HsaINT1022855 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000123600 | METTL8
Description
methyltransferase like 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25856]
Coordinates
chr2:171392043-171434086:-
Coord C1 exon
chr2:171433883-171434086
Coord A exon
chr2:171392198-171433882
Coord C2 exon
chr2:171392043-171392197
Length
41685 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGC
5' ss Score
10.4
3' ss Seq
AATCATTTGTAACTTTTTAGGTA
3' ss Score
8.36
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTACTGCTTAGGATGAATATGATTTGGAGAAATTCCATTTCTTGTCTAAGGCTAGGAAAGGTGCCACACAGATACCAAAGTGGTTACCACCCAGTGGCCCCTCTGGGATCAAGGATTTTAACTGACCCAGCCAAAGTTTTTGAACACAACATGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123600:ENST00000375258:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains