HsaINT0014183 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000119787 | ATL2
Description
atlastin GTPase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24047]
Coordinates
chr2:38300272-38309506:-
Coord C1 exon
chr2:38309379-38309506
Coord A exon
chr2:38300329-38309378
Coord C2 exon
chr2:38300272-38300328
Length
9050 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGT
5' ss Score
10.29
3' ss Seq
CAAATCTTCTCCCTTTTTAGGCT
3' ss Score
10.51
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATTGATGAAGACTTTAAACGAGAGCTTCGAAATCTGGTTCCATTGCTGCTTGCCCCTGAAAATTTGGTAGAAAAAGAGATAAGTGGATCTAAAGTCACTTGTAGAGATCTTGTAGAATATTTTAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTTACATCAAAATCTATCAAGGAGAAGAACTTCCACATCCAAAGTCCATGCTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000119787:ENST00000419554:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.158
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0226314=GBP=PD(15.3=60.5),PF028419=GBP_C=PU(10.7=32.6)
A:
NA
C2:
PF028419=GBP_C=FE(13.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
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- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development