GgaINT1017785 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009564 | METTL8
Description
methyltransferase like 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25856]
Coordinates
chr7:17539023-17545673:+
Coord C1 exon
chr7:17539023-17539123
Coord A exon
chr7:17539124-17545514
Coord C2 exon
chr7:17545515-17545673
Length
6391 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAATG
5' ss Score
4.85
3' ss Seq
TGAGTTAATTGTATTTTCAGATC
3' ss Score
7.26
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCTGCTTCCTAAAAGTTGTCACCATCAACTGCATTTGCCAGAAGAGAAAGTGGACTTCTGGAGACAAGCTTGTGTTCTTTCCTCCAATGGCCCAAATGGG
Seq A exon
GTAATGTGCAAGCTGCTTGTCTTTGTGTTTCCGTGTCTGTTCTCCAGGATCCCTGAGCAGGACCTGGCACCTTTGCTGGTACTGTAACAGCAATGAGAGTCCAGTGCTGTGATGCTGTGGTGCATCGCCAGTGTTTAGGTGCAGCAAGAGAAGGTGCAGGTGGGGCAGTTACTTTTGCCCCACTGGTGCTCAAGTGGCTCTGCACACTGGTGGTCACCTCAGGGGTGGCAAAGTCCATCCATCCAGGATCTTGGAGAGATGTAAAGTAAGGGGGGTGGTCAGTGTAAGTTACAGATCAGTGAAATCCTCGTTGCCGTTCCAGTTCTCAGCAGCATCCTTAATAGTAGGAAAATTATGTGTTTTGTGTCGAGACAAATGATCTTTGGTTTGTTGTTAAAGTTTTATGTGTTCAGTATTTCATAGGGTTCAGAAAGCAGGGTTGAAAACAACTGTAGTGATTGAAAGATATACTTACATGCTTAGTAAGGATATAGTTATAAACACGTGTGTTTTCTTTTTCACTTACCTAAGCTCCAACCAGCAGAGGGTGCACAGGTTAACTGGGAAGCCTTAGTTTTGAGCTGTGTTTGTCACTGATGGCTTCCTCTTTATGTTAACCTTGAAATAGATGAGTTCAATAAATCAATTTTCTGTTATATTCTGATGGATAAATAAGAAAAGATGTGTTGAATTATCTCAGGAAAAAAGAGGAAAACCAGAGAATATGGGGGGAGAGGGCAGTAAAGGATTGTGCAGGATATTTACATATTTAAATGCCATACAAAAAGTCCTTACAAACATTCTGATCTGTGGGGAAACAACTTGTCTGTAAAGTTAAACAAATGCATGGGTTCTTGCAGGATTGTAACCTAAAGAATCACGTGTACGTTTGTGTCTTCGTTTCAGTGTTTAAGAAATTTGTACTGAGTGAACAGTATCTTCCTAACTTCAAGTTTATAGTTATGTGATCTCTGAGGATGCCTTTAGTAGGTGCAGTAGCAGAAGAATAAAATCGGAAAATTGCATTATAAATCTATTTAACACAAACTGGAAATTCCTTTCAAAAACGATTCTAGGATATCAAAATGTATGTTTAACTTCAACTAGAATGAAAGTATTTTTCACAAACTGAGGTATGTTTTTCAGTTAAAATTCTTTTCTGAAGCTTCATTTTAAAGTCAAAATTGTCTTTGGTAGTGAAGCCAGAACATCTACGTTATAAATTGAAATAATACAGTTTCAACAAAACATTTGTCCTGGTCAAAACAAAAGCTTTCATTTATTTGTATATAAGTGTTAATAGAATCAGTACATTTGGGGGACAAGCTTCTGTAAGAATTGTTTATCTCCTGCCATGTCAAGTAAAAGAAGAAATAGGAGCTCAAGTTAGTTTAGGATAGGGCTGATTACATTACTTTCAGCAGTTTAGGAATTGAATTCCATATATTCATCCATAGAATTAAGAATTAATTCAGATAAAACACTTTTGTTAGTTGCTTCATGTTCATGGCACTCACGCTGATTAAAGATTTACTAAATAAAATACATCTATATTTCTGAAATAACCATCCCTTTTTTTGTTGTTGGCTGTTCATGTGTCTGATCTTGCAGTTGCCATTATATTATCTTCATCTGCAATTTTTAACTGTTTTCATTACTTAAAAAACATATTAAAGATTGTAGTTGATTCCTTCAGTACTGGGGATAAAGCTTCCTTTGCTTCCACAGTCTTCCCAGACAATCAGATGCATATGCCTGTGTGAACTAATGTTGCAGTTCATAGTCTCAATGAACTCTTGAAGAACGTTTGCCCCTTTTTTTTCTTTAAAAAAAAAAAAGAATAAAGATAATAATACAATTCATAGTTTTGTAAGATATTGCAAAAATGGTTTATGTTGCAGAATAATTTCAACAGGAGTATCAGGGGAGAATAGCGGCTATTCTCCAAATTAGGAAATGAGGTAGTAATAATATTTTTAAACCCTCAAGGATTTTTAGCTCTCTGCTTGTCCCTAATAATAGTCCATTATATAGTACTTATGTACATTACTTTATCCCAAATAATATACCTTCAAGCTGTGTTGCTGTTTTCCTGGATATGTAATGGTCTGAGTAATTTTTTGTTGGGAAAAAAAAAAATCTTATCCTTCCTCATCTCTATCTCCCATTGCCCTCATACAATCTATTATTTTCTCAACCTGTTTGCACAGACTACCTGAAAGGTAGTGTAGGAACAGTCTTTTCTTAACCTTTTTTTATATGTGGTTAAAAGTACGTCTGCTTGCTGGTTGGTTGGTTGAGTCTTGTTTGCATCTGCTGTTGCTTTTTAACCAATGTAAACTGTTGCCCTGCAGGAGTCAGAGTAGTATTTTCTTTTTCCTTATTCAAAATATTTTTTGTTTTTCTTTTCCCCTTGATGTAGTCAGTGCTCTTCAGTATTTTCTGAAAGTTGCAGTGTGCCCACAGGGATGGCTGCATCGTTCCCAGTGATGATGCCTGAGAAGGAAAAACAGCTGAGAGTTTTAAATCTGCTGAGTTTGAGAAATGTGGAAATATCTTTGTGTTTCAACTGGGCACTTTTTTTAAAGCGAGTCATTGAAGGACTAATCATGAAGCCCCAAAAGGGCATGTTTTGTCACTTTGTGAAATAGAATAGCACTATGTATTCACTTAATGAGTGAATCTGGTTGATGGCAAAGTCTCTTTTGTTCCTTGCTTCCATCCTTCCTTCCTCCCCTCTTCACTTGGCCTACTCTTGGGTTGTACCTGGATCTCAGAAGTACTGAACATGTATTTAGGAAAAAAGACTACCGATAACTAGTAGTTATTCCTTCAGTGCTACCATCATTGGAAGGAGTTTTTCACTTTGTGTTCATGATCACTTTTACTACTTGCATCTGTTTTGTACAGCTAAGCTGTTCGATGGTAGTAAAATAAGTCAGCATATGCTTTATAGGAGGGCATTTGGATTTGATTATCAAGTGTTGTGTAGATAAGCTTCTAGGTTCCAAGTAGGACTAATGATACGAAAATCGTTATTTCCATGGTATCTTTCTGAACAGAAACGTAATGGAAGCTGTACATAGTCTTCCTAGTACAGATTCATGTTTTTCTTTGTAATGGTGATTCTGCATACAGGTAGGCTCAGCGATTGCAAAAGCTGATTGCTCTGCAGCGAGAAATCTGTTGTGTATCACAAGGTTTTCATCATTAACTTAACTGAAACTAGTTTCTCAGACAAAAAATGGGGAGTTATTCTTTTTCCTTTTTTTTTCTTTTCTGCTGACACCTATTTCAGAATTTATGCTTCTTAAGGATATTATTCATCAGTAAAGTGGTTTACCTATGTTTTGGTGTAAACTTCACTGTTTAAAGCAAGACTAAAACGGTTCTTCTCTCCTATATCTCCAATTTTATCTGTGTAGATGTAACTGCTTTGAGGTTTTAATGCCGACATCCATCATAAATGTTTAACTTGTTGTCTACCCAGCGGATGACATGTGTACCTTCTTCTGCATGTTCACCTTTTCCAAACTTTTCTGAAGGTGCTGTGTTAAATTGTTTAGGAGGGGAGGATTTTCTTAAGGCTATTCCTTCTCTGTAGCAGTAACAAAATTTTAAAGGCTAAAATGCAAAGCTCCAAAGGGAAAAATATGTCTTCTATTTGCTGTTGAGCACAGTTATTGAGTGTAGTTTCTGTGAAGCCTTTTTTTTTCTTTTTCCTGAAAACCAGTCAAAGCTTCTATAAAAAAGGCATTTTCAATGTAGTGCAGCGTCATGATAAGATCCTTAAAGGTAAAGGTTGGATTGCTTGGATTAATAATCAAGCTTTCCTGACTGTAGTTCTGGACAAGGAAATAATTCCTGATTCTTTCAGACATTTTTTGCTGACGTTGCTTTGGGATATGATCATCTTACCTGACAAAGTCTGGTTGCCGATTTCATCAACAAAATCAATCAGAGAAATAATCAAGGAATGACTCACTTCTGAAAATGAAAATTAGTCTTCCAAGCAATGTAAATGCTCTTGGACCTTCTAGTAGCCAGATTGCCTATTGATCTCATGATCTGTGGATCGCTGTATCTCTTAGATAAGTGCATGCCTCCAAGGAACTGCTTGATATTTAACACTGGATTTCAACAGTGAACTTAACTTCCCCGCCTTCCTCCCTATCCTTGCATTTTCTTGATGTTTCAGAATTTATCAGCTAAACTTGTGTAATTATCACTCAGAGGATCATATTCTCATAAAAAGAGCTGCATCTCTGGATTTTTACTGGTGCCGGATCATCTTAGTCATCTGACTATAATTTCCATCTGTGCATCTTTTCATGTTCTTAGTGAGATATTTAGAAAGCCAAGAAAAATTATGTGACTAGCCTCCCAGCTGAATCATTGTATTTTATGCTGAATATAAATGCTGTCACAGGAAATGCGAGATACTAACTCAGGTCTTTTTGAATGATTGAAGGAGGAAGAGGATTTGTAAACAGTTTGCAATGTAATCATGGAATCTTTATCCAGACACTTTTATTATTTAATGATGACAATTTTTTATTAAAAAATATATATATATAAAAAAAATTGTAGTAATTTTTGTGGTTTTGTTTTGTGTTTCTTTTCTACTCGGTTTTGTGACCAAGAAGATTGCCTTAATGTAAGTTATGTTTTGCAGAAATTGTCAAGGTGTGGTAGTTCTTATGCCTCATTGTTACTATTCCATAATGTTCCATATGTGTTAATAATGATGCATCTTGTTATGAAAAATGGTTCATACATATTTTTAGAGAAGAAGTAAAATGGACTGTATTAATTTAAGTGTAAAGTGGACTTGTTTTACTTGTTCAGCTACATCAAAAACAAAAAGCCATAATGAAATAATGGAAATTTGAAGAGGTTTCAATATTTTTTAATTGGATTAAATGTTGCATTTTCCCCTTATGGTGATGCCCCATATCCTGATAGAACATTGCAGGCCTGGTAGCCAAAATTTAACTGTA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Seq C2 exon
ATCTCCGAACAAAATGAATTTCATTACAAGGCTTTCTGCTTTGTGTCTGAGAAAAAAAAGCAATATGCAGCAAAGGTACCAGAGTAGTCGACGGCCAGCTGTTCCACTTGGATCACGGATTTTAACAGACCCTTCTAAAGTTTTTGAGCATAACATGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009564:ENSGALT00000015575:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.500 A=NA C2=0.537
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]