HsaINT0137416 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000136237 | RAPGEF5
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:16862]
Coordinates
chr7:22357606-22396533:-
Coord C1 exon
chr7:22396449-22396533
Coord A exon
chr7:22357657-22396448
Coord C2 exon
chr7:22357606-22357656
Length
38792 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGT
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TTTTTCTTTGTTTAAAATAGACT
3' ss Score
7.66
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGCGGCCGCGGCTGAGGGACCTGCCCGCGCTGCTGCGGAGCGGGCTCACGCTGCGGAGGAAGCGGAGCGCCGCTGGGGGCCGG
Seq A exon
GTGAGTGGCCCGGCCCTGTCCGAGTGGGCACGGGCGGCGCGCACGTGGAGCCCGCGCCCACCCCCCGGGCCGCTGAGGGGGGCGTCTGGAAGTTGGGGAGGTGGCGGAAGGGACGCCCTTCTGCCGGACTCGGCTGAAGAGGGGCCCGGGACGGCGGGTTTTGAGGTGCCACCCCCTGAGCGACGGCTTCCCCCGCCCCCACACCTCCCCCCCACCAGGCTGCACCTGACTTAACCCCAGGGCCCCCAGATTCAGGCTGCGGGACCGGGCATCGGCTGAAGACGAGCTGTTTGCCTCTTCTCGGAGGGGAAGCTGCAGGTGTCCAGCGTCCAACAGCCAGCCAGCCCTGTCCCAACCGCAAGCTTCAGGCCCCACGAGCGGCATCCCTGTTTGCAGGACGCATGCGACGTGTGTGCTTGTTTTGGAGGTGCTGTTGCAAGCTCTGGGCATCGAGACTGGTTTTGGTGGTCTCCACCGCCGAGGGGCAGACCCAGGAGTCGGAAGCTCTTGGGTGAGCTTCCAGTTCCTGGGTTCCGGTGTCTCCAGCACTTAATACTCCTGGACACCCTCTTGAGCAGGAGGGTGCACGCCCCCAAGAACCTTCAATATTGACTTCCTGATGGTGTGTTCAGATACGATTTCCTGGTGAAGGAGTGTCCCTCATTGAGTTCTAAGTGCATCTAATGACCTGAGCAGGTCAGGCATGTTTTGTATTTTTAAGAGAAGCAGGAAGGTCTGCTGATTGTCTCCTGGGATCTTTAAGAAGCCACCTAGGAGGCCCCGCCAGGGCCTCAGGACACAGAGCTGACTTACTCAGATTTCCCTGCTCACCAGGGTTTGGCGGCACCTTTGGTGGGTTCTACTCATCTTTTAAAAATTTATTATTAAGTGGTCTTTAATGAGAAGCTGCATCAATGTGGTTTTTCTTTCCCGTTTGGCTGTAATTTTTAAAATGCAGTCTTGTCTGACTTAAAACAAGACCTTGCTGGGAGACTTCTAGCTCTTTCAGAGATGGGTTTGTGTAAACTTGAGAGTGAGGGATAACCACTTGTTTTCATGCGCCCTCCTTTGGGTAGGGAAGGGTCTGAACTGATGTCGGTCTTCAGCTTCTCGAGGCTGCATCTCTCTTTTCCTAGGCATTTTCCATCTCAGGTGGAAAATGGTCCATCCCAGGTCCATCTCAGAAGATGTTCTGAGGATTCTCTGTGTGTGATGGGACATTCTTAAAGTCGGTGACCCAGAGAGTTTAGGAATTGCCCACAAGTGACCTTAACATGTGTGGCATTTAGGATTGCCTGCAAAGTAAGTGAGGAAATGTGTCCCCAAGATGTGGTGTCGGAATAAACAAGAACTGGAGTTATAGACTTTGCAGGAATCCAGGGAAAAGTAGGTCAAATTATGTTTCTATTATCCTTGACGGTTACTTTTTCATGGCACAGAATACTGAAGACATGAGGGCTGCCAGGCAGTCTGCGACAAGAATTGCTGAGGGTTTCTGTATAAATAGATCTATAGTATTTATTTGCGTTCATACTCATGTTTCTTGCTGCCTGGGAGGGTGTCGTATACCTTGTCAATATACCTATTTAGTTTTATTTTTTAATTACTCTGAATGTGGTTACCTCAGATAATGTATGCTTTATTAACCCTCTTTGATTCTAATACTGTATTATTTCTTTTTGGGACTTTCCAAACACATTTCGTAACTGCATAGCCAGTTTTTATTGAAGGAAGTTTGATTGTCAGTTTTTCCAGTGTTGGAAACCCATACTTTTTGACTATTTATTTGACTGTTTATTTCCCCTTTCTTCTGCCTTGGAACTACCTTTGTGATTTTGGAATCTTCCCCATCAAAGGAGTAGGAAGGGGGTTGAAAGAAGGAGAAAAACAAGTGAAATATGAACTTGTCTTAGGCAGCTCAGGCTGTCATAACAAAATACCGTAGACTGGGTGGTTTAAACAACAGGAATTTATTTTCTCACAGCTCAGGATGCTGGGAAGCCTGAGATCAATGTGTAGGCTGATTAGGTTTCTGGTGAGGGCTCTCTTCCTGGCCTGCAGATGACCACTTTCTCGTATATCCTCTCATGGCCTTCCCTTGGTAAACGCAGAGGAAGAGAGGGCTCCCTCTTCTCATAAGGCCACTAATCCCATCATGAGGGCCCCACCATCATGACCTAGTCTAACCCTAAATAATTATCAAAGGCCTCATCTCCAAATAATGTCATGTTTGGGGTTAGGGCTTCAACATAAGAATTTTGTAGGGGGCATACACTTAACAGTCCAAAACACAGGGGGTTTGAAAGAAAGAGAGATACAAGTAGAATATGTATCAGACTGGTTGGTTGGTGACTTGTTAGCATCTGGGATTGTCTGGTTAACCACCTTGGATTGGGCAGTGATGCTAATGCAAACAAATCATGGCTTGGATCTTTTTGTAGACCTTCAGCTTTGTGTCTCATGGGCCATACCTCCAGACTGGAGCTGCGTGACTTCAGGGATAAGTTAACAGAAATCCATTACCACTAGTAAAGACACAGCTTTGTGCATTACATGAGTTAGTTGAGTTTTCATCTCCTATATTGACCAAGATCTGATTTAGGAATATGTGTGGTCCTTATCCATGCTGCCCTGGGCTCCCACAAACCTGGACAATCTGACATCAACTGACATTAACAAAGTTCTTTGTGGGTTGTGTTGCTCAACCCAGGTGCATTATAGGCTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTCTGAGACAGGGTTTTGCTCTGCCACCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCATAGCTCACTATAGCCTCGACCTTCTGGCTCAAGCGGTCCTCCCACCTCAGCCTCCTGAGGAACTGGGATACAGGCACACACCACCATGCTTGGCTAATTTTTTTTTTCCTATTTCTTTTAGAGACTGGGGGTCTCACTACGTTGTAGGCTATCTGTTACTAGGAAAAAATCAAACTGCCATTTGGTTAATATGCCTGAGTTCCTTGGTTCCTCAGTTCAGTCACTTCTAGTTGTGTTGAATTCAGCATGCATACTGGTTAAGACTCTTTGCACTTCTTTAAGACAAATGAGGGAAAGACTAAGTTGTACATTGTGGGAGGGCCCTAACTACCTCTTAAAAATCAGTAGCAAAGTAATGCACAACCTGAGTTCCTGACAAAACCCTTTAATTTTTTTAATTGTATAACAGAGATTATGAGAGAATGGTATAATGAACACCTGTGCTTCAACAGTTATTAGCATTTTGCCAGTCTTGTTTCATTTATTTTCCCCCTCCATACACTTTTGTAGGGGCTAGTGCATTTTAAAACAAAATTCCGTACATCATGTTGTCTTACTCACAAATTTTTCAGTTTACGGTCCTGATAAGGACATTAAAAACAACAGCAAAACTTTGCCTTTTTCACACCTAAAATATTAATAATTTAAAAATATAATTTCCATATTCAAATTTTCTCAAAGTTGTCTTTTTACTTATGATTGTTGGAAACAGGAGCTAAATGAGGTCCACATATTGTATTTAGTTGTTAGGATTTCTAATTTATTTTATAACAGCTTCCCCTCCCTTTTTTCATGCCAGTGATTTGCAGAAGAGAGTGGTTCATTTGTGCTGTAGAACATCCTACTGTCTGGACTGATTCCTTGTGGTGATGTTTAGCTTGTTCCTCTATTCTGTTTCCTGTGATCTGGCAGTTAGATATAGAGGTTTGATTAGATATAGGTTCAAAGACAAGTAACCTTCATGGATGGTGCTGTGTAAAATCTATTGCATCACATCGTGAGACGCATAATGTCTGGATATCTCTCTTTTTGAGATGGAAAGATTGATTCGTGAGTTTAGGTAGTGTCACTTAGCTGTCTGTCTTCTACTTAATGATTTTAGTATCACAGATCGTTGTAGCCTAGATCCTTTTCATTAGGGGTTGCAAAATGGTGATGATCTAAATCCATCATTCTTCTTGCATTTATTAATTGGAATTCGGTCTGTAAAGAACTTTCCCTCATAAATTATTTAGGTCTCCTGAAATTCACAATGTGCAGGATAGACAGGGAAAAGTCTTAATTTTTTCCTTTTACCAACTATCAGAGTAATGATTTGGTGCTTTAACAATCTCCAGTGAGAACCAGTGAGTTTTTCTTTTTTAAGTGTCATTAAGAACTTATGAATCTTAATGTATTTGTTTCTGTCACTTCAGTCAATATCCTTTTTGGTGCTTGGTTTATCTTTGTCTCCTGTATACTTTTTAAATGGCCAGTAAACTCAAATACCTTTCTTACTTTTCTGACGCAAGATATTCTAAGTGCATCTTGTCCATAGTCTGCTGCTCCCGACCTGAAACCCTGAAATCAGCCATTTTCCCAAGGAGCATTGATGAATTTTTTTTTTTTAAACTGACAATCGTTCATTTCCCCATCTTTTACCTTTCTTAGTGGTTGCATTATTTTTCCCTTGGTCTTAAGCCTCCTACCTTACTTTTTTGTATCTTTTTAAGTCTTTCTCATCAGGTTGTTTCTAAGACTGATATTTTCCCCCTAATAAAAGAACTGATAACAGCTATTCCCTTTTTCTGTATATACTGTCAAAATGCTGGGACTGACTTATTTTGGGCTTTGGCTGCTGTGATGTTTTCTGCAGCCTCTGCCACTGTCTTCAACGTCTTGGTATCTGTTTCATTTACAGCAGCCAGAATGATTCACCAGTTGTGCCAAATTGCTCACCAAAGACCTTCAGTGATTCCCAGCTTTTGGATTGGTCATCAGAAGGGCCTAATTCTCTTTAACCACCCTTCACTAGCCAGGGTTCTTATGGCCTGTGCTCTTCAAAATTGAGAAACTGGGAAGAACAGCTGGTAGCCCTCTGAATGAAGTTCTCTCTTTTTCTTTGCCCAGATGATTCCGTCTCAAAAAGGAACAAAGTATCCCTTTCCCTTTGTACAAGCTGGAGTGCTTTAGCTCTGACTCAATACCCTC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Seq C2 exon
ACTCTATCAAGAAGAATATCTAATCCGTACCTTGAACATACGCCTTCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136237-RAPGEF5:NM_012294:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.506 A=NA C2=0.324
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)