HsaINT0031157 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000117335 | CD46
Description
CD46 molecule, complement regulatory protein [Source:HGNC Symbol;Acc:6953]
Coordinates
chr1:207943666-207956675:+
Coord C1 exon
chr1:207943666-207943707
Coord A exon
chr1:207943708-207956636
Coord C2 exon
chr1:207956637-207956675
Length
12929 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
TATTTCTTCTTTTTTCCTAGGAT
3' ss Score
10.34
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTAGGCCTACTTACAAGCCTCCAGTCTCAAATTATCCAG
Seq A exon
GTTGGTTAACTCTTTATCCTACTGATATTGTTAAGAATTTATTTATTTATTTTTATTATACTTTAAGCTCTAGGGTATGTGTGCACAGCGTGCAGGTTTGTTACATAGGTATACGTGTGCCATGTTGGTTTGCTGCACCCATCAACTCATCATTTATATTAGGTATTTCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCAGCCCCTAACCCCTGACAGGCCCCAGTGTGTGATGTTCCCCACCCTGTGTCCATGTGTTCTCGTTGTTCAACTCCTACCTATGAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTTTTCTGTCCTTGTGATAGTTTGATTAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGTCCCTGCAAAGGACATGAACTCATCCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGATGGACATTCGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCCACAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGTAGCATGATTTATAATCCTTTGGGTATATACCCAGTAAGGGATTACTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTGTAGATCCTTCAGGAATCACCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAATTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTGTTTCTCCACATCCTCTCCAGCATCTGTTGTTCCTGACTTTTTAATAATCGCCAATCTAACTGGCGTGAGTGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGACCAGTGATGATGAGCATTTTTTCATATGTCTGTTGGCTGTATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCACTTTTTGATGGTGGTGTTTTTTTCTTGTAAATTTATTTAAGTTCTTTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGGGCAGATTGCAAAGATTTTCTCCCATTCTGTACGTTGCCTGTTCACTCTGATGATAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTCATTAGATCCCATTTGTCTATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGTTATGAAGTATTTGCCCGTGCCTATGTCCTGAATGGTATTGCCTAGGTTTTCTTGTTGGGTTTTTATGGTGTTAGGTCTTACATTTAAGTCTTCAATCCATCTTGAGTTAATTTTTGTATAAGGTGTGAGGAAGGGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATACGGCTAGTCAGTTTTCCCAGCACCGTTTATTAAATAGGGAATCCCTTCCCCATTTCTTGTTTTTGTCAGGTTTGTCAAAGATCAGATGGTTGTAGATGTGAGTTGTTATTTCTAAGGCCTCTATTCTGTTCCATTGATCTATATATCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTCACTGTAGCCTTGTAGTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCTTGATGTCTCCAGCTTTGTTCTTTTTGCTTAGGGTTGTCTTGGCTATATGGACTCTTTTTTGGTTCCATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAATTCTGTGAAGAAATTCAGTGGTAGCTTGATGTGGATAGCATTGAATCTATAAATTACCTTGGGTAGTATGGCCATTTTCCCAATATTGATTCTTCCTATCCATGAGCATGGAATGTTCTTCCATTTGTTTGTGTACTCTTTTATTTCGTTGAGCAGTGGTTTGTAGTTGTCTTTGAAGATGTCCTTCACATCCATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGTAGCAATTGTGAATGGGAATTCACTCATTATTTGGCTCTCTGTTTGTCTATTATTGGTGTATAGGAATGCTTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTCGCTGAAGTTGTTTATCAGCTTGTGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGGGGTTTTCTAAATATGCAATCATGTCATCTGCAAACAGAGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATTTCTTTTTCTTGCCTGATCACCCTGGCCAGAACTTCCAACACTACGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAGGGCATCCTTGTCTTGTGCCGGTTTCCAAAGGGAATGTCCAGTTTTTGCCCATTCGGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCTTAAATAGCTCTTATTATTTTGAGATATATTCCATCAATACCTAGTTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGGCTGTTGAATTTTGTCAAAGGCCTTTTCTGCATCTATTGAAATAGTCATGTGGTTTTTGTTGTTAGTTCTGTTTTTGTGATGGATTATGTTTATTGATTTGTTAATGTTGAACCAGCCTTGTATCCCAGGGATGAAGCCAACTTGATTGTGGTGGATAAGCTTTTTGATGTGCTGCTGGATTCAGTTTGCCAGTATTTTGTTGAGGATTTTTGCATCGATGTTCATCAGGGATATTGGCCTAAAATTATCTCTTTTTGTTGCACCTCTACCAGGCTTTGGTATCAGGATGATGCTAGCTTCCTAAAATGAATTAGGGAGGATTCCCTCTTTTTCTGTTGATTGAAATAGTTTCAAAGGAATGGTACCAGCTCCTCTTTGTAGATCTGGTTGAATTCGGCTGTGAATCCATCTGGTCCTGGACTTTTTTTGGTTGGTAGGCTATTAATTATTGCCTCAATTTCAGAACCTGTTATTGGTCTATTCAGAGGTTCAACCTTTCCTGGTTTAGTCTTGGGAGGGTGTATGTGTCCAGGAATTTATCCATTGCTTCTAGATTTTCTAGCTTATTTGTGTAGAGGTGTTTATAGTATTCTCTGATGGTAGTTTGTATTTCTGTGGGGTCAGTGGTGATATCCCCTTTATCATTTTTTATTGCGTCTATTTGATTATTCTCTCTTTACTTCTTTATTAGTCTTGCTAGCGGTCATTTTTGTTGATCTTTTCAAAAAACCAGCTCCTGGAATCATTGAGTTTTTGAAGGGTTTTTTATATCTTTACCTCCTTCAGTTCTGCTCTGATCTTAGTTATTTCTTGCCTTCTGCTAGCTTTTGAATTTGTTTGCTCTTGTTTCTCTAGTTCTTTTAATGGTGATGTTAGGGTGTTGATTTTAGATCTTTCCTGCTTTCTCTTGTGGGCATTTAGTGCTATAAATTTCCCTCTACACACTGCTTTAAATGTTTCCCAGAGATTCTGGTACGTTGTATCTTTGTTCTCGTTGGTTTTAAAGAACAACTTTATTTCAGTCTTCATTTCATTATTTACCCAGTAGTCATTCAAGAGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTATTTGTGTGGTTTTGAGTGAATTTATTAATCCTGATTTGCACTGTGGTCTGAGAGACAGTTTGTTGTGATTTCTGTTCTTTTACATTTGCTGAGGAGTGTTTTCTACCAATTATGTGGTCAATTTTAGAATAAGTGCGATGTGGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTATTCATTTGGGGTGTAGAGTTCTGTAGATGATTAGTAGGTCTGCTTGGTCCAGAGCTAGTTCAAGTCCTGGATATCCTTGTTAACTTTCTGTCTCATTGATCTGTCCAATATTGACAGTGGGGTGTTAAAGGCTGCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTATGTCTCTTTGTAGGTCTCTAAGGCCTTGGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCTGTATTGGGTGCATATATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGGTGAATTGATCCCTTTACCATTATGTAGTGGCCTTCTTTGTCTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAATGTCTGTTTTATCAGAAACTAGAATTGCAACCCCTTTTTTTTTTGCTTTCCATTTGCTTGGTAGATCTTCCTCTGTCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGCATCTTTGCATGTGAGATAGGTCTCCTGAATATAGCACACCGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTTTTTTAATTGGGGCATTTAGCCCATTTTCATTTAAGGCTAATAGTGTTATGTTTGAATTTGATCCTGTCATTATGATGTTAGCTGGTTATTTTGCCCGTTAACTGATGCAGTTTCTTCATAGCATCGATGGTCTTTACCATTTGGTATGTTTTTGCAGTGGCTGGTACCGGTTGTTCCTTTCCATGTTTAGTGCTTCCTTCAGGAGCTCTTGTAAGGCAGGCCTGGTGGCGACAAAATCTGTCAGCATTTGCTTGTCTATAAACTATTTTATTTCTTCTTCACTTACAAAGCTTAGTTTGGCTGGATATGAGATTCTGGGTTGAAAATTATTTTCTTTAAGAATGTTGAATATTGGCCCCCATTCTTTTAAGGCTCGTAGGGTTTCTGCTGAGACATCCGCTGATAGTTGGATAGGCTTCCCTTTGTGGGTAACCTGACCTTTCTCTCTGGCTGCCCTTAACATTTTTTTCCTTCGTTTCAACCTTGGTGAATCTGACGATTATGTGTCTTGGGGTTGCACTTTTCAAGGAGTATTTTTGTGGTGTTCTCTGTATTTCCTGAATTTGAATGTTGGCCTGTCTTGCTAGTTTAGGGAAGTCCTCGTGGACAATATCCTGAAGAGTGTTTTCTAACTTGATTCCATTCTCCCCGTCACTTTCAGGTACACCAATCAAACGTAGATTTGGTGTTTTCACATAGTCCCATATTTCTTGGAGGCTTTGTTTGTTTCTTTTCACTTTTTTCTCTAATCTTGTCTTCTTTTTTTCATTAATCTGATCTTCAATCACTGATATAGTTTCTTTCCACTTGATCGAATCAGCTATTGAAGCTTGTGCATGCGTCACGAAGTTCTTGTGCCGTGGTTTTCAGCTCCATCATGTCATTTAAGGTCTTCTCTACACTGTTTATTCTAGTTAGCCATTCATCTAATCTTTTTTCAAGGTTTTTACCTTCCTCGAGATGGGTTAGAACATCTTAGCTTGGAGAAGTTTGTTATTACTGACCTTCT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Seq C2 exon
GATATCCTAAACCTGAGGAAGGAATACTTGACAGTTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000117335-CD46:NM_002389:9
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.586 A=NA C2=0.007
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF146101=DUF4448=FE(9.3=100)
A:
NA
C2:
PF0248011=Herpes_gE=FE(16.4=100),PF060117=TRP=PU(7.0=30.8),PF122163=m04gp34like=FE(20.7=100),PF128772=DUF3827=PU(15.6=76.9),PF054546=DAG1=PU(15.9=76.9),PF151761=LRR19-TM=PU(3.4=15.4),PF151021=TMEM154=PU(14.3=69.2),PF0200911=Rifin_STEVOR=PU(9.1=30.8),PF0265610=DUF202=PU(21.4=69.2),PF055686=ASFV_J13L=PU(7.0=30.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)