RnoINT0020985 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006839 | Arl5a
Description
ADP-ribosylation factor like GTPase 5A [Source:RGD Symbol;Acc:621327]
Coordinates
chr3:37929437-37936954:-
Coord C1 exon
chr3:37936871-37936954
Coord A exon
chr3:37929589-37936870
Coord C2 exon
chr3:37929437-37929588
Length
7282 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
AGTTTGATTTGCTTTTACAGGAC
3' ss Score
9.25
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTGTAATAGTTGTGGTGGACAGCACAGACAGAGAAAGAATTTCTGTAACTAGAGAAGAGCTCTACAAAATGCTAGCCCACGAG
Seq A exon
GTAAGTCTGCTTTTGGTAGTAAGTGAGAATGGGCATCCTATTACCTCTTACAGTTCCTCATAAAGAGTATTTCAATGTAAAAAATTATCTGTTGGTCATACCTGCTTGTCATTCATGTTTTGGGATTTTCATACTTCCCAAATTTGAAGCGTGACAGGAAACAGGAGAAAGACTGCACAGATAACCGTAGACTGGTCTGTAGCTTAAAACTCGTATTTATAGGTCTCACTGGGCAGAAGAACTTCTGCTATGTAGCTTTCTTTTTAAGTTTTGGGCAAATTATTGATACAGAGGATTATTTTATGACAGGCACATCATAAGTACCTGCACATATAATAGTTCTTGAATGTTCTCTGTTATCAGACTAATATTTAAATCTAGTGGCTCTTAGGGGGGTTTTTTCCCCCATTTTTTTAAATCTCTTTTACCAAATGAAATTATATGACTAGCTCATAATTTTAAGTCTTTTAAAATACTACTAGTCACAGTATTCAAAATTTAAGTAAATTAGGGCTGTGTATATACTCACTGGTAGAATGCTTGCTTGCCTGGCTGTCCTCAAACTCAGAGATCCACTTGCCTCTGCCTCCAGATACCCCAGGTGTGGACCACCACACACAGCTGGAGGCTTTGAGTCTCTACAATACATTCCCTATTGAAAAAAAAAAAAAAAGACATTTCCCCATAGCTTATTGAGGCTGACAAAAACAGTAATCGATAAACAGGAGAAGCAGTTAAAAGGCAGGCAGTTTGACAGGCACACTACGTTCACTTAAGAAAACAGCAGCAATGGCCTCCTTCCTGAGGCTTGTGCCTTTCTTTGCCATCAGCTTTTGTCTGGTGTACAGCACTATACACTAGTCCCTAAATCCAGTTGTAAAACAGTAGGCCGCACCCATAGAAGTCATGCCACTGTTGTACCAGTAGTCACACATTTTCTTTAGCATGGTAGAGCTGTAGTCCACAGGATCCATAGCCAACCAGATTGCTGGAGACAGTTCTTTCTCTAACAGCCCACAAGTACCTTCTAGCTCTGAAAACCATCAGTAGGAAGGATTAACAGTTAACAATGTCTGATATCTCCATATCCTGTAGCCAAAGCATGCATTGTCTTCAGCAGTATGGACTCTACGCAGCTCTGGCATGCAACAGAGAACAGTGGCATTCCTTTATAGTTGTGGCCTTCAGGGCCTCCCTAGCTGACAAGTCATTGAGAGGTTGCCTACTTCTAATATTGGGATTTTTGCCAACAACTTAGAAGTGCTTACCCAACTCACCCAGTGCCTTGGTTTCTTTTCCTGTTCATGTAATACAGTTACTCTGAGAAAAGCAGCTTAAGACAGAATAGATTTGTTTCAGTTTATAATTCCAGAACTATATAGTCAATCTTGGTGAAGAAAACACAGCCAGAAGGCAGGAACGGGAGGCTGACTGATCACATAGCACCCAGATTTAATTAGCAATAATCGCACTTTGGATAAACCTCATTGGCTACAATACCGCCACTGCCAAAGCTTGCACCCAGATCTAAGAAGTAGAGACCAGTGGGAAGTGGGCTTTGTCATACAGTTTCAAGGTCTACCCCGGTAGTTTAGTTCCTCCAGTAAGGCTGTTTCTGAAAGTTCTGTCATCTTAAGCGGCATCACTAGTTGGGAACCAAGTGTTTACACGAATGAGCCTTTAAGTGATCATTTCATATTCAAACCACAACATAAAAAGTTTTGTATTTAAAACTGTAGCCTTTAGTGTTCTTGGTGTTTTTTATATATCTGTATAACAAGTATTAGCATTGTGTAATGAAATATTTTTACAAACCACAGGTAGGATCTCTCAAAAACTACCATAGTAAGTACCAGTTGATGGCTGAAGGGATACTAAAAAAGAAACATTAGCAGATGTAATACAGCACAAAAGATCTCATCATACCTGCCAGTTTTGTTGTCAGAAGAGAGTGTTGAGAACAGCATATCTGAATGAGAGATAATTGCCCTTTAGTGTTCCACAATCTAAAACATTTACTATGAGTCATCCTACTTCCTTGCCCTGTGTTATTGTGCTACTTCAAGGCTGCTCCATATTTCTTTAACACCAGCAAGTCCTAACTGGACTAGATTTCACTGCTCAATTTGGCTCACTCCCAAGTTAGGAACAGAGCCATACTTGCCTGCTATGTCTAGCACTGGAGTCAGCTTCTTGGTTCTGACATGTTCTAGGCTATTATTGTGCCTTTGCTTTTATATCAGCCAAATTTGGCTGCTGAAAAGATTCCATGCTGGGCAGTCTCCACTCCCAGTATGCTTTTTTTATATATACACTGGAGCTATAATTGCCTAGCCCAAGGCAAGCTTATCACTTGGCTCTTTTATCACTTAAGTCTTCTGTAAACTGCTCTTCTGGTTTTTTAAGCCCTTTAGAAGCTTAATAGCACAACATTTGACTTTCTATTGTTTTTCTGGGAATTCAAGCCTAACAGAAATATTATCACATTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGCTGGGGACTGAACCCAGGGCCTTGCACTTACTAGGGAAGTGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCCACATTTGTCTTAATGTAGCCTAGAGACCAGCTTTGACCTTCTCTCATTCCCTCTTATTTACCATTTTACAAAACTGCCAGTCTTCTTCATTTAGATTCATTAAAACCTCTCTAACCTCATAAAGATCATGTCCCCTCCTAGGGTTTAGCAACAATAGGGTACCAACTATTGTACCAAAGTTTGCACGATGAATTTATTGACTTACAGGAATATGGGTAAGGGGTTACACAGCTGACACAAAGGCAATTGACCCTAACACCCACACTATGCTGGTTGACTTCCTCATGAAAGCAGCATTCTTGCAAAGCTGTTTGCAACTTACAGATAGTTTTTATGATCCTGAATCTCTTCTCCCCGGTAGACCTTATATGTCTTATAACTTTGGGGATGAAACCTTGTGTCTTATAAGTTTTAGGAGCTTCCTGAGACTTGTGAGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCAGGGAATGTGATGAAACCTTAGAAAATTGGGATACTTGTCATAAAGTTGTATGCTACTATTGATTCAGTGACTTCTTTTGGATTTTGCATTACAGATTTTATTTGTTTCAGGTAGACTATTAAAAATTTAGGGGACCTAATAAAAGGTGGGGTTTGTAAATTAAGAGTACACTTTTCTTTTAGTGATTGTGCTTAATGAATGACCCCACCCCACCCCAGGTTTATAGGGAGTGGCACCATTAGGTGGTGTGTGACCTTGCTGGAAAAGGTGTCTCATGGAGTGTGGGCTTTGGTTTTAAATACTAAAGCCAGGCCCAGTATTACTTTGTCTTTCTGCTGCCTGAGGATCCAAATGTAGAAATCTTAAGCTAATTTTCCAGCACCATATATATGTTATCTTTAGCAGGAAACCTCCCTGTTTGATTGCTCACATTGTCTAGTATATAGCAGCTCAGTGTCTGAAGTACTTTTTGCCTGGGGACCCTAACCTGGCTGCTTCCCTTTCCTTTGGCTGTTACACCAAGGCCTAGAAAGTTTATGCGATTAACCAGCTTTTCGAGAGACAGGAGTTGAATATAACAAATATTTTGTAATGCCTTTTATTATATGTACAAACACTCTTACTTATACTCATTGCTGGGAGAAGATAAAAAGGAGAAAAGTACAAATCTGGCTGGAGCTGAGGAAAGCCTTAAAGATGGTGCTGGGACCCATAGCAGGCTCCCTGTTGGGCTGGAGCAGAGTCAGCAAGCAGGCGGAGCACTGGAGAGTGACAGATGGTGAAAGAGCGGAGGCACTGAATGAGAAATACAGTTAGGCGCGATGCTTCAGAGCTATCTTAAAGCAACACCCAACACAATTATTTTTTAAAAACAGGGTTTCTCTGTGTACCCCTGGCTGTCCTGGAACTTGTTCTGTAGACCAGACTGGCCTTGATCTCAGAGAATAACCTACCTCTGGGGGATCTTCTTTCTGTACCTCCCAAGTGCTGCGCAACACCACTGCCTGACAACAGCATAGTCCTAGTCAATCAGCATTAATAATTTCTCTTCAGTGTGTTCCAAACCTGAAAGTACATTTTTTTAAGCCTTCTCAAGGCTTATAAGAAATACTAAACCTTGAATATACTTAATTTTAACATGGTTTCAGACACCAAAATCTAAAATTTTCTTCAGAATGACTCAAATTGTAGAAGGTATCTTCACAAATGAAGCTTTGGGAGACAAAGAGACAATATTGTGTACCGCAGAGAAGCGGGTGTCTGCATTTGCTGCAGTTTGCTTGACTAAAGTGACAGACAAGTTAGACACTTTTCCTTTTTCCGTGCTTGCCATCGGACACAGGGCATCCATCACACGTCCCTGTCAAGCACTCTGTTGAGGAGCTATCTCCCCAGCTTTAGAAATCATGTGTATTTTTGCCAAGGCTTCATTAAGTTACTCAGGCTGGCCATAGTCATGTAGTCAGCATGCTTCAGCCTCCTAGGTAGTTGTGAGACGATGGCCTGCACTACCAGGCCTGGATATTTTACATTTTTGTCTGTGTAGTTTGCATATAGAGAACATTTAAATTAGCTTGTGAACAAAAGGTTACTGTTGTTTTACCTTAAATTTTCATAGCTTACAAATTTAATTTAATAAATAGCCTTTAATCCAATGTGCTTTCTGTTACTGTCATAATATTGCGTTTGGTCTTGAGGTTATGTAATAAAAAGCAGATTCTCTACCCAGGTAAGATACTATTTTAGGGTTGCCGGTTGTTGTTATAATTTTCAATAAGATTGTTGTGTTTGGTGTGGTGTGCTCGTGTGTATTGTTATGCTGTGGAGGCCCATTGTTGATGTTGGGTGTCTAAGATTCACTTCCACCATATAGCGAGGCAGTCACTAGCTTAATTTGGAGCTCTGTTTTGGCATGCCTGGCTTTGCAACTTTCTCTAGGG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Seq C2 exon
GACCTAAGGAAAGCTGGGTTGCTGATTTTTGCTAATAAACAAGATGTTAAAGAATGCATGACAGTAGCAGAAATCTCCCAGTTTTTGAAGCTCACTTCTATAAAAGACCACCAATGGCATATCCAAGCATGCTGTGCTCTCACTGGCGAGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006839:ENSRNOT00000009181:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002516=Arf=FE(15.7=100)
A:
NA
C2:
PF0002516=Arf=FE(29.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]