HsaINT0016125 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000172318 | B3GALT1
Description
UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,3-galactosyltransferase, polypeptide 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:916]
Coordinates
chr2:168675182-168727366:+
Coord C1 exon
chr2:168675182-168675303
Coord A exon
chr2:168675304-168725320
Coord C2 exon
chr2:168725321-168727366
Length
50017 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
GTACTTTATTGATTTTGCAGAGT
3' ss Score
7.49
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTACGCAGCTTGCTCCTGGCACGGGCACCTTGAATCTCCTCCTCACACAGATGGAGACCATGCTTGATTTCCTGAACTTGTAGTAAGAAGAAGGAAAACACAGCACGCTGGAGCCAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000172318-B3GALT1:NM_020981:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0176216=Galactosyl_T=WD(100=58.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)