HsaINT0012446 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000177917 | ARL6IP6
Description
ADP-ribosylation-like factor 6 interacting protein 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:24048]
Coordinates
chr2:153577047-153591640:+
Coord C1 exon
chr2:153577047-153577100
Coord A exon
chr2:153577101-153591507
Coord C2 exon
chr2:153591508-153591640
Length
14407 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTATGG
5' ss Score
7.37
3' ss Seq
CCCTCTCTTTTCCTGTTAAGGAT
3' ss Score
10.27
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTGCATGCTGAGAATTTGAAAAATGAAGATGATGTAGACACTGGACTATTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GATTCTGGACTCTACTTATAATATCCCTAACTGCTGGATTCTCCTGTTGCAGCTTTTCTTGGACAGTGACTTACTTTGATTCTTTTGAACCAGGAATGTTTCCTCCTACTCCTCTTTCACCTGCCAGGTTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000177917-ARL6IP6:NM_152522:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0106119=ABC2_membrane=FE(18.2=100),PF065706=DUF1129=FE(20.0=100),PF150621=ARL6IP6=PU(21.2=73.7)
A:
NA
C2:
PF0106119=ABC2_membrane=PD(41.4=91.1),PF065706=DUF1129=PD(31.1=62.2),PF150621=ARL6IP6=FE(66.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)