HsaINT0059018 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000188107 | EYS
Description
eyes shut homolog (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:21555]
Coordinates
chr6:64708968-64776384:-
Coord C1 exon
chr6:64776231-64776384
Coord A exon
chr6:64709077-64776230
Coord C2 exon
chr6:64708968-64709076
Length
67154 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
CTCTTCTGTTTTACGTTTAGCTA
3' ss Score
7.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAATGGGAATAATTGTGGAAAGCAGTTTCTTCATTTATTTCTTGTGGAAGGAAGGCCATCAGTTAAATATGGGTGTGGAAATTCTCAAAATATTTTGACTGTTTCTGCTAATTACAGCATTAACACAAATGCATTCACCCCTATCACAATACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTACACAACGCCTGTTGGCAGCCCTGGAGTTGTTTGTATGATTGAAATGACTGCAGATGGAAAACCTCCAGTACAGAAGAAAGACACAGAGATTTCCCATGCCTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188107-EYS:NM_001142800:33
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.111
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0221019=Laminin_G_2=FE(36.7=100)
A:
PF0221019=Laminin_G_2=PU(42.9=81.1)
C2:
PF0221019=Laminin_G_2=PU(42.9=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)