTTTTTTTGTTCTTTACAGACAAATATTGCAGTCTCAGATATTTTTTCATACTGCATTACAAAATGTAGGTACACAATATGTAGCACATATTTTAAAAAACTAAATGCTCGGATGTCTAACTAATATTGCATCTGCTCTGCAGATATTAAGGTAAGTTTTACAATGTGTGAGTTGCAAAGCAGATAAGATAAAAGCCATGAGTTGTAGAACGGGAGTTCATGTGTTTAATGCAACTCCAGAGGGTTTTGTCGTGTACGCTTTTGGCCATAATTGTTTAAATCATTTATTTAAAAGACCTTGGTTTCCTAATGCAGTAGTCTGCTTTTTTCTACTGTCCATATGTATGACAATGCTTTTGTGAGGTTTTCTTAGGGCAGATCTACCTGCTTCAGAGATTCTGGGTTAAATTCTTGAAGAAATGTTAGAAGCAGCTTTTTCACATGAAGATGCGATAGCCTTGTATCGCAGAACTATACCAAGTACAGAGCTGTCTCGCGTAGCAGACACAACTCTGTACGTTTTAGATTAAATACTTGGCACAAAGCAAGGCGGGAACCAGGCGCTTCCCTTCATTTTTACTTTGTGCCTTTCTTTACTGAGGTCATTTCTGCCATTCTTCTTTTTTTTGCATGGCGTTTCAAGGAGCTGAGATATGTTAGAGTACGATCAGGAAGCATGTTGTGCTCTGATTTCATTCCTCATCTCAATTCTTCATTTCTCTCTTAAATGTTTACAAAAGGCTACTGTTACGGATATCTGTATTTTTTCCTTTAAATGAAGGTGAGAACTTTGAGCTTTAAAAAATATATTTTTGTATTTGTGTTTTTGTTATTTTTAATGATTGTAGAGGTTTGCTATTTAAATATTAACCTAAAATTTATTATTTAACTTAATTTCTACTGATTGATGTAAAACATGCAAATTTTCTTATTATTTGATGAATATCTATTTTGATGAACTACTTATGAGCTGCATATATCAAATTGTATATACAACATCATACATTTATTTGTATAAAATCATGAGTGAACTACGGTAAAAACAAGTTGAGTTTCTGATTTCTAAAAGCTAAAGACTAATATAACTTGAAGTCTTGTTTCATAATGGGCGTAGGATGCCTTCCTGGAGCACAATTAAGGTTTTCCTTCAGCTGTCTTAGGAGATATAACCCTTAAGAGACCTAATACAGTTGCTGAGTAACTCCCCCTCTCCACCCCAAAAATGGACAGCTTTTCAAAGTCAGTTTCCAAGTGGGCTCTCTTTGTATTGCAGTGTCCCAGCTTAGTGCACGATAGTCTGAACTATATTTGATAAAAGTTTTCAATCTGATATCAGAGTCCTTCAGAATGACAGTTCTGATTTTTCGTGTGAAGAGAGTTACTGAGTCATCACTTTGAGAGCACTGTTCTCTCTGTTAAAGTTGCTGGGCATTAAATAAGCATATGAATTCTATGGAGGGACAGCCACGTATGAAAACAGGTTCACTGAGTGAAATAGCAACAGTAGAAAATCAACCAACTACAAGTAATACAACTGCAAAGCAGATAAGATAAAAGCCATGAGACAAAAATGTTATATTGTCTATGTAATGATCCACATCCTTACAGTTGGTGACCTTGTTGCATACTGTTCTCAACTCAAACAGCTAAAATTTAGTGGACGAAGAATGTGTTAAGTACAGTCTTACTTGTCTGCTTGATCACTGAAACCTATACATTGTTACATATATAATGCTATATATGTTTCAGTGCTACGAGATAATTGTATGCAATTGGATTGCATTTTTATTTTACTGTAGCAAACACATGTTCCATTCACACCAGTAGCAAGCACTGTTACTGCAGTTTGGAATATGATTGGAACCCCTAACTCTTGTTGCTTGCAGAATTGATTGAGATATGACTAGAGATTTCATTCAAGCACAACCTTTTGTCTTCCGCTGGTATTCTTCTGAATGCATCCTTGTAAATGTACTGGGAGTGACAGTACGAATGAAAATGGGTTTTACATTTCTGCAGCGCACTTAATATAAATTGTCCACTTTGATGGCATGATTTCATATTTGTTGTGCTGAGGAAACTAAATGCTACATAGTTTAGTAAAAATAAAATGTACAGATTAGCCTTGTAATATTTTAGGGAGGATTAGAATTATATGTAATAGCTGTTACAAAAACAAACGAGCTTCTCAGGTAAAGGGTGCTCAGGAGTTAACAAGATGGTGCTTAAAGGTTCCTT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Seq C2 exon
AGACTGAAAGCAGCCTTGACCCAGCAGCACCCTCAGGTAACAAATGGAGATACTGCCAAGGGACATCCGAGTGGGTTGGTTAGGACTCAGTCAGAAGAGCCGCGACCACAATCACTACAGCAACCTGCAACTTCAACAACTGAAACACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009287:ENSGALT00000033263:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.971 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]