RnoINT0021018 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005074 | Arl6ip6
Description
ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 6 [Source:RGD Symbol;Acc:1564819]
Coordinates
chr3:38743630-38753195:+
Coord C1 exon
chr3:38743630-38743683
Coord A exon
chr3:38743684-38753062
Coord C2 exon
chr3:38753063-38753195
Length
9379 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTATGA
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
TTCCCTCTCTTCCCATAAAGGAT
3' ss Score
9.48
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTGCATACAGAAAACTCGAAAAATGAAGATGTCGTAGATACGGGGCTGTTAG
Seq A exon
GTATGAACTGATAATTTTATTAATCCGGTCACTTATTTTGTTTTTCCAAGTTATGTTTAATGTTATATAGGCTTTGGGATAAATATTTTATATATACCACGTATAGCTGATTCAGTAGTGTTTTTTATTTATGTGTTTGTGGTAAATGTTACTATATTTCCTTTATAGATATACATTTAGATATTTTTCATAATTTTTGTAATTTTAAATTGAGCCGCTAATGCAATTGTACAGTATTCAGTATAACTGCATGACTTTGGTCCACTAAATTCTTAGTTTCTGATTATGTTTTGGAAAAAACTCCCTATACTGCTGCTTCAGGAATTTAGAACTAGAAACTTGCTCACAAATTTAGACAACATAAATAGTATCTGAACCAGACTTCAGAAGACTTTATTGTTCACATTTTAGTAAGCAGTTTGTCTTTAGATAAAAATTTTTAAATAAGAATTATTTCCCATTAGCATCTAGGTGAATCAACTCTGTTCCTATTGTCCAAAATGTCATACATTATGTAGTTTTTAGCTTCCTACTGAAGAGGGTTATTGATGTTATCTGTCCCTTTTATAAACAAATTGAAAGACTTTAGTACTTTACCTATTTGATATATTTTACTATTAAAATTCAGGAATGAGGAAAACAGCATTTTTACAGCAGAAGTAACTGCCAAGACAAAACCCTGTATGAGCCTCTGATCTAGTGGAGAGTAAATTCAGTCACTATCACTTAATAGGTTTAACTCATTCAGATTCATGGGAATTAATTTTAAAGTAAGCATAGTTTGGCTTATAGAAAGTATATTTATTATATAGCATTTGAATGGGTAATCTTTTCCAACAGAGAAGCATTCTTTAAAAAGACAACTGTCTCAGGGTTGAGTGTGTTGTACTTCAGTGACAGACACTTTGCTTAGCGTACACGTGTTCTGATCTTCAGCACCACCCAGATAAACAAACACGCAAATGCTTGTCTCAGAGAAGCACTGCAAAGGTTATTGAGTTATTGAGGCAGTTGTGATAATGCTTGTCCTTCTGTTTCTGAGTTTGAATTCTCATCTGTTTGGGAATAAATGCACAGCCGGCTTTACAAAGTATGATAAATTGATAGGAGACCTCTGAGTAAACTTTTCCTTAACAAAGACAGATAAAAGGAGAGGCCAGTTCTAGTAAGGGTCCCTGAAATCAATGATAAATCTATTAAGATACCAAGAAAAAAATGATTCATAATCTTACCACAAGAAAATGACTTAGGAATTACATCCTTATTCTCTTTACAATTGATACAAAAGTTTCAAATGAGGATATGAGGAAACAGCCTAAGTTTTGAATAAACATGTTGAAATTATCAGCTAGGTTATAAAAAAAGTATTTTGTACTGTCTTACGGTTTCTATTGTTGTGAAGAGACACCATGATCATGACATTTTTTATAGGAAAACACTGAATTGGGAGCAGGCTTACAGTTCAGAGGTTTAGTCCATTATCATCAGGGTGGGAAGAATGACAGCACACAGGAATATATGGTGCTGGAAAGGTAACTGAGAGTGCTCCATCTGGATCAGGAGGCAGCAGGGACAGAGTGAGGCACTGGGTCTGGCTATACTATCTGAGACCTCAAAACCCGCTCTCAGAAACATACTTCCTCCAAAAAGGCCACACCTCCTAATAGTGCCACTCCCTGTGAACCCATGGTGGGGGGCATTTTCTTTCAAAACACCACATATACCCTTGTTGTGTGAGAATGATTTTATCATTTTATATTTACTAGACATTTTAGTTTATTACTTGTCTTTTGGCTTAACTATTGCTATTAGGTCTGTTATTTTGGTAGTAGGTTGATTTTCTAGAAAAAAATAACAAGAGCATAGTAAGTGCTCAACCTTGAGAAGAGTTCTTTTTCTATAGACTTAAAAATTTGGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTGACCCCTGCGGATATTTTTAAATACTGATCTAGGGCTTGAATAAGTCTCAGTAAAGTAAGATGTAGCCGCAGGAACAACATTCCTCATTTGACGTGTGTACTTATTAATCTGGTGACTTGCTTGTATTTTTTTTTAAGCTACTTTTAAATTATGATTCAGGCCAAGGTTAGGTCCAAGCATATTTGCTTTTATGAATAGTTCTGATGCAGATACTCAAAGGACCGTGGGTTGAAAACTACCTTTAAATAATCGAACTAGGTGCTGTGTGAACTAGGTGCTGTGTCTGTCCCCAACACACACACAAACTTTTCTTTCTTTCTTAACTCAACTTTTTTCGAAAATGTATTCAAGAGTGATTAAAGGTCCTGGGAAGTAAGGGCTGGAACGGTTCAGTGGTTGAAAAGCATTTGCTGCTCTTGCATAGGACCTGGATTTGATTCCCAGCCCCCACATAGTGGCTCACAACCATCCTTAACTCAGTTCCAGGCTGCCCACCACGCTTTTCCTGACCTCCAAGGGCACCAGGCATGCACATGGTTCATAATGTGTGTTCACAAAAACAAATAGTAAAGTAAAATAAACCAGAAAAAATTCTGAAAGGTAAATTGTAACAGAGTAGTAAACAGTGTAAGTCTTAATACTTGTTAAGACATCTTCTTCTAAAGTTGCTAAGGTACTGCAGTGGGCTGAGTCATCTTTGTTTCCATGAAAAAAATTTCTTCATGGGTAGTCTGTTTTTTGTTTCCAGTTGTGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTATTTTATTTTGTTCTGTTTTGGTTTTGTTTTTTAAAAAAGGTTTGTTATGAAGCAATAGAAGATCATTTGGGAGTTATTTTTGGATAGGGTTTCTCCGTGTAGCCCTGGCCTTCCTGGAATGCTCTTTGTAGCAAATCATTCCTTTTCCAGGGACGTTAATAAAACTATACATTTCACTCACTCCTCTTTTAAAATTGTTCTGAGACCAGATTGATTGTGCTAAACATACAATGTCGAATTACTTAATTTTGCCTCTTGGCTTTTGTATTTGTTGTAGTTTTCCAAGTTTTGTCACATTTGACAACTCAATGTTGCAGTATTCCCTGCAGTCTTTAATATTTCTGAGAATGTAGCATGATAACCTTTCATTTTAGGCAAACTTAGAAAATACTAAGAGAAATACATGAAATTGCCTTTAGCAGAAAATACTTAAAATACAGAAAATACTTAATCTAAAATATGCAGAGCTACGTGTATCACAGTTCGTACCATATAAACATTATATTGTGAAATTTGATGGAAAGCTTTTAGTGACTTATGAAGCTTCTAGACTAGGTCTGACTTATGTTCCTTAGACTCAGTTACTTGGGAAGATGAAGATGATAGTTTGCTTGAGCTTACACTCTCTGGACCAGCCTGCATAACATAGGAAGACTCCTAGTTCAGAAGAAAACAAATCAACTGACCAATGTATATGCATACACACTCACTTATAAACACAGCTTCTAAACATGATTGTGCCTATCTCTCATTAACATTTCTTAAATTCTATATGTGGTAAAGACCTGATTTCATTTATTTTTCAATAACAAGTTATTCTTGTTTTTGAGCTGCTCAAATAATTTGTGTACCTGACAAGTTTCTAGGACTTCACTCATGTTGAGGGAAGAAATAATTGACAAATACTGAGTTCAATCTTAAGTGAAATCATTGAAAATTTAAACTTTCTTTTTCAGAGGACTAATGATGTTCCTACCATCATGACTTTATCCTATCAAATTTTAGAAATATGATTAAAAGTTTCATAGAGAAGTTCTGGAACTAACCCATAGTGAAGTAGATGTTAAGAAAAGCTAAATTCTTCCTTAAGTTCAAAAATTATAAACTCGGAAGTTGGCTTAAGGTATGATTTTTCTAATTAAACCCACACACAAACTATTAAGGAAAAACACATTTATTTGTACTTGTGCTGGGTAACGCAAATATTTCACCTAAACGTCCACTGTTGTAGTACCACCTTTTAAAGATTGTATGACCTCATTAAAAAATAAGTAGAGAAAAGAGAAAACAAAAGTCAGCAGACTGGAAGGATGTAACAAAAATGACAGTTTATCGGGGTTTTGCTTATAGATTGTTTAATATTTGTACCAAATGTAACAGGAATGTCAGAAAGAACAATCCTTTCAAAAGAGCAAAACTTCAGCCAGGCTTGGTAATGCTGATTGGGAGGCAGAGACAGGAGAATCAGAAGTTCAAGGTTTTCCTTAGCTATGTAACAGTATGAAGGCCAACTTGGTCTCTAAGACCCTTTCTTAAAAAGTAGTTGTAAGAGGAAGAAAAAGCACAATTTTAAATTGACTTAAATTAATATGTTCCACTGTATACAATTTTTTAAAAGTTTAACATACCGAGTATGCCAAAAATGTTAATACCTTTATTTAACATTTTATGTCCATCAATATGTTAGTTCAAAAAAATGCATGAAGCTGTTTGCTCTGGTGTATTGAAAAAGCAGGTGGAAAGAATATAGAGTCAACAGAGTTGGTCATTAGTAAGTTGTTTAAAGTTGAGTGATACTTATGAATTCATCATACTTCTCTCTCAACTTTTTAATGCAAAAAGTTTATAGAAATACAATTCTAAATATTTATCTATAAAGTAACTGAATCTTCAAACTAATTTATTTTGAAAAGTGCACTAACAAATGAAATTGAGTACAAAATCTACACTCTCCTTTTCTTTGCATTGGTTGTAAACAGAGTCCAGTAAGTTTCAGTTCATGAAAAAGATGAAGCTTCTTCATTGTATCAACTAATAAATTGAGTTCAAGAGACGATAGCTGTATGTACTTAGGTCAAGATCTGTACTTTTGAAAGCAGTTCACACTGAAAATCTGTAATATCTGTGTAATGTGCTGAGTCCCCAATGTGATTTGCAACATCTTTTTTTGTAATAGTGAAAAGACTAAAATCTATGTTATGAGACTGT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Seq C2 exon
GATTCTGGTCTCTGCTGATAATATCTCTAACTGCTGGATTATCCTGTTGCAGCTTTTCTTGGACAGTGACTTACTTTGATTCTTTTGAACCAGGAATGTTTCCGCCTACTCCTCTTTCACCTGCTAGGTTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005074:ENSRNOT00000006774:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF150621=ARL6IP6=PU(18.2=73.7)
A:
NA
C2:
PF150621=ARL6IP6=FE(57.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]