MmuINT1005144 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000034780 | B3galt1
Description
UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,3-galactosyltransferase, polypeptide 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1349403]
Coordinates
chr2:68104671-68120514:+
Coord C1 exon
chr2:68104671-68104723
Coord A exon
chr2:68104724-68117712
Coord C2 exon
chr2:68117713-68120514
Length
12989 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGC
5' ss Score
8.15
3' ss Seq
GTACTTTATTGATTTTGCAGAGT
3' ss Score
7.49
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000034780:ENSMUST00000042456:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0176216=Galactosyl_T=WD(100=58.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types