HsaINT0030826 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000177675 | CD163L1
Description
CD163 molecule like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30375]
Coordinates
chr12:7433374-7441246:-
Coord C1 exon
chr12:7441154-7441246
Coord A exon
chr12:7433695-7441153
Coord C2 exon
chr12:7433374-7433694
Length
7459 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTAGTGAGT
5' ss Score
5.79
3' ss Seq
TGTTTCTGTCTTTCTTGCAGATG
3' ss Score
13.38
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTTGGAAGATGCTGCTGTCATCAGAACCTTTTCTCTGCTGTGGTAACTTGCATCCTGCTCCTGAATTCCTGCTTTCTCATCAGCAGTTTTA
Seq A exon
GTGAGTTCTGATGGATGATAACTTTTGGGCTTACAATCCTCTATTCTACCTTTCCCCTACTCACTACCCTAAGTGCATATTTTGAGGGAAATAGAACATGTAAAAATAATGTTGGACCTTCAATAGCTATACCCTGTAAATAAAGGTGTCCAAATTATTTTTATGCATTTCATATTACATTTTTCGTTGACATTTTTCTCCTTCAGATAAAGAGAATTTCCAAATCCGGCCGGGCACAGTGGCTCAGGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGGAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACACAGTGAAACCACATCTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGTGTGCACCTGTAACCCCAGCTACTTGGGGGGCTGAAGTGGAAGAATTGCTTGAACCCAGGAAGTGGAGGTTGTAGTGAGCCGAGATCGTGCCCCTACACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAGATAAAGATAGTTTCCAAACGTAAAATGTCTCACTGAAAAAATATGGATATTGTATTTTTGCAAATAGAAAAATCGGTTAATAAAAACTTACAAGATACAGAAATCAAAGAATTAAATACAATTAAAAATATATATGTGTTACACACCATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAGATGAATTCAAGGGCCGGGCTGGGCGCGGGAGCTGGCCGGGCTGGGCGCGCCGCGGTCCCGCACCCACTTCCGCTTCCCGTGCGGCGGTGGGGGGATGGCGGCAGGGCCGGTGGGCGGCGGCGGCTCCAGGTCCCTGCCCGGGCGCGGCACTGCGCAGTCCGCCCTCCCCGTCGCAGGGGCGCTCCTGAGCTTCGCGGGGCCGCCTCCAGGGCTGCCTGCGCGGAGGGCCGGCCGCGGCCGACGCGAGTGTTAAGTGTCCGCCCTGGCCGGCTACCCGGAGCCAAGAGCAGGCGGCGGAGCCTGAGCGGGACGTGGCCACGCTGGCGCGGCGGGTCCAAGCCCGCCATTGGTCGGCTTCCGTTACGCCGCTGATGTGGAGTAGGGCGGAGCGCGGAACGCGAGGAGCTGCTGGGGTGTGTGTCGCAGCGGGTTTTCCTCGGCGGTTTGCGGAGCTGCTAGGATGGAGCAGGCTGCGGAGGGAGCGAGTGTGACCGCAGCCCCTGTGTCAGCTGCCGACAGCACTGAGGAGTTGGCCGAAGTCGAAGAAGGAGTTGGAGTAGTGGGCGGGGATAATGACGCAGCCGCGAGAGGAGCGGAGGCCTTTGGCGACAGTGAGGAGGACGGAGAGGATGTGTTCGAGGTGGAGAAGATCCTGGACATAAAGATCGAGGGGGGTGAAATTCTTTACAAAGTTCGCTGGAAAGGCTATACATCGGATGACGATACCTGGGAGCCCGAGACTCACCTGGAGGACTGTAAAGAAGTGCTTCTTGAATTTAGGAAGAAAATTGCAGAGAACAAAGCCAAAGCAGTCAGGAAGGATATTCAGAGACTATCCTTAAATAACGACATATTTGAGGCGAACTCTGATAGCGGTCAGCAAAGTAAGACAAAAGAAGATACTTCCCCAAAGAAGAAAAAGAAAAAATTAAGGCAGAGAGAGGAGAAAAGCCCAGATGATCTGAAAAAGAAAAAAGCAAAGGCCGGGAAGCTAAAAGACAAGTCCAAACCAGACCTGGAGAGCTCCTTGGAAAGTTTAGTTTGATTTAAGGACAAAGAAAAGAATTTCTGAAGCCAAAGAAGAACTAAAGGAGTCCAAAAAGCCCAAAAAAGATGAAGTAAAAGAAACAAAGGAATTAAAGTTAAAAAGGGTGAAATAAGAGATTTAAAGACGAAAACAAGAGAAGATCCCAAAGAAAATAGAAAAACAAAAAAAGAAAATTTGTCGAATCCCAGGTGGAATCTGAATCAAGTGTACTTAATGATTCCCCCTTTCCGGAGGATGACAATGAAGGGCTACATTCCGACAGCAGAGAAGAGAAACAAAACACTAAAAGTGCAAGAGAGAGAGCAGGGCAGGACACAGGGCTGGAGCATGGCTTTGAGAAGCCCCTAGACAGTGCCATGAGTGCTGAGGAGGATACCGATGTCAGAGGCAGGAGGAAAAAGAAGACCCCGAGAAAGGTTGAGGACACTAGAGAGAGCAGGAAGCTAGAGAACAAGAACGCATTCTTAGAGAAGAAAACTGTGCCTAAAAAGCAGAGGAATCAAGACAGAGGCAAAAGTGCTGCAGAGTTAGAGAAGCTTATGCCTATATCTGTCCAAACGCCAAAGGGCTGGAGGTTGAGCGGGGAAGAGAGAGGCCTCTGGTCCATGGACTCAGCCGAGGAGGTAAGGGCCACGGGAGGCAGCAGAAAACCCGTGTTGAGTGGCCAAGACATTTCACAAGCAAGGAAAGGGAAACAGTCAAGCTATGAGAAAGTGTTTATGACCATGGGCGGTCATAAATGAAGATCCTCCAGCTCTTGGACACTGCAGCTTATCTCTTAGTCTCTGGTTTGTTTCTCTTAGAATGATTTTGACTAGAAAATTATAGGCTAATTTGTGAGCAAAAATCAGGATGGTTTTTAGAGGTACTCAGATGATATATGGAGCATTGTATACTCAGGTTTATAGCTTCATCAGCTTATTTTATTAGCTTTTCACATCCTGCTTGGTCATTTCCCCTGTTGTCTTGAGTATACCACTATTAAATAATAGGACACAAACTACATTAACCAGTATTTTAATGCTTATAAAAATGTATTTAATAGAGAATTTGTCCCATTATAAAAATTATTTTTATATGGCTTTGCAAAATGGATATATTTTCCAAATTATGAGAGTATTTATATATGCAATATTTATCAAGGGCTATAAAAAACATCATTTTTTTCATCCATTATTTCCAGTTTTGGGAATTTATTTTAAGGAAATCATTTTAAAGAAGGAAAAGCTGTGCATACATAGTTATTTATGGCAGTATTATCTTCATTAGTGCTACAGCAAAATAGAACAACTTAGAAAATGCAGTGGAGAAGAAAAACCCTACATAAATGTGAACACAGTCATGTAAAAATATGTGTGTAATGTAAGCAAAAATGAATTTTAAAAAAGATTATGCATGTAAAAGTACAAGGACCAGAAGGGGGAACATGGAGAAGTAAAATAGTCATGATTGGTTAAGACTATGGGTGGAAAACTTTCTTAGAATTTTCTTTTTTTTTTTTTATAATAATAAAATTCCTAAAAGAGGGTTGGAAAACTGGTGTTGGGTTTTGAATTTGATATTTTGTGAATTATTATATGGTTGACTGAGGAAGCAAAATTCTTTTGTGTGAAGAGGATTTAATGATCATTGATCATGTACCACAGTATACAAGGGTGATTCCCTGAAGCCACAAACCTGTATTTTCCGGTTTTCAAATAAATATACAGTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGATGAGTTCATGCCCTTTGTAGGGACATGGATGAAGCTGGAAACCATCATTCTGAGCAGACTATCACAAGGGCAGAAAACCAAACACCGCATGTTCTCACTCGTAGGTGGGAATTGAACAATGAGATCACTTGGACACAGGGTGGGGAACATCACACATCAGGGCCTGTCATGGGGTGGGGGGAGCAGGGAGGGATAGCATTAGGAGAAATACCTAATGTAAATGATAAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACACGGCACATGTATACATATGTAACAAACTTGCACGTTGTGCACATGTACCCTAGAACTTAATAAATATAAAAGTATATTAATAAAAATAAAAATAAAAATAATATTCATTAATAAAATAAAAGTAATACTATTAAAATAAAAAGTAATACTTTTAAATACTATTTAAATACTATTTAAAAGTAAATACTTTTAAATACTATTAAAATAAAAAAGTAATACTATTAAAATAAAAATAAAAGTAATACTATTAATAAAAATAAAAGTATAATAAAAATAATAAATAAAATAAATAAAAATATATATTTGTTAATATATTAACATCCAGAGAAAAACACTATTGTTTAAAATACCAATTTGTGGCATTTTTTATAATAATGTTTCAAGAAAATTATTTCATTATATTTTATATATTGGTTATTACCTATATAGTTCTTTAACATTTTTATTTTATCACATATCACTTATGATACCTTGTTTTATTGGCTGTGTAGTTTTCTGTCATTTGGATATACCCAAATAGATTTTAATAAGACCTTATGAGTGATTATTGAAGTTATTTAATTGCTTTGTATTTCAGTAATTTTTCAAATATATTACATTTCATAGATCTGACACAGAAATTGTCATTTTTAAGGTTTTTCATTATTTTCTATATTTTTCATTAGTGCCAAATTTGTAGTTTAAATAAAATTTTATTGTTATTAAAGTGGATTCTTTTTTTTAAAGAGACGGAGTTTCACTCTGTCAGCCAGGTTGGAGTGCAGCTACAGATGTGTGCCACTATACCCAGCTAATTAAAAAAAATTTTTTACAGGTAGGGTCTCACTATGTTGTCCAGGCCGATCTGGAACTCCTGGCCTCAAGCAGTCCTCCCACCTCTGCCTTTCAAAGTGTTGAAATTACAGACATGAGCCATGGCATCTGGGCTAAATTAACATTTTAAATGCTGTTGAGATTTAATCATGGTATTGAAATGATTATTTTAATTGAATGCTTTATTTGTGCAATTTTCTTATTTCTGTTTAATCATAGATAATATTACTATATCTTTGTGTACTCCAAAATAGTATTGGTTCTTGTCCAGTTACAAATATTTTTGATTAATGTATTTGCTTTTTAAAATGCTTTAAATTTCTCGCTGTTTAATGTTATATTTGATTAGACAAAAATGGCCATTTTATAACATATATACAAATCATTAAGCATAATGTAATGGCACACATAAATCCATCCCTCAACCAGGAAACTGGATTTTTATCAACC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Seq C2 exon
ATGGAACAGATTTGGAGTTGAGGCTGGTCAATGGAGACGGTCCCTGCTCTGGGACAGTGGAGGTGAAATTCCAGGGACAGTGGGGGACTGTGTGTGATGATGGGTGGAACACTACTGCCTCAACTGTCGTGTGCAAACAGCTTGGATGTCCATTTTCTTTCGCCATGTTTCGTTTTGGACAAGCCGTGACTAGACATGGAAAAATTTGGCTTGATGATGTTTCCTGTTATGGAAATGAGTCAGCTCTCTGGGAATGTCAACACCGGGAATGGGGAAGCCATAACTGTTATCATGGAGAAGATGTTGGTGTGAACTGTTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000177675:ENST00000313599:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0053013=SRCR=WD(100=90.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development