HsaINT0015329 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000124406 | ATP8A1
Description
ATPase phospholipid transporting 8A1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13531]
Coordinates
chr4:42590811-42600518:-
Coord C1 exon
chr4:42600478-42600518
Coord A exon
chr4:42590885-42600477
Coord C2 exon
chr4:42590811-42590884
Length
9593 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
TTTTATACTGGGACGTGTAGGTG
3' ss Score
2.77
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTTGAGAAATGGTGCTTGGGAAATTGTCCACTGGGAAAAG
Seq A exon
GTATGCACTGATTTTTATTTTGTTCCAGGAGAAGAAATACATAGCGGTGTACTCTAGTATATATAATTTTTTGTATAATATGAGCAAATGTGAAGAATTTTACTAATATAAAAGCTATTTAGTAATATAAACATGCATGGCATCTTCAGTCACATTCATTTAATATTTCTGCTGTATTATAGAAAGACTTATTTTGAAAAATATCTAGAACTTTTTGTTTTTTTCATAGTATATTTTGAGTACTGTTATCATAGATTTTATTTAACCATGAACTGTTTTGTGTTGTAATTTTTTGCTTTACTCATCTACTGTCCAAGTAAAAATAAGAATTTTGAGTTCTGATGTTTTACTTCTGCATATTTTACTTCCAATTCATATAGTGAGACTAATTACATTTGCTTACCACTAATTCCTTTAAAACAAAAATCTTACAAATTAAACATTGTCTTCTAATGAAATCAGTTCTTTAACATCAAAGATTAATTTGTTTATAGGACCTCTAACATGGCAGTTAGTAGGTTAAGTCATAATTTAACAAATGTTATTCAGGTGTTTATTCTTTTCAGCCTTCACTTTCAAAAGGTAAGCAATTATTATTAGTTCTCCCTTAGTTCTGGAAGAAGGTTTAAAATCTAGTCATCCACAAATGAATAGCTTTGGTAACTTGGTAAAAGACTTTTTGGAGTCTGAGCCACCCTTCTTAGGGCACTTTATTTCCTGGGATTGCCAGGACATTAGAGGTGTATCTCACAGGACAGTATTTTGCTAGGACAATCGAAGTGTAACCAACAGTTTATTTGCACTCCAGTACTTCCCAGCTAGTTGAAGTCCATGCCCTTGATTCTACCTTGTCATGGTCATCTTGTATTTCTGCAGGGGATATCTTGTACCCCCCAATTAAAAATTAATTAAATTTCTGTTGATTTTCAATCAGTGGCTAGAATAGAGACTGACATCTCCTCTTTCATATAGTTGAAAATTTACCCCTATTTTTTCTTTGGTTTTTGACATGAGAGCAACAAATGGGAAAATACCTTGGTTGTGTTTTATTTATTTCTGTGATAGGAATCTCTTTTTCAGAAGAACAAAATAAAAATGCTAAAAGCAATTTCAAAATAAGTTTCTTTTCTACTCTTTTCTGGCACCTATGGAATTAAACATTTTAGAAAGAAGACAGGTAGGATATAATCAAGTATGATAAGATGAATTTTATTACAAATATTATTTTACCTAGGGTTGTCAGTGTAGTTAACATAAATATGCATGCTAATAAATAACCTAGGCTGCTTGCTCAGAAAATAAACAGAAAGTCAGGAGATAATAATGTACTACTTCACTCTAAACCTTTAAAATGTCTTATTTTCCTAATAAACAATCATTATTTCAAGATTGTGCTAACCTACCTGGATTATTGTAATTCTTACTTTTCCTATTTTTGACAGACAAATCACCAGCCAGGATTACCCATAATAATAGCATTTTCAGTCATCTCACAGGTCAATGGCACACCTAACCTAGGCATCCCATTTTGAGATAAAGAAGGACAGAATTTAAAGTGTTGCCAAAAGTCATCCAGCCCAAAAGAGCTGAAGTTATTTAATAATTAGAATTATAGAAGTAATTAGAATCACTAAAAGTTGGTTCAGTGATGAAATCATGATAAATATTCAAAAATTAACATCATTCTTAAGTTGGCAGTATCAAGTTTGAAAATAAAGTGAAGAAGAGGTCTCATTCCCAGTGGCCTATGGGAGGCCTACAAGTAAATTTAATGTATGTGTATGACCTTTGTAAAGAAAGCATCCAAACTTTGATATTCAAGATTCATACAAATTTACAAGTATGTCATATTCCCAGAAAAATTAAAAGTGAAATATCACTTGTTCCAAATTATGAAGTAATATAATCCCAGGGAAATTATTATATTTTCCTCAAGAATTGACTAAATTTTTCATCTGATTTGCAAAAATAAACAGTTAAGAAAGTAGAATATATTTTGGAAAAATGAACAGTGTGTAAAGATTACAGGTGAAATGGAAAGCAAAAGTTATTAAAACACTGTGGTTTGCAAAAATAGACATTGATGAGTAGAATAACATGGAGCAGATTTAAGTAGTATAGAATAAAATATAGTGCCCTGAAATAAGGCCTGTTTAATATTTGAAAAAGGAGGCAAAAATTATTTTTTAAAGAATTGCTATCACAGATTAGCAGTTTTAAGAAATAGCATTTGAATATTTATATCTAAGTCACAACCTATGCTAAAATAAATGTCAACTGACTAAAAGAGTTAAATGTTAAAATGTTGTTTTTAGAAAACGTACAAATAGAATAAAGGCCTTAATAAATATTTGAAGAAGAGCAATATCTCAAAATCTATGGAATTAGATTATATAAATTTTAAAACAAATACACAACAAAAACTGCCACAAATAAGTAGGCAGGCTATGTGAAATATTTGCACCAAATAGGACAAATGATTAAGATCATTGTTATATAAATAGGAAAACTTGACAGTAAACCAGAAATATGATAATTGACCAGACTCAGTATAATATTCAACCTAATAAAATTTGCAAATTTAAACCATATTGAAGTTTCATTTGCTACCTATTCAATAAATAAAAACAAACATTTCAGATTTATTTTTATGAAATATTTTATTTACATACTATTGTGAACGAGCAGTTTGGCTATTTATATTGAGAACTGTGAAAACGGGATTCTGGAAATTTATCCCAAGAAAAGAAAAAGTTGGAGAATATCTCCACGTGTATAAAAATGTTTATTGTAGCATTATTTACTTATAATAGCAAAAAACTAGAACATATGGAAATGCAACAATAGGGACAGTTTTATAAATTATGGCATTTTATACTCATATTTTGTGACAAGTAAAATCTGTAATGTCACATGGTGTAGCAACACAGAAGAAATTATACTATTCATTCGACAAGTGTTTATTGAGTGCATATGCCAAGCAGTGAGCTTAAAGCAGCAAGCAAGACAAGTAAGGGTTCCTGTATCATAAGATATAATCATAGGTGAAAAAAAATAGTACTATGTACACTGAAATACTGGCTTTGTAAATCGTTTATTGAACAAGCGAACAGGCACAAAAGCAGCCTTACTTGTTGGGATAACAAGATTTTGAGGCAAGTCTTTTCTTTGCCTTATATGATATTTAGTCCAATTAAAAATAAAATCAATAAACCAAAACCAAGAGTGTCGTCTACATGCCAAGGTAATATGATAGACCTTAGTGTAAATGGGCTTTACTTCAGGGCTCTTTCTCTGCCTTTCTAAATGTGTGGCTACTGTGGTTGCTCTTTAATGATCCTCAAAGGACCTACAAATTTGCCTAGCATGCATCTAATCATTCACAGCTGGGCAGACTTCAGCTCTCAGATATTAGTGGTTTATCTCTCCAGTTACTGCCCTGAAACCTTTTCCCTGTTGCAAAAGGTTAACTTGCAGATACATAGTTTTAAAAGAAAGTATGGTAATCACAAAGCCCTACACAAGGAACTACATTGTGACTCCTGAACGGTAAGCTGCTGGCTTCATTGCTCTTGCCACAGATTATTTCTTTACAATGAGGTGCAGCTAACACTGTTCACAGGTTTTTGAGATGTATGCAGGTGGAGAATTTAGCCAAAGAATCTTGGAATCAACGTATTCTTCTGGCTTATTAAGGAAGCATGGTGGGCTGTATGCATGTGTAAAAGTTACTCTGTAAAGCCACTTTTGTGCATGAAGCTTCCACCACAATATGTATTTCTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGTTGGAATGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAACGTTTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTGGTAGAGACAGGGTTTCGCCATATTGGCCAGGCTGGTCTTGAATTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCAGTCTCCCAAAGTACGGGGATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCCAGCTAATAGTTGGATTTTTAAATCAGGCTATTGCAGTCTGATAATCTTACTATTTTACATAATCCTTGATGTTGCAAATATGAGTGACTTCAGAAGGCTGTAGGTAGTGGACTGAAAGCCCTAAACATTTCCTTAACTTTGGCATTTTGGGGACTAAAATTGCTTTATCATGACATTCCTCCAATTAGAATATGTATGATTAAAGCATTTTTGTCATCTTGACTTTTTCTTCTCTTGGTTCCTCTTATGCACACACTAGGCTGGAAGGGGAATGCCGTATTAGGAGCTCAGAATCCAAAAGGAAAGACAGGTGTTTGGATGTCTTTTGAGAAATTGATCTTAAACATAGACATTCTAAGGAGTTAAGTTCCCTACTTTCCTTACAGTAAAGAACTTTAGCAGTCATTGATTTAGCATGCTTTAGTAAGAACTTCAGCATTTAGTAAGCCCCTGGTTTTCCCAGGCCACTGGGGTACCATATAAATTGTTACTATTTTATTGAGTTTAGGAACCACAAGCCCTTCTTTTGTCTTACAATGAGTAAAGATGTTGGAAAGCAGCACAATCAATTAGGGATTTGTTTAAGTCTGACTGTTAGACTCTAACACGATAGTGTAGAGGACGTGATTCTGATTTTGTGAAGCACACAGTTGAATTTAAGAGGAAACATTAACATACAGGAGTTGATTAAAGAAAATTAAATGGTAACCTGGATGCATTCTAAGTGCCATGATTTCAGAGAATTTACATTTTATTATCTTTCTCAGTGAGTGTAATCACAGTACCATCACAGCACATTATTTTAAGGACCAGTTTACATTTATACTTGCAGTTTTTAATTTTTCCTCTTTGCCCTTTTTTGAGGTAGGGGGTGTTTGATTCCAAGATCCCTGGTAATTTGCCAGTTTCAGCTA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Seq C2 exon
GTGGCAGTAGGGGAGATAGTGAAAGTGACCAATGGGGAACATCTCCCAGCAGATCTCATCAGTCTGTCCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000124406:ENST00000381668:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.040 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0012215=E1-E2_ATPase=FE(10.2=100)
A:
NA
C2:
PF0012215=E1-E2_ATPase=FE(18.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development