RnoINT0023683 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000034200 | Atp8a1
Description
ATPase phospholipid transporting 8A1 [Source:RGD Symbol;Acc:1309619]
Coordinates
chr14:42035376-42045597:+
Coord C1 exon
chr14:42035376-42035416
Coord A exon
chr14:42035417-42045527
Coord C2 exon
chr14:42045528-42045597
Length
10111 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
TTCTCACTTATGAACAACAGTGA
3' ss Score
1.73
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTTGAGAAATGGCGCTTGGGAAATTGTTCACTGGGAAAAG
Seq A exon
GTATGCATTGGCTTTATTTTAATCTAGAAGAAATGCATAAAACTTTATAGCATAATTTTTGTATGTATTAGAAGCAAATGTCAACAACCCTACTAATACGGAAGCCATTTAGTAATCACTGTAAGCATTCATGAAGCCTTCACTTAGCTCCATAGGCCAAGCATCTCTGTACTCTTCCAGGAAGACTGTTCTTCTGGAAAGTACTACCTAGAACATTCATGTTTCACAGTATATTTTGAGTACTCGTTCATAGATTTTATTTATTTTGTGTTGTGAATTTTGTTTTAATCATCTACTGTCCAAGTAAAAGAAATTCTGCAATTTCACATTTGCATGCTTTAGTTGAAACTCATATAGGGAAATCACCCCATTTACATTTTACCACTATTTAAAGACAGGTAGTCATGCAAACTGAACAGAAGTCAGTTCTGCGCTTCAGAGGTTGACCTGCTAGCTAGGAACTCCACCGTTGTGAGTGCAGTCACAATTTGGCAAGTGTTATCCAGGTGTCTGTTCTTGTAGCCATTACTTGCAAAAGGTAAGCAAGAACAACTGGTAGTCCTTCCACACATCTCCCGGTCATCCACAGGGAACAGCCTTGGTGGCCATCAGATGGCTTCTTAGAGGCCAGGCAGTGAACACTGGATGTATATCTCACATTATCTTACTGGGACAACAAAAGTGTTGTCTGCTGTTACTTCATTTATACTCCATTGAGGTCCATGCACACAGTTCTCCTTTGTGATGGTCCTGGCCACTATCTGTCAGTGGAGGGATAAGGTAGAGACTCTTCTCAATAAAAAAACAAACAAACAAAAAACTGATTATTTGTTGATTTTTTTTAAATCACTAGCTAGCCTATGAACTGACATCTCCTCTTGTAGAGATGTGGGAATTCACAGCTCTCTGCTCTCTGGTCTTTGACATTAAAGTAATAAGGAGGAAAGCACCTTTACATGCTATATTTCTATAGCAGGCAGCTCTGTTTCAGAAGAATGAAGTAGAAAACAAAACAGCTAAAAAACTTTCCGGAATGCCATGCTTTTATGGGTTCATCAGCTACTTGTGGGCTTAAACATTTTACAGAGAAGACAGATGGGATGTATTCAGATACAGTTTATTGAATGTGTGTGCATTGTATTGCAAGGGTTATCAGTATAGTTAACAGAAAGACACAGTTTGTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTCTTCTTACCAAGACTTCCCACTCAGGTAATATACAAAGTCGAGAAGTAACTCTCTTTCACTCCATTGTAAAATTTTCCTCACGGCAACCATTATTATGAGGGTGTGCTGTTGAACACAGATTATCATAACTCTCACTTTTAGATTTTTAATAGACAAAGATAACAAATCACTAACTGTGGTTGCCTGTATTGATAGCATCGCTGGTTATTCTTGAGGTCAAGACCACGCTTAATGTGCATATCCCATATTATGAAAAGACAGAATTTAAGGTATTGTCAAAAAGCCACCCAGTTAAAAAGAGCTGAAGTTATTTAGTAATTATAACTAGATAGTTATATTCACAAAATTGGTTCAACAATGAATTCAAGATAAACATGCAAAACTCATAATATTTTGATGTTGGCAGTATTGTTAGGAAACATAAGGAAGTCCTCATTCTTACTGATATGTGGAATCTGTGTGAGCTGTGAGAAGAAAGCAGATGTTCTCTAGATGTCAAATATTCACATGAGTGAGGCTGGTGTGATAGCACATGTCAGTGATCCCAGCACTCAGGAATCTGAGTCAGGAAGGTAGTCTCAAGTTTGAGGTTAGCCTGATCTATACACTAAGACTTTGTCTCTCACAGTAGATGCTAACAGGTAAAATAGAGAAGAATCCAGTGTCCTGAAATGAGGCAGGTTCAATATTTGATAAGCAAGGAGAAATTGGAGATTGGCAGGGTCAAGAAATAATACTTGAATACTTGGGTTACATCTAAATCATGATTTGTGCAAAAATAAATTCCATCTGGCTAAAAGAGTTAAGTGTTAAAATGCTGTTTTGAAATACACATTTATAGAATTTTATTAAGTATGTAGGAAAGATCAATATCTCATGATTGTGGTTATATAAATTTTAAACCTATACAAAAGATACCACAAATAAGTGAGAGGAATATATTAAATATTGGTACCAAATAAGACAAAAGATTTAGGTTATTATTCTTTAAACAAACAAACAATAAAACAAAGTCCGTAAAAAGCAAGAAGGAATATCAACTAGACTTGGTGTGATGGCCAACCAGACAACAAAAAGTACAAACGTAAGTGTAATCAATGTTTCATTCATGGTCAAATAAATATGAGAAACTCGCGTTCCAGAATTTTTATTTTATATTACATTGGCATACTGTTGCAGTCTAGAATTATGGCTGCCCATGATAAAATCTGTACAGAAGATCCTGGTAATTTATAGCCCATCTCTACAATAATCATAAAGTGTGAGAAAGTCTACACATTCAAAATGTTTTTATAAGATTTAAAGCTAGAATACACCTACACTCGAGAACAGGCGAGTAAGTCACAGTTTTCCGCATCCATATTTTACAAGTAAAACTTTGATTTTACATACCGTGATGACACAGAAGGTTGTATACACTCATCCAGTAAATATTTATTAAATGTATGTGCCGAGGAGTGAATGGGCTCATCACAGGTAACAAAACATGTAGTGGCATCTGTATCGTAAAATGTAATCACATGTAAAAGAGTAGACCTGTGCTACTGAGCTGCCAGCCATGCAAAAAGAAAAAAAAAAGTGTATTGAGCAAGCAGCAGATACAAATGACACAGATGCAGACTTTCTTGGTGGTGGCTTGGACATATTTCTGGGATAGGTCTTGTCAATGGTTCACGTGAAACATTGTACAGGGAAAAATAAACTTAGTAAACTCAAACCAGTAATGCCATCCGCATGCCCTTGTGGTATGAAAAACCCACTGGCAAATGGACTTTACTTCCAGGTAATGTCACTGCGATTCTTAGTGTGTGGGTGTTTTTAATGTCTCTCAGAAGACTTAATAGCTTTGTCAGTGTCCATTCAGTCACCACAGAACATCAGGATGCTCTCAGATGCTAGCAGGTCAGCACTCCACATGGCCACGAAGTAGTTTCTCTATAACAAAGGTGAAGTTTCAAGATTTTTAAAAAAAAACATTGTCATGACAAAGCCTCCCCCTTAGGGGTTGGTGGTGAAGATTCTGTATCTCTTGAAACAGCAGCATCTGGCCTGCTCGCTCTCACCATGCAGACTAGTTCTTCACGGAGACGTGCAAAGATCACTGCTCAGGTTTTTTTGAGACAGGTCCAAGTAGAGAATCTAGCTGAAGGATCTTGAAACAAGTAAATATTTCTGGCACAGCGGGAGAATATGGCATGGGAGCTGTGTGCATAGCTGAAAGTCACGGCAAAACTGTCTAAGGGGTAAGTTCCCACCACGAGATAGATTTCTCTGGATGAAAACCGTATCCTGAAAAATTCTCATATAAAATGCAAATATGTTGTTACCTACAATCGGAAATAGTATGATTCTTAAGTAAGTCCTTTATAGTTAGACTATTTTAATCCCTTTTTCTTAATCTTTGATCATAATTGCTCATGTCCGTGGCTTGGGGAAGTTGAAGGCAGTGAATCAAAAGCCCTAAATATTTCCCAACGTCCTCCAGCGGGATCCGTGCTCAATGCATTGTTTCTGTCCCAGCCTGCCCTTCTTTCTGGTTCCCTCATTCTGGAGCGAAGAATACCGTGTTAGGAGGTTAGAACCAGGAGAGAAAGTTGCTTAGGTATCTTTGAGAAACAGATCTCAAACACAGGCAAGGAAAGGGGGTTCCCTGCTTTCCTCACATCATGAGAGCTACTTGGGCAATGAGTAAGCTCTTGGCTCTCCAGGCTGCCGGAGTCCCCACAGTACAGCATCTATGGAAGGGGTTATATTTTCTTCCGCTTATAATCCAAGCCCTTCTGATGTCTCGCAATGAAGAAAGAAGCTGGGTAGCACTGCAGCCCGTTAGGAATTCTCAGCAGTCGAAGGCATCAACCTAACGCCCCCAGAGGCGTTGCAGCCCTTGTTTTCTGAAGCGCGGAGTTTAATTGAAGGAAAAATGTTAACACATGGAGACGATTAAGGACTGGCTGCATGGTAACTGGGTTGGCATTCCCTCTAAGTGCCTTGACTGCAGAGCACTTGGCTTTTATAATCCTTTTTGTCCTTGGTACTGTTAGTTGCAGCACATTATTAAAGGACATCGTGTATTTATACATATCATTTTTATAGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTTGGTTTTTTTTTGTATGTTCATCCTCTTTTGAGTTAGTGAGTGTTCAATTCCAACAGACTCGGTATTTTGGGCATTTTTCGATGTCCACATGGTAGGTTTCAACTGAAGTGATTATTATTTTTTTTTTAATTTTAAAAGCATGCCATCTAGCACTTTCCTGTCTGGAAAGTGGGCATATACACCATAGTTAATAATAGGTGCCACTCTCCAGCATTCCCGCACTATCTCTCCCAATAGATAAATTACTGCAGTGACCCCGGCTGTAGTAATTACATGATGATCCCCACTGAGGGTCCCGGGCCTAAGCAGAGCCAGGCTGTTGCTGAGTTCAGACACGGTGTTTGGTAAAAGCTATTTGCCAAAAGCAGTAAGAGCCTGACAAAATAGCTTCCAATAGTTTCTGGCCACAACAGAACTTTAATTCACCTTCATGCCATACTCAAAGGTTAAAAACGTGCTACCATATAATAACGAAAAATCGTGGTTTATGTTATTTGAATTACACTGATATTCTCTTTAGAGTTATGCAAAAATCAGGCTATGAGAGATAAGTAGGTGTGCATTTGAGTCTCAGCTTTTCCATTCATCCTGAATATGTGACTCAGAAACTTAGAGCCCTAGATGTTTTTTTCCTTTCTCAGTTATAAATTAAAGCGACAGCTCACAGCTGCCATTTCTTCACTTGTACGGAGACTCCCTTAAGGAAGAGGTTCTAACTGCAGATTCCTCCTTCTTGTTTTTATGTCAAAGAGAGAGCATTTAAGAAGTGGAGATGTCAATCAAGTGTGTAGGTAGAACTGATCAAAACATCTTTTTAAGATAAATAACAGATAAAAACAAATATAAATTCACCTCTAATATTATGCCATTTTGTGGAAATTAGAACTTTTAAAAAATTCTGTGCATTAATAAATGGGTTGTATTTTTTTTTTACTATCTTTCCATGCAGATAATTAACCAATTCCCAGTTTTCTTTCAGGTAAATGTTGGAGATATAGTTATAATAAAAGGCAAAGAGTTTATACCTGCTGACACTGTCCTTCTCTCGTCAAGGTAGAGACACCTACTGATGCTCAAACAGTGTAGAGGATGGTTTCTCTACCCTGCATTGACCTTGTGATTTCTCCAAGGAAATAAAGAATAAACGAAGAATTTCAAACCTCCCATGATTCTTAATTAAGCATTTACAAAACTGATTGGCTTCATGTGTGCCAAATAGACTGAGTATCAGGTACTGCATAACCCAGTCTCCCCTCTCTCTGGCTCTATCCAGAGCCCTGCGGTGCGTGTGGACCACTAACTCTGTCTTTGAGTCCCTGTCATTTATATTATGCCGTCCATGGACTGGGCTCTGTTGACTCTTCTCTTTTCGGTCCTCATTTATAATAAACCCCTTTACTGTGACGGGGTCATCTCTTGCAAACCTTCCTGTTCCTCGTGGTGAAATGCTACAAGAGAATGGATGAGTGATTTCTTACTGTCATTGTGCCTTTCCAAATGACACAGTTTTCCCACCAAACTGAGAACTTTATTCTTCCCCTTGAGTCCCTTCCGTTACTGAGTATAGATCTTTCTGTTGTTGTAGCATTCACATTTTAAGATAATTGTGAATCAGTATTCAGAACATACGGCCTTAGGATTAAAAGCTACCACACTAGTCCTTGAATGAATTCAGGATTTAAAACCTCACAGGGGGTCCTAAAATAAACAAAGAAGAAATGTGTTCTTGAGGTTGTTTATCGTCATTTCCTTGGACAGTTTGATTTGTAAAATCCACATAAAAAATATGGACAGTGTCCTTTTTTCAAAATCTATTTAATCAGGTCATGATTGAGAACGATTGGGTTTTTTTTCCAAGCTAGCAAAGCGTAATCAGGAAACCAGTCAGTCCTTGGCCGTTTATAGAATCAGGTATTCGGGCGTTTGAAATCGCCCAGGCTGTTCCGATTTCCCCAGCTGACGTCTCTGTGTAGCACAAATGACTGTTCTTAAGTCTGACGTAGTTACCTTTGTCTACAGCTTTGGTGGAGAGAGCGTCTAAAATGGAGTTATTAGCTTATTGACTTTCCTTATCTGGGTGGGAGCAAGTTCGGGGATGAGCCTGAGGTAGCCTAAAATTAAAGCAGGAATATCACTGCCAGTTCTGTTTTTTCAGTGACTTTCAATCCGAAATGAGCAAGCGGAAGTGTTAGCACGTAGCCACGGATACATTTATGTGGCAGAAACATGGAAGAGAGCCACCCAGGCAGATTCTTGGTGTGACTTTCATGTGTCTCCAGATACAAGGCCTCCGCTCCTATACGCTCTGAACCACAGTGTGTTACCTATACTAATTATTAAATCGCTCCAGTGGTGCGGCCATGTCCTCTGAGTGCCTAAGACATCTGTGCAGCTCTCCACACCAGTTAATACGACCGGGAGCAGTCAACTTGAAAGCGTTTTGGAGTCAGAACAAAGTCACTTCTGCAGTGTCTGAGAGAAGGGGGCTAGGTGCACTTGTCTCTCAAATAGGTAACAAATAGGTTTAAGATCACTTCTTTGCTGATTTGCTCGGAGTAAACAAAGTTTGCAGCAAATCGAGGAGTTTAAGGAAAGGAAAGGAAATCTGTACGGTAACTCTATAAAATGTTTTTTATTTAATTTGATAAATGCTTTTATGTCAACTTTAAAATACTAGATTTTCACCTTAGAAATGTAAAATTGGGCAGCTTTAAATCAAATAGGCGATCTTTGAGTATTAAACATTTTCATCTCTCCCTTCAGGCCTGATCAAAATAAGTTTTGAAAAAATCGGCATTAGACATTTTTATTAACATGAATCCTCTTCTGTAATAATTTCAAACCTTCTGTCTCTTTTGTCCATTTGTTTGGTTTTTGTTTTCTCTGTTATTCGTTTCTTCTTTTTTTTTTCCTCCTCCCCATTTTAATTCTTTTAAACTGGGACATGTAGGTGGCAGTGGGGGAGATAGTGAAGGTGACCAATGGGGAGCATCTCCCAGCAGATCTCATCAGTCTGTCCTCAAGGTCAGAACCACAGAGTGGCACAGGGCGTGTGTACGTGGGTCCTCAGCTTAAACCAAAGAACAACTGCACCCAAATGCGGTTGGGCTGGATCTCTTCCCGTAAAGCACAAATGCGTGTGCTCCTGGATGACGTGGACTGGAGAAATTGTAAAGGCACTTCACGAATACAGTGCTGGACGCTCTTTGTCCTCAGCTGGGCAGATTGAACCCCTAGGACTCCCCACAGGAGCCCAAGGGAGTTTACTTTCTCGTGCATTAAGTCACATATGTTTTAACAACGTGCCTCGCCTTTAAGGCTTTAGTTATTGACTCTCCAGGATATTGTATGTGATCAGTGTTAAGCTTTTCGTGACTCAATCACGGAAAACCGATTACCTTGTAAGGGTATCTTCTTATTCTTATATTTTAAATTTTCTGCAAGTTCTGTGGAATTTCTGCAGTAACTGCAACTAAGATTTGGGCTTGTATAGGGTTTATAGAGGACCCCTACACGAGGCTGGATGTTGTACCTTTCCGTACTGCATGCTTTGGGATCCAACTTCATCCCGGCTGTAACTTCTGAACCAGTGCGCACTGCTGTGATTTGTGTGGGCCGTCCCCGTGTCTGTCCTGTGCCGTGCACCTTGTTCCGTTTTTCCACTTACTAATCAAAACGCTTGCTTTGCCCCTGACTGTACTTGTCTTGGATGTCACCGTGACTTGCTGAAGTATTTATGAGCTAGCATGATTCCTGACTGCTGCCTCTTCACAGCCTTAGTGCTAGCGCAGTCACAGCCGTCTGAAGTCATTGTCAGGAATGTTCCAAACTGGGACGTATCTCATTGGCCTCAGGTAGAAGTCAGCCATTTAAACGTCCTAATTTCTTAGTCATTTGAAGCTCAATACAAGTTGTTTTGTATGGAGGGCAGTATTAGAATTAGGCTACTTTTATTTTACTACAGGACTGGCTTTGGATACGTATATTTATTAGTGACATTTTAATGAGTTTTACTGCCGAGATAAAGAATTGGCGGTCTCATTTACTGTTGTGTTTGCCGCCATTTTTCTGTGTTGGCAGAGAAATGTGATTTACAGCTTTAGAAGCCACTTACGTTTCAGATATGTGGAAATGATAAAGCTGGACAGTTGCCAGACTGAAAACAACTATTGTGACCATGAGTTAAAAAACATTTTTTGGAATAATTGAGAGTAAAGATATTAATATGGAAAGATTTCTCTGCTTGGGAAATAGCAACCTATACGAAAGAAAGCTTGTGGGGAAAACTTGAAGAATGCATGAGGTTACTTTAAATTAATCTATAAAATGTGATTGATGTCTAAGTCTTTAGGTAAAGCTTTTGTTAATTAGTGATAAACTCAAGCTTATGTGCCCATTTCTGGCACTTAGCACAGTCTATTTTGCACATGTACAAATTGGAGGTTGATTAAAAAATTCCAGTGTTTGCAACTTACAAATTTCTTTTCTATTTATAGTTATCAGATAAATAAGCTAGGCTACATCTTATGTAGCCAAGTGATAATGAGATTGTTTAACTTAAGAATACTTTTTGGGTTATCTTCATAATGCTTTTTTATAGAGCTGAGGGTTAAATTTTTACAGTCAGGCCACACTCATACATCCATAGCAGCCAAGCCAAAAAAAAAAAAGGTGAAATGGCTGTAATACAACTGGAGAACACAGGCCCCAGGTCACCACATCCAGAAAGCAATTAAAACCCTTAGATGGGGCAGCTGGAGGACAAGGAGCAATATGGCCAGGTGGGCTGATATTTGCTTCAGGAACATCTCAGGCAGGCTGGGTTGATGGACCAGTTCATAAAGTGCTTGCTAATACACATGATGACCTGAGTCCAATCCCTGAGACCCTGCATAAAAAAGCCCACGTGTGCTGCTGTGCTTGTAAGCCCACTGCTAAGGAGACAGACACAGGCAGGCTGTTGAGCTCACTAACCAGTTAGCCCTGGTGTACTCAGCAAGTTCAAGGCCAGTAAGAGACCCCGCCTCAAAATACATGGACAGCACCTGAGGACACACGGCTCAGCTTATACTCTGACCTCTACACATCTCCCACATACATGCACCAGGCCACAAATAGCATACATGAGCGCATAGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCTCAATCAAGTGTTTTCTTTTAATAGACCAGAAAATATAAAGCGTAATATCCACTTCCACTCTAAAACACATCCTTTAAAAGTAGCCTTAAGTTATTAATATTATGTGGTCTACATGATCTTGTGACCTCAACTAAAAGGCTGAGGTAATAAGTATAAGCTTGAAGAAGGAACATTCTGGAAGGTTTTAATCAACCTTTTTACATAATTAATTTACATGTGGGCCGTGAGAATGAAACAGGACATTTCTGAGCTGGAGATAAATCTGGACACAACCCTGTTTTACACTCCCAGAAACAGTCTCTGTTGTGTCTATAGGGATAGGCGGTTTTAAAATAGTGTGCCTCCTCATGATGTTGTCTTGAACCATTACTGAGTGTTGTGAGGAAATGGCTTTTTGGGATCTCCTGGCTGGAAGGCTGGTCCATGAGTGTCGTGCATGAGTTGTGCCTCACACTGTTTTGCTGTTAGAATGAAACCCATCAAGAAGCCAGGTGACTATAGCTTTGTGTAGAGTAAATGGCTTCGATGAGTTTGAGCACTTAAATAAGCTGGTCTCCTCCTTTCCTGTCCCAACTAAATCTTTGTTTCTCACTTATGAACAACAG
Seq C2 exon
TGAGCCCCAGGCCATGTGCTACATCGAGACATCCAACTTAGATGGTGAAACCAACCTGAAAATTAGACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000034200:ENSRNOT00000044017:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.226
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0012215=E1-E2_ATPase=PU(1.5=27.3)
A:
NA
C2:
PF0012215=E1-E2_ATPase=FE(11.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]