HsaINT0013832 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000170653 | ATF7
Description
activating transcription factor 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:792]
Coordinates
chr12:53994737-54020199:-
Coord C1 exon
chr12:54020063-54020199
Coord A exon
chr12:53994806-54020062
Coord C2 exon
chr12:53994737-53994805
Length
25257 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGT
5' ss Score
10.91
3' ss Seq
CCTCACCTCCCCCTCCTCAGCTC
3' ss Score
7.61
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGACTTCTCGCGAGAGTTGAGCGCGCCTGGCCGGACGGGAGGAAAGTATCCGTTCCGCCAAGGGGGGAAAGGAGGAGCTGGAGACAGATTGTAGGACCGAGCGCGGGCAGGCGGGAGGCAACGGAGCTACCAGCCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCCTCTCTGCTATATGAAATATGGGAGACGACAGACCGTTTGTGTGCAATGCCCCGGGCTGTGGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170653-ATF7:NM_001130060:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.094
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0009621=zf-C2H2=PU(36.0=56.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)