Special

GgaINT1012653 @ galGal4

Intron Retention

Description
eyes shut homolog (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21555]
Coordinates
chr3:84849971-84894862:+
Coord C1 exon
chr3:84849971-84850124
Coord A exon
chr3:84850125-84894753
Coord C2 exon
chr3:84894754-84894862
Length
44629 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
GATCCTCTGTTTCCTTCTAGCTA
3' ss Score
9.73
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAGTGAAAAGAATTTTGGAGAACAGTTTCTTCACTTATATCTTGTGGAGGGAAGACCAACAGTTCGATTCAGTTGTGGAAACTCTCAGAACATTCTGACTGTATCTGGCAATCAAACCATTAGCAAGGGAATATTCATCCCTATCATAATAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTATATGTTGCCTGTTAGCAGTCTTGAAGGTTACTGCATGATTGAAATGGCTGCAGACAGAAATCCTCCCGTACAACACAGACTCCATCTCTCATATCAGGCATCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016263:ENSGALT00000026224:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.190
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0221019=Laminin_G_2=PU(32.2=90.5)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]