GgaINT1023362 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010910 | RAPGEF5
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16862]
Coordinates
chr2:30878787-30902239:-
Coord C1 exon
chr2:30902156-30902239
Coord A exon
chr2:30878838-30902155
Coord C2 exon
chr2:30878787-30878837
Length
23318 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
TCTACCAAACTGTCTTACAGACA
3' ss Score
6.76
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]