GgaINT1018309 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009925 | MTA3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23784]
Coordinates
chr3:23389031-23405312:+
Coord C1 exon
chr3:23389031-23389185
Coord A exon
chr3:23389186-23405176
Coord C2 exon
chr3:23405177-23405312
Length
15991 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TCCTCCTTCCCTTCATACAGAAA
3' ss Score
9.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAAATCCGTAAGAAGTTTTCCAGTTTGCAGCTGAAAAGAGCTTCCAGAACACCTTGTTCTCCAATTCTTGCGAAGACAAAATCTCTCATGAACAATAGGCAGGCACGAATAGAGCCAAGAACCATCACGCACTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009925:ENSGALT00000016137:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.635 A=NA C2=0.505
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]