GgaINT1027652 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015842 | TIAM1
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11805]
Coordinates
chr1:103917014-103933483:-
Coord C1 exon
chr1:103933227-103933483
Coord A exon
chr1:103917067-103933226
Coord C2 exon
chr1:103917014-103917066
Length
16160 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
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3' ss Score
11.15
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGCTACAGAGGACAACAAATGTTTCCCAGCCTTCCTACTGTAACACCCTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015842:ENSGALT00000025542:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]