HsaINT0016837 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000123636 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:963]
Coordinates
chr2:160206219-160229700:-
Coord C1 exon
chr2:160229556-160229700
Coord A exon
chr2:160206869-160229555
Coord C2 exon
chr2:160206219-160206868
Length
22687 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGA
5' ss Score
6.12
3' ss Seq
AATGCTTTTTCATTTTGTAGGAC
3' ss Score
10.06
Exon sequences
Seq C1 exon
CAACAGAGTCAGTACAGAAGGAAGCTCTTTGATGCGTCTCACTCATTGCGTTCAGTGATGTTTGGCCAAGATCGTTACAGACGCCGGTACTGGATTCTTCCCCAATGTGGGGGGATTTTTGTAGAAGGCATGGAGAGTGGTGAAG
Seq A exon
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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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A:
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)