HsaINT0012411 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000162980 | ARL5A
Description
ADP ribosylation factor like GTPase 5A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:696]
Coordinates
chr2:151806821-151812440:-
Coord C1 exon
chr2:151812357-151812440
Coord A exon
chr2:151806973-151812356
Coord C2 exon
chr2:151806821-151806972
Length
5384 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
AGTTTTATTTGCTTTAATAGGAC
3' ss Score
7.84
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTGTAATAGTTGTTGTGGACAGTACAGACAGAGAGAGGATTTCTGTAACTAGAGAAGAACTCTATAAAATGTTAGCGCATGAG
Seq A exon
GTAAGTAAGTAGTCTTTTTACATTAGATATGGGGAAGGGTATGGGAATCGATACTTTGTTTTCTAGTTTCTCATGAGGGTGCTATCAATTTCAAATTTTTAAAAATAATTAGTTATTTGCGGGCCACACTGCTCAATTACTCTGACATCTCCCAGTTTGGAAGTGTATCCAGAAGCAGCAGAAAGATTATGGAGTAAGTTGCAGAACTTTATTTCACTTATCCTAGGTACATTTGGTTTCACAATTTTCCTGGGCAAAAGTAATTTCTATAAGTGGCTTTCATTTTGCATTTTGAATAGATTAATTATACAGAGGATTATCATTGGAAATGAGATTTTAAAGTACCTGGGTGCTTAGCAATTCTTGATTGTTACTCAGCAGACTAATATTTAAATGTAATTGCTGTTAGGTTTCTCTGATATTGTCCCTTTGACTAAACAAAACTAGATGACTAGCCACATTTTCTTAGTCCTTGAAAAATAACCTGCCAGGCACAGTGGCTCACTCCTGTAATCACAGCACTTTAGGAGACTGAGGTGGGGGGATCGCTTGAGCCCAAGAGTTCAAGACCAGCTGAGCAACATGGCAAGACCCTGTCTCTACGAAAAATAAACAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGCATGCACCTGTAGTCCCAGCTACTCGTGAGACTGAGGCGAGTAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCAAGGCTACAGTGAGCTGTTCTTGCCACTGCACTTCAGCCTGAGTGACAGAGTGAGACCTTGTCTCAAAAAATAAAATTAAAAATAAATAAGTAGAAATAAAAATAGATTTAAAAATTAAAATTTTTTAAATAGAAAAATATTACGGTAACATAAATTTAAAAAACTGAATAATATAGTCAACTTGATAACTATAACATTATACTGTTTATATAGTATTTAGTAAAATTGATTATTTTTGGATATCTTATTGCAGATGCTACTTTCTCAACTCATTTATAGATAGGAATAGAAAAGTTAATATTTAGATATATAGAGTTTTTTATTTCAGTGGAATTTTTTGCAAAGCTTAGGAAAACACGGATATCTTTGTAGTGAAGTTTTATGTTAATTTTGTTATTGATTTGATGATTTGCTTTTGAGATTTGCTTTAAGAATTTTGTGTATTTCAGGCAACCTTTCAGGGCTTTAGGGAACCTAAGCTAGTAAAGTAGTTTTGTAAATTGAGGTTCCTCATTTCCTTATGACCACCAAGATGCACCTTTTCCTATTTTGGACTCTAATTCCAGCAGCTGTGTTTAAACCTCCTGGAGATTTACAGAAATACGTCTTGCCATTCTGTGTTCATTCGCCAGATTCATTGCTAGTTGGGATACAAGCAATAAGCCGTAAAAGAGGCAGAAGACAAAGGCTTTTTTTTGTTTGTTTTTTTTTCTTTTCAAATTCCTATTTTGCAAAAATGCAGCATTTTTCAGTTTATTCCAAAGGGTGGTTTTATGAAGACTTTGGAAAAAGAAAAACTGATACAAATGTTATTTGTCTCTGGACTATATCTTTTACTTTGTTGACAGGTAGTCTCCCTATCTGATTTTTACTCTAATTGGCCAATATGCAGCAGGATCACTATATGAAGAGCCCAGTAGTAGGGTTCAAAGTCTTTGATTTTTACTAGCTGGGGGCATTAACTTACATAGGTCACTTAACGTTATCTGTTATGGGTGACTACACTGGGGCCCAGAAAGGTTATGTGACTTGACTAGCTTTTTAAGAGCCAGGTTTTGAACTTGAGTATTCTCATTCAGACTCTTTATTAGCAGAAGTAAAAAGAAGACCTAAGTAGGGCCTAGTTGGAAAGTGAAAGGAGACTGAATGAGGAGATGACCAGAGAAGAAAGGAATTACAGATGAAGTTGGGAGTTTGAGCAAGGTACTCAGTAGGGTCAAGAAGAGCCAAACAGGCAAAATTCTGCAGAGAGACAAATGGATCAAAGAGTGAGAATGTGTGAGTGAAAAATAAATGTAGACATGATGTTAGTTGGATGTTTCTTACATACTACATAAATCAACAAAATCTTATTGTCATCACTGATAATGACTCTTTACATTATTACAAAATACAAAACTGTAAAAATTTTAAAATAATTTTCAAAGTTTTATCATAAATGAAGTATACAACTTTAGAACTCATTAATTTTAAAATGGTTCCAAACACCAAAGTCTGAAATTTTATTCAGAATGACTCAACTTCTAGGAGTTACCTTCACAAATGAAGTTTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGATACAGAGTCTTACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACCGTATCGGCTCACTGCAACCTCCATCTTCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCAGAGTAGCTGAGATTACAGGCGCCCACCACCACGCCAGCTAATTTTTTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCGCCCAGTCCCCAAATGAAGTTTTAAGAAACAAATTGACAACTATATATGGTATATAGAAGATGCTAAGTAAATGTGTCTTGCAATTGCTGTTATTCATCTCCTTGATAAAACTAAAATATATCTTAGACTAGAAATTTGTAGCAGAAGTGGTTTTAAAGTGTTTGAAATGGTTTATGTACAAAAGATCACCGTTGTTCACCTTATACTTTGACCTCTTGTTAAGTCACGTTGATGAACAGCCTTAATTTAATATATCTATTTTCTACTGTTCTAATATATACATATTTGGTTTTGAGGTTATATAATAAAAAGCAAATGAAGATTTTCTTCTCTTTCTAAATATGTAAAAATTGATAAAATAACTTCTTAGAAGTCAAGAACTCTAAATTAAAGTTTGAACCTTTTAGATCTAGAAAAACTGATTTAAGATATTTGGAGACCTTTTATTAAATGGCTTTGTTTTTTGTGTTTTTCAATTTTCAGTTCAGGGGCTTCTACAAATAATTTCATCATTAAGAGTGAATACAGATTACTTATAATAATATAAACCGTGTGTCCTAACTTGTGCCAAGTATTTGTCAGAAGGTTGTTCCTTCAACATGTCAACATTAGCAAACTTGACCTATATAAGACTTCAGCACACACTAGCAAGATGTACTGAAACTGAGAAGATAGGAAGTTAGGAATTAAATCCCATGGAAAGTCCATCTACTTATTGACTCAGCCACATAACAACTATTGATAATGGTTTCTTTGTGTTTTTTTGAGACAGAGTTTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCTATCTTTGCTCGCTGCAACCTCCACCTCTTGGGTTCAAGCTATTCTCATCCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGAGTACAGGTGTGCACCACTACACCTTGCTGATTTTTATATTTTCAGTTGAAACGGGGTTTCGCCCTGTTGGCCAGGCTGGTTTCAAACTCCTGGCTTCAAGAGATCCACCCACCTCGGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACACCTGGCTGATGAATGGTTTCATTTTCTGTTTAGGAGAAAAGAAAAAATATTTACTGTATATCCTTGATAATGACTATATGTATACAAGTTATACTTTATCTCTTCAAGTTTTTTGCCTTTGATATAGGCAGGTGAACTGAAATATAGGTGAAACTAGTTGAACATGAAATCTTAAAATTGCAAACATTGTAGCAGTATTCCTTTCTGACCATACTTAATGAGATAACTATATAAACTGTGGTAGCATTAATAGCTGCCATCCTGCAGAGGGCACTGTAATTAAAGTCAGTCTTGATTGTTATATAAATATTTTACATAACTCCTTTAACCAAATAAGAAATACAAATATACTACTAATGTTTTTATTTGCATCAGAAAGAATCATCAAAACTGTATTCTAACAAAAGTCATTTTGTATCTGCTGAAGATTTTATTTATTCAAACACATACATTATTGAAACCAAAATATCTCAGTAAAATCCCTAAGAAGACAAATGCCATTCAACAGTTGTGAAAACTTGCAAGTGTGGCACCAAAACCTTAATTTTATATCTCTTAATATGTAACAGGCAGAATTTTATGAGGGTTTCACTTGCTAATTGAGTACATCCTTCATGGATTCTTGGCCCAGTATCCATGTAGGGAATTTAGGCTATTTATTAACACCCTCAAATTGTACATAAACTTAAAAAAATTTTGTGTATATGCATATGTGTGTTTTGGGGGGAAAGATCTGTGATTTTGAACAGATTATCAAGGAAGTCCCTGGCTTTAAAACTGGCAGGTAGAGAGGAGTGGGGCAGGAAGAGACTAAGAACTTTTGGCCTGTTTAGTGAGTAAAACATTATACCAGTTATTTGGAGTGTGCACAATTACATTCGGAAAAGGGTTAATGCAGTAGGTGTCTTGCTCAGATCAGATACTCAGTAAAAGATATGAGGAACAAATTCAGAAAGCTTAAAGAACTTGCCTCTGAGTCATAGCATTGAAGTGATAGAACTTCTAATTGGGGAAACTTGATAAGTTTAATGCCACTCCAAGATGGCTGTATTACATATTCAAATCTAAGAAATCTTCATATACAATGACAGAAATTAGGGTGAATAGGATTGGTTTAGGATAGAACTTCAACTGAGAATTAAGCCCTAAGGTTTTAAGGCATACATTGTAATGAATTCATTTATTTCCTATGCAGCTAGAAGGTACTAGCTGTGTACATTATTGGGAGATTTGCAATGTAGTCACTCATCGTTTTCTTTGGAGCTTAATTCTCTTGTGGAATCCTGATTGGGAAAGGCTGGTTTAGGAGGTTGGAGGGAAGGAAATACATGCAAGAGAAATGATTTGAACAACATAGAGATGGCAGTGCCCAAAACTGTTTAGAGAGCAGTAGGATAGGTTGCTAATTACAGCAGA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Seq C2 exon
GACCTAAGAAAAGCTGGATTGCTGATTTTTGCTAATAAACAAGATGTTAAAGAATGCATGACTGTAGCAGAAATCTCCCAGTTTTTGAAGCTAACTTCTATTAAAGATCACCAGTGGCATATCCAGGCATGCTGTGCTCTAACTGGCGAGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162980:ENST00000295087:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002516=Arf=FE(15.7=100)
A:
NA
C2:
PF0002516=Arf=FE(29.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development