GgaINT1015737 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016727 | JADE3
Description
jade family PHD finger 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:22982]
Coordinates
chr1:129520886-129535706:-
Coord C1 exon
chr1:129535654-129535706
Coord A exon
chr1:129520946-129535653
Coord C2 exon
chr1:129520886-129520945
Length
14708 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTAAGT
5' ss Score
8.31
3' ss Seq
TTTTTCCCCTTCTTCCTTAGGAT
3' ss Score
12.68
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATGCGTCAGGATGAAACGCCACAGGCATCTGAGCACCAGTGACAGTTCAGACAATGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016727:ENSGALT00000026992:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]