RnoINT0022341 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000015269 | Atf7
Description
activating transcription factor 7 [Source:RGD Symbol;Acc:1304940]
Coordinates
chr7:144193891-144223429:-
Coord C1 exon
chr7:144223337-144223429
Coord A exon
chr7:144193960-144223336
Coord C2 exon
chr7:144193891-144193959
Length
29377 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGT
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TTCCCCTACCCCCTCCCCAGCTC
3' ss Score
8.37
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.062
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0009621=zf-C2H2=PU(36.0=56.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]