HsaINT0031166 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000117335 | CD46
Description
CD46 molecule, complement regulatory protein [Source:HGNC Symbol;Acc:6953]
Coordinates
chr1:207940358-207956675:+
Coord C1 exon
chr1:207940358-207940540
Coord A exon
chr1:207940541-207956636
Coord C2 exon
chr1:207956637-207956675
Length
16096 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAA
5' ss Score
6.82
3' ss Seq
TATTTCTTCTTTTTTCCTAGGAT
3' ss Score
10.34
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGTCAAATGTCGATTTCCAGTAGTCGAAAATGGAAAACAGATATCAGGATTTGGAAAAAAATTTTACTACAAAGCAACAGTTATGTTTGAATGCGATAAGGGTTTTTACCTCGATGGCAGCGACACAATTGTCTGTGACAGTAACAGTACTTGGGATCCCCCAGTTCCAAAGTGTCTTAAAG
Seq A exon
GTACAAAGGTTATCTTTTTTCTGTCTTGGTTTGTTATTGTTGTTGCTGTTCATTTTAGACTTTATTTCTTTGATATTAACTATCAGTCATACAAAATAACTGAAAAGAAACAATTTTAGTATTTAACTCTGTCTTGTATTCATTTCTATGCCAGATGAATGACACGAAATTCACATAAAATTCTGCTGTTGTGATTTTTTGTGCTTTTCCAGGGTTCTTAGCACGTTATGTACATTGCATGGGTATATGCTTTTAATATTTTTATGTATAAAAAGTGAATTACAACAACTTTTTGGAATTGAAACATGGGCATTTTTATCTAAGTAAGTCAACAATGGCATAATTCATATAAATGAAATGAGAGCAATAACTCCCAAGTGGTTGATCTTCTAACATTATTTTGTTTCCTAGTGCTGCCTCCATCTAGTACAAAACCTCCAGCTTTGAGTCATTCAGGTTTAGTAGCTTCTTCCTTATATGTCTTCTTCCTTATATGTTACAAGATATAAGGAATTCCTGGAGAAATTGCCAGCAATAACTCCCAAGTGTTTGGTCCAATCTACATTATTATTTTGTTTTCCAGTGTCGACTTCTTCCACTACAAAATCTCCAGCGTCCAGTGCCTCAGGTTTAGTAATTTCCTGCTTATAGTTTTTCAAAAATCCTTTAAATTCCTGGTGATTTTTTATAAAATCCTTCAAATTTCTGGTGATGTTCACTTATTTTTAGTAATGAAAGGAGGGAGGACATTTGTATAGCCATTTTAGTTGTTATACATAGTGATTCTAAAATTATTTGCCATAATCTGATATAAACAGGAATATGACCTTGGGAAAGTTGTATAAATTTTGAATGTGTTTATATATATATGTTTACATTATATATAGAGAAATTGATTTAGTACCTTCCTTATTGGGTATTAGTAAGGTATAAGTGGGATGCATTTAAAGCACTTAGCACAGTGCCTGGTGTAGAGAAAGCTCTTAGAGCTAGCCAATATGACTTATCCTACACTTAAATTAATGTTAGGGAAGGGGAAGGTTCATGTATGTTTGTTAGTATGTGTGTGTGTTAATATGTTAATATGTTTGTTTGTTAATATGTATGTTTTGTGTCATCAACTTTGCTATTTTATTCTTTTCAGAAGTGATCTGTTGACACCTTTACTGAGTTTGTTCCTATTGCAGGACTCTTTCATTTCCTGGAATGCAACTAGTTTGAGTCTTCTGATGTAAAACATTTAAACAGGGAAATTTCTGCTGTCCTCAGAACAAGATCTGTATTTCTGCCTCTTCCCTACCCACCCCTCTTCCACACCTCATAATGTTATTTATTTTTTTTCTCTTTAGTGGGCAGTTTTATCTGGCAATAGCAACTCAATTTTATAGCAACTGAAAGGCAGGAAAAGTCCTTATTTACTGAAATAAAATAGAAGACTTTTGCAGGGACTCCTGGTCAACCACTGTGCTTATGACTGGAGAGATTATTTTGATATGATGGAAGGAATTATCCTGATTTCAGCACTACCATCTCTGGTTTCACTTTGCTTCCAGCAGAAGCAAGAGACAATAGTAATTGTGGGTAGCACTTCAGTCTGGGCAGACTGTGCTTAGTTAACATCATTTCTGTGGTCTTCAGTTTCCCTTTAGTATAATGTGAGTGTTGAACTGAAATCTCAATCACTGGCTTCTAATTTGGTTATATATTTCCTATCTCCCTAATATTTTAAAGGATCGAAGAGAATTATGCATGTTAACATAGTAATTAAGATACCTTCTTATAGGCTGGGTGGGGTAGCTCACACCTGTAATACCAGAACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGAAGTTCAAGACCAGCCTGGCTAAGTTGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCGGGGTGCGGTGGCAGGCACTTGTAATCCCAGCTGCTCGGGAGGCCGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGTGGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAACAAAAACCTTCTTATAATTCCTGTAAGAGCTTGGTAACTGGTAGCCTCCTGAGTTGAGTGCTGTAGGGTTTGAGGGGCAGGAAGAGATGAGTTTTTTAGTGGACTGATACATGAGCAAAACAAGATTGCATGTGAAATTTATACTCAGTGAGGCATCCGGGCTTAACTCACATGCTCCTAGTGGGTATATGCACTAATACTACGTTTGTTGATACAGTCTTTTGAAAGAGTTGATGATAAGCATTTCATAAAGTATTTATAAAACACTGGTATAGCTTAGTGTTGGAGAGCAGAAGAGAGAATTGCTTGGGATTGTCAATGATTTCTTATCATCTGCTAGAGGAAGACTAAATAACAACATCATGATGTTAAGGTAGATCTAAATGTGTTAACAAGAAGAAAAGTTGAGGAAGTCCTAAGTGGAAAAGAGAAAGATGTAAATTATGTAGTATCATACTACTTACAGTTTTTAAAAAGATACATATGTTTACCCCAAGCACATTCCCTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGATGGCGTGCAGTGGCGCGGTCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGGTTCTCCTGCCACCTCAGACTCCCAAGTAGCTGGTATTACAGGCACCCACCACTATGCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGATGGCCTGGCTAGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCTGCCTCGGCCTCCCACAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACACCCATCCTCACATTACTTTCATGATGGTTATCTTCTAAGATTTCCATTATAAAATACAGAGTGTGGTGAGCATTCTTGTACATACATCTTACATACTTGTGCAAATATATATGTAGGTTAAATTCTAAGATGTGGAATTGCAAAGTTTGTAAAGTGTGTAGTTTTCATTTGATAAACTTAAAAAATCAATATCAAAATTAAAGTCATAATTTTATATTGATAAGGCCCTGGTGAATTTATAAAATCAAACTTATTTTTCTAGGTCCTAGGCCTACTTACAAGCCTCCAGTCTCAAATTATCCAGGTTGGTTAACTCTTTATCCTACTGATATTGTTAAGAATTTATTTATTTATTTTTATTATACTTTAAGCTCTAGGGTATGTGTGCACAGCGTGCAGGTTTGTTACATAGGTATACGTGTGCCATGTTGGTTTGCTGCACCCATCAACTCATCATTTATATTAGGTATTTCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCAGCCCCTAACCCCTGACAGGCCCCAGTGTGTGATGTTCCCCACCCTGTGTCCATGTGTTCTCGTTGTTCAACTCCTACCTATGAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTTTTCTGTCCTTGTGATAGTTTGATTAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGTCCCTGCAAAGGACATGAACTCATCCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGATGGACATTCGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCCACAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGTAGCATGATTTATAATCCTTTGGGTATATACCCAGTAAGGGATTACTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTGTAGATCCTTCAGGAATCACCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAATTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTGTTTCTCCACATCCTCTCCAGCATCTGTTGTTCCTGACTTTTTAATAATCGCCAATCTAACTGGCGTGAGTGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGACCAGTGATGATGAGCATTTTTTCATATGTCTGTTGGCTGTATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCACTTTTTGATGGTGGTGTTTTTTTCTTGTAAATTTATTTAAGTTCTTTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGGGCAGATTGCAAAGATTTTCTCCCATTCTGTACGTTGCCTGTTCACTCTGATGATAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTCATTAGATCCCATTTGTCTATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGTTATGAAGTATTTGCCCGTGCCTATGTCCTGAATGGTATTGCCTAGGTTTTCTTGTTGGGTTTTTATGGTGTTAGGTCTTACATTTAAGTCTTCAATCCATCTTGAGTTAATTTTTGTATAAGGTGTGAGGAAGGGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATACGGCTAGTCAGTTTTCCCAGCACCGTTTATTAAATAGGGAATCCCTTCCCCATTTCTTGTTTTTGTCAGGTTTGTCAAAGATCAGATGGTTGTAGATGTGAGTTGTTATTTCTAAGGCCTCTATTCTGTTCCATTGATCTATATATCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTCACTGTAGCCTTGTAGTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCTTGATGTCTCCAGCTTTGTTCTTTTTGCTTAGGGTTGTCTTGGCTATATGGACTCTTTTTTGGTTCCATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAATTCTGTGAAGAAATTCAGTGGTAGCTTGATGTGGATAGCATTGAATCTATAAATTACCTTGGGTAGTATGGCCATTTTCCCAATATTGATTCTTCCTATCCATGAGCATGGAATGTTCTTCCATTTGTTTGTGTACTCTTTTATTTCGTTGAGCAGTGGTTTGTAGTTGTCTTTGAAGATGTCCTTCACATCCATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGTAGCAATTGTGAATGGGAATTCACTCATTATTTGGCTCTCTGTTTGTCTATTATTGGTGTATAGGAATGCTTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTCGCTGAAGTTGTTTATCAGCTTGTGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGGGGTTTTCTAAATATGCAATCATGTCATCTGCAAACAGAGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATTTCTTTTTCTTGCCTGATCACCCTGGCCAGAACTTCCAACACTACGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAGGGCATCCTTGTCTTGTGCCGGTTTCCAAAGGGAATGTCCAGTTTTTGCCCATTCGGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCTTAAATAGCTCTTATTATTTTGAGATATATTCCATCAATACCTAGTTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGGCTGTTGAATTTTGTCAAAGGCCTTTTCTGCATCTATTGAAATAGTCATGTGGTTTTTGTTGTTAGTTCTGTTTTTGTGATGGATTATGTTTATTGATTTGTTAATGTTGAACCAGCCTTGTATCCCAGGGATGAAGCCAACTTGATTGTGGTGGATAAGCTTTTTGATGTGCTGCTGGATTCAGTTTGCCAGTATTTTGTTGAGGATTTTTGCATCGATGTTCATCAGGGATATTGGCCTAAAATTATCTCTTTTTGTTGCACCTCTACCAGGCTTTGGTATCAGGATGATGCTAGCTTCCTAAAATGAATTAGGGAGGATTCCCTCTTTTTCTGTTGATTGAAATAGTTTCAAAGGAATGGTACCAGCTCCTCTTTGTAGATCTGGTTGAATTCGGCTGTGAATCCATCTGGTCCTGGACTTTTTTTGGTTGGTAGGCTATTAATTATTGCCTCAATTTCAGAACCTGTTATTGGTCTATTCAGAGGTTCAACCTTTCCTGGTTTAGTCTTGGGAGGGTGTATGTGTCCAGGAATTTATCCATTGCTTCTAGATTTTCTAGCTTATTTGTGTAGAGGTGTTTATAGTATTCTCTGATGGTAGTTTGTATTTCTGTGGGGTCAGTGGTGATATCCCCTTTATCATTTTTTATTGCGTCTATTTGATTATTCTCTCTTTACTTCTTTATTAGTCTTGCTAGCGGTCATTTTTGTTGATCTTTTCAAAAAACCAGCTCCTGGAATCATTGAGTTTTTGAAGGGTTTTTTATATCTTTACCTCCTTCAGTTCTGCTCTGATCTTAGTTATTTCTTGCCTTCTGCTAGCTTTTGAATTTGTTTGCTCTTGTTTCTCTAGTTCTTTTAATGGTGATGTTAGGGTGTTGATTTTAGATCTTTCCTGCTTTCTCTTGTGGGCATTTAGTGCTATAAATTTCCCTCTACACACTGCTTTAAATGTTTCCCAGAGATTCTGGTACGTTGTATCTTTGTTCTCGTTGGTTTTAAAGAACAACTTTATTTCAGTCTTCATTTCATTATTTACCCAGTAGTCATTCAAGAGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTATTTGTGTGGTTTTGAGTGAATTTATTAATCCTGATTTGCACTGTGGTCTGAGAGACAGTTTGTTGTGATTTCTGTTCTTTTACATTTGCTGAGGAGTGTTTTCTACCAATTATGTGGTCAATTTTAGAATAAGTGCGATGTGGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTATTCATTTGGGGTGTAGAGTTCTGTAGATGATTAGTAGGTCTGCTTGGTCCAGAGCTAGTTCAAGTCCTGGATATCCTTGTTAACTTTCTGTCTCATTGATCTGTCCAATATTGACAGTGGGGTGTTAAAGGCTGCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTATGTCTCTTTGTAGGTCTCTAAGGCCTTGGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCTGTATTGGGTGCATATATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGGTGAATTGATCCCTTTACCATTATGTAGTGGCCTTCTTTGTCTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAATGTCTGTTTTATCAGAAACTAGAATTGCAACCCCTTTTTTTTTTGCTTTCCATTTGCTTGGTAGATCTTCCTCTGTCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGCATCTTTGCATGTGAGATAGGTCTCCTGAATATAGCACACCGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTTTTTTAATTGGGGCATTTAGCCCATTTTCATTTAAGGCTAATAGTGTTATGTTTGAATTTGATCCTGTCATTATGATGTTAGCTGGTTATTTTGCCCGTTAACTGATGCAGTTTCTTCATAGCATCGATGGTCTTTACCATTTGGTATGTTTTTGCAGTGGCTGGTACCGGTTGTTCCTTTCCATGTTTAGTGCTTCCTTCAGGAGCTCTTGTAAGGCAGGCCTGGTGGCGACAAAATCTGTCAGCATTTGCTTGTCTATAAACTATTTTATTTCTTCTTCACTTACAAAGCTTAGTTTGGCTGGATATGAGATTCTGGGTTGAAAATTATTTTCTTTAAGAATGTTGAATATTGGCCCCCATTCTTTTAAGGCTCGTAGGGTTTCTGCTGAGACATCCGCTGATAGTTGGATAGGCTTCCCTTTGTGGGTAACCTGACCTTTCTCTCTGGCTGCCCTTAACATTTTTTTCCTTCGTTTCAACCTTGGTGAATCTGACGATTATGTGTCTTGGGGTTGCACTTTTCAAGGAGTATTTTTGTGGTGTTCTCTGTATTTCCTGAATTTGAATGTTGGCCTGTCTTGCTAGTTTAGGGAAGTCCTCGTGGACAATATCCTGAAGAGTGTTTTCTAACTTGATTCCATTCTCCCCGTCACTTTCAGGTACACCAATCAAACGTAGATTTGGTGTTTTCACATAGTCCCATATTTCTTGGAGGCTTTGTTTGTTTCTTTTCACTTTTTTCTCTAATCTTGTCTTCTTTTTTTCATTAATCTGATCTTCAATCACTGATATAGTTTCTTTCCACTTGATCGAATCAGCTATTGAAGCTTGTGCATGCGTCACGAAGTTCTTGTGCCGTGGTTTTCAGCTCCATCATGTCATTTAAGGTCTTCTCTACACTGTTTATTCTAGTTAGCCATTCATCTAATCTTTTTTCAAGGTTTTTACCTTCCTCGAGATGGGTTAGAACATCTTAGCTTGGAGAAGTTTGTTATTACTGACCTTCTGAAACCTACTTCTGTTAACTCATCAAACTCATTCTCTGTCCAGTTTTGTTCCCTTGCTGGCAAGGAGCTGTGATCCTTTGGAGGAGAAGAGGCAGTCTGTTTTTTGGAATTTTCAGCTTTTCTGCTCTGGTTTCTCCCATCTTTGTGGTTTTATCTACCTTTTGTCTTTGATGGGGTTTTGGTGTGGATGTCCTTTTTGTTGATGTTGATGCTATTCCTTTCTGTTTGTGTGTTTTCCTTCCAACAGTCAGACCCCTCAGCTGCAGGTGTGTTGGAGTTTGCTGGAGGTCCACTCCAGACCCTGTTTTCTTGAGTATCACCAGCAGAGGCTGCAGAACCACAAATATTGCTGCCTGATCCTTCCTCTGGAAGCTTCGTCCCAGGTGGGGCACCCACCACCTGTTTGAGGTGTTTGTCGGCCGCTACTGGGAGGTCTTTCCCAGTCAGGCTACATGGGTGTCAGGGACCCACTTGAGGAGGCAGTCTGTCCAGTGTCGAAGCTCGAATGCCATGTTCAGAGCACCACTGCTCTCTTCAGAGCTGTCAGACAGGGACGTTTAAGTCTGCAGAAGCTGCTGCGTTTTGTTCTACTATGCCCTGCCCCCAGAGGTGGAATCTATAGAGGCAGTAGCCCTTACTGAGCTGCGGTGGGCTCCTCCAGTTTGTGCTTCCAGTTCTCTTTGTTTACACTGTGAGCTACTCAAGCCTCAGCAATGGCAGACATTCCTCCCCTCATCAGGCTGCAGTGTCGCAGGTCAATCTCAGACTGCTGCGCTAGCAGTGAGCAAGGTTCTGTGAGCGTGGGACCTGCCAAGCCATGCACAGGAGGGTATCTCCTGGTCTGCTGGTTGTTAAGACTGTGGGAAAAGTGCAGTATTTGGTCAGGAGTGTACTGTTTCTCCAGGTACAGTCTGTCACGGCTTCCCTTGGCTAGGAAAGGGAAATCCCCCAAGTCCTTGCGCTTCCGGGTGAGGCGATGCCCCGCCCTCCGTGGGCTGCACTCACTGTCCAGCCAGTCCCAGTGAGATGAACCAGGTATCTCAGTTGGAAATGCAGAAATCACCTGTCTTCTGCATCTATCTCGCTGGAGCTGCACACCAGAGCTGTTCCTATTCAGCCATCTTGGACAAGATTTTTTTTTACTTAAAATTTTTTTAAATTAAAAACTTAAGACATATCTAAAAAAATGTTAAGAATTTTTAAATGATGGGTGAAAAATAACATCTTGTTTTAATTTGCATTTCTTGGTTCTTGGTTTTTAGTTGTTTTTGTTTTTGCTTTTTTGAGACCGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAACCACGGCACACTGCAGCCTCAACCTCCTGGGCTCAGGTGATTCTCCCACCTCAGCCTCCCAGGTAGCTGGAACTACAGGCACCTGCCACCACACCCAGCTATTTTTTTGTGTGTGAATTTTTTGTAGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGGCAAGTCTTTTCTCCAACTCCTGGGCTTAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCTTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGTGTGACCCACCATGCCCGGCCAATTTACATTTCTTTAATTATCAGTGAATCTGAACTTTTTTTGATCTACATTTATTTATTCATGTGCTTTGTCTATTTTTCTGTTAGGTTTCTAAAATATTTTTCTTAGTGATTTTTGAGAGCTCATTATGAATTAAAGCCCTTTTAATATGAAGTGAACAGTTTTTTCCAGGTTCTTTTGTTTTGTCAGTTTTAAGCTTGTTATACTACTGGATATAGATTACTTTTTATAACTTTTAATTACATGAGTAGTGTATGAATATACTTTTGTAGAATTTCAAACATTACAAAAGTATATAGAGTAAAAGATTAGTTTTATTTTTAACTCATTACCCAAGTTAATCACTGTTAATAGTTTAGGGTTTCTTTTTAAATCTATTTTTGTACATCAACATCTTTTTTTAAAAAGTTTTATTTTAGATTTGGGGGTACAGGTGAAGGTTTGTTACATAAGTAAACGTGTCACAGGGATTTGTTGTACATAACTATTTCATCACCCAGGTATTAAGCCTAGTACCCAATAGTTACCTTTTCTGCTCTTCTTCCTACTCCCACCCTCCCCGGTCAAGTATACCCCAGTGTCTGTTGTTTCCTTCTTTGTGTTCATTAGTTCTTACCATTTAGCCCCCACTTATAAGTGAGAACATGCGGTATTTGGGACGTTCCTGCTGAAGACATGCGCTCGTTCTTTTTTATGGCTACGTAGTATTCCACGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTGTCATTGATGGGCATTTAGGTTGATTCCTTGTCTTTGCTATTGTGAGCAGTGCTGCAGTGAACATTCATGTGCATATATCTTTATGGCAGAATGATTTATATTTCTCTGGGTATATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTTGAATGGTAGTTCTGCTTTTAGGTCTTTGAGGAATCGCCATACTGCTTCCCACAATGGTGGAACTAAATTACACTCCCACGAACAGCATATAAGTGTTCCCTTTTCTCTACAACCTCACCAGCATCTATTATTTTTTGACTTTTTAATAATAGCCATTCTGACTGGTGTGAAATGGTATCTCACTGCCGTTTTGATTTGCATTTCTCTAATGATCAGTGATACTGAGCTTTTCTTCTGTATGTTTTTTGGCCACATATATGTCTTCTTTTGAAAAGTGTCTGTTCACGTGCTTTGCCCACTTTTTAATGGAGTTGTTTTTCTCTTGTAAATTTTTTTAAGTTCCTGTAAATGCTAAATATTAGGCCTTTGTCAGATGCATAGTTTGCAAAAATGTTCTCCCATTCTGTAAGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAGCTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTCAATTTACTTCAATCGTACTTGTCAATTTTTGCTTGTGTTGCGATTGTTTTTGATGTCTTTGTCATGAAATCTTTGTCTGTTATTATGTCCAGAGTGATATTGCCTAGGTTGTCTTCCAGGGTTTTTATAGTTTTGGGTTTTACATGCAAATCTTTAATCCATCTTGAGTTGATTTTTGTGTATGGTGTAAGGAAGGGATCCAGTTTCAATCTTCTGCATATGGCTAGCCAGTTATCCCAGCACCATTTATTTAATAGGGAATCTTTTTCCCATTGCTTGTTTTTGTCAGTTCTGTGGAAGATCAGATGGTCATAGATGTGCAGCCTTATTTCTAGGCTCTCTATTCTGTTCCATTGGTGTATATGCCTGTTTTTGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTAGCGTAGCCTTGTAGTAGAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTTGCGTAAGATTTTCTTGACTATTCAGGCTCTTTTTGGCTCCATATGAATTTTAAAATAGTTTTTTCTAGTTCTGTGAAGAATGTCGTTGGTAGTTTGATAGGAATAGCATTGAATCTGTAAATAGCTTTGGGCAGTATAGCCATTTTAATGATATTGATTCTTCCATCCATGAGCATGGGATGTTTTTCCATTTGTTTGTGTCTTCTCTGATTTCTTTGAGCTGTGTTTTATAATTCTCATTGCAGAGATGTTTCACCTCCCTGGTTAGCTGTATTCCTAGGTATTTTATTCTTTTTGTAGTAATTTTGACTGGGATTGCCTCTCTGATTTGACTCTCAGTTTGGCTGTTGTTGGTGTATAGGAATGCTAGTGATTTTTGTATATTGATTTTGTATCCTGCAACTTTGGTGAAGTTGTTTATCATCTGGAGCAGCTTTTAGGCCAAGACTGTGGGGTTTTCTAAATATAGAATCATGTTGTCTGTGGACAGAGATAGTTTGACTTCCTCTCTTCCTATTTGGATGCCCTCTGTTTCTTTCTCTTATCTGATTGCTTTGCCTAGGACCATCAACATACTTTTATGTGTAATTATACATGTAGTTTGGTGTTTTCTCTTTTCTTAAAAATGATATTATGCTGTACATATTTTTCTGCAACTTTTTCCACTTACACTCTTAGATTGTAGTTGTGTTTAGATTTATTCTCATACTTTCTAATGATGACTTAAGTATATACCATACCTTATTTAACTATTCTCCTATCAGAGGTCATTTATATGTTCAGACGTTTTATATTAATAGGTAGTTGGATGTATTGATCTTTTCCCTAATGGCTATGACTTTGGTGTCTTTCTTACTAAAACTTTAGGTCTTCTGTATGCTGAAATTGTATGAAGATTTCAACCATGTGTTCTGACTTTGGTCTTTGCACTTAAATCATTAGTAAATCTGAAATTTATTCTGGTGTATATAATGAGATATATGGTTCCACCTCGCCCCACCCCAGCAACCACCATCCAATAGCTAAATAGCACCATTTTTTGAATAAGTTGTCTTCTCCCCAACTGATTTGAAATGTCAATTTGTATCATACATTGCATTCATAGGTGTTCCATCCTCTTTTCTCCTTTGAACTTTGTCCATTCTTCTATTCTTGTAGCAAAAGCAAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTGTAGTACTATATGTTTTAATAACTGCCGGGAACACTTCCTTTTCAGAAATTTCTAAGGAACTCTATGTTATTTTTTCCAAATAAACTTTTTATCTTATCATTTTGACCATTTTAAGTTTACAATTCAGTGGCATTCAGTACACTGACATTGTTATGTAACCATCAGTACCATCCATCTCTAGAATATTATAATCATCCCACACTGAATCTCTACTCATTAAACAGTAACTCTCCATTCCTCCCTATCCCCATCACCTGATGATAACCACTATCTACTTTTTGTCTCATGAATTTGCCTATTCTAGGTAAATTTATATAATTATAATAAGTGGAGTCCACTTATATGGCATCCCACTATTTGTCCTTTTGTGTGTGGCTTATTTTACTTAGCATAATGTTTTTAAGGTTCATCTAGATCTATCTTGTGACATGAATCAGAACTTCATTCCTTTTTATGGCTGAATAATAGTTCGTTATATGTATATACTATATTTCATTTATTCATTCATCTGTTGCTAGACACTTGGGTTGGTTTGTTTTTACCTTTTGGCTATTTTGAGTAATGCTGTTATAAACATAGGTGTACACATATCTGTTTGAGTTCCCGTATTCAGTTCTTTTAGGTATATACCTGGGAGTAGAATTGCTAGATCATAAGGGAATTCTATTTTTAATATTTTGAGGAACTGGCATACTGTATTCCACAGTGGCTGCACCATTTTACATTCCCACCAGCAGTGGGAACCTTTAACAAAGGTTCCAATTTTTCCACATCTCCACCAACACTTATTAAATTGTTTTTTTAGTAATAGCCAAGTGTCTTAGTCTGTTTTGTATGTGATAACAGAATACCACAGACTGAGTAACTTATAATGAACAGAAATTTATTTCTTAGAGTTCTGGAGGCTGAGAAGTCTAATATCAAGGCATGGGCATCTGTGAGGGCCCTCTTGCTTTGTCATAATATGATGGAAGGCATCACATGGTGGAAAGGAAAAGAGACGGTGAGAGAGAGAGTAAGAGGGACAAAACCATGCCCTAAATAACAAACACACCCCTGCAATAACGACATTAGTCCATTCATGAGGACAGAGCCATAATGACCCAAACACCTCTTAAAGGCGCCACCCCAATAACATTACATTGACAATTAAATTTCATCATGAGTTTTGAAGGGGACATTCAAACCATAGACCGTCCTAATAGATATGAAGTAGATATGCATACTAGATATGCATTTCCCTAAAAATTAGAAATGTGTTGAGAATCTTTTCATGTGCTTATTGGTCATTTGTATATCTTCTTTAGAGAAACATCTTTTTAAGTCTTTTGCCCATTTTCAAGTTGGGTTGACATTTGTTACTGAGTTTTAAGAGTTATTTATATGTTCTGGATATTACTTCCTTATCAAATATATGATTTACAAATATTTCCTCTCATTCTGTGGGTTGCCTTTTCACTCTGTTGATAGTGTCATTTGATGCACAAAATTTGCTTTTAATTGATGAAATATAATTTTTTTCTTGTCTTGCCTGGGCTTTTAGAGTCACATCCAATAAATCATAGCCAGATCAAATGTCAAGAAGCATTTCCTCTGTTTTCTTCTGAGAGTTTTATAGTTTTACCTCTTATGTTTAGGTCTCTGATCTATTTTGAGTTTGTGTTTGTATATGATAAGGGTCCAGCTTCACTTTTTTTGCATGTGGATATCCAGTTTTACCAGCACCATTTGTAGAAGAGACTCCCTTTCCCCATTTGACTGTTCCTTGTCACGCTTGTTGAAAACCGTTTGACCATATATGCAGGGGTTTATTTCCGAGGTCTCTGTTCTATTCCATTGGTCTGTATGTCTGCCTTTTTGTCATTACCATTGTTTTGATTATTATAGTTTTGGAATCAGAAAGTGTGAGCCTTCTCAACTTTGCTCTTTGTTTCTAGGATTGTTTTGGCTATTTGTGGTCCCTTGAGATTTCATATGTATTTTGGAATGGATTTTTCTATTTCAGAAAAAAAAAACCAAAAAATACCATCATCAGGATTTTCATAGGGGTTGCACTAAATCTGAAGATTGCTTTGTATAGTATTGACAGTTTAAAAATACTAAATTTTTCCAATCCATAAACACAAGTGTCTTTCCATTTATTTTATATCTTTAATTTTTTTTAGCAGTTTTGTAGTTTTCAGTGTACAAGTCTTTCACCTCCTTAGTTTATTCCTAAGTATTTTATTCTTTTTGATGCTATTACAAATGATATTGTTTTCTTAATTTCCTTTTCAGATTATTCATTGTTAGTGTATAGAAATACAACTGAGTTTTGTATGTTGATTTTGTAACCTGCCACTTAACTGAATTCATTTATTAGTTCTAAGAGATTTTTGCATGTGTGTGTATATGTGGGATCCTTAGGGTTTTCTAAATAAAAGATCATGTCATCTGCAAACAGAGCGAATTTTATTTCTTCCTTTCTAATTTGAATTTCTTTTTCTTACCTAATTGCTCTGATTAGAACTTTCAGTCCTATGTCAGATAGAAGTGGCAAACATGGACACCCTGTCTTGTTCCTGATCTTAGGGAAAAAGCCTTCATTCATTTAACATTGAGTATGATGTTAGCTGTGGGTTTTTAATATATGGCCTTTATTATGTTGAGGAAGTTTCCTTCCATTTCAGGTCAACTCTAAAGCATTTATTTTTATTAATCCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTGTGTTGCCAGACTGGAGTGCAGTGGCTGTGTCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACGCACTACCACACCCAGCTAATTTTTGTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGACGGGGTGTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCCGGCTAATCCCTCTATCTTTTAATTTTAATTAGAATCACATTGGATTTATAGACTAATTTTGAGAAAATAGTACAGATAAATTTGCATGTTGAACCACAGAATGTTGTCACAGAAAATGTGAGTGGGGAGGAAGAAGAAAGATTATGACATTAAATGTAAGTTTATAAATTTTTATGATACTACTTTGAGAAACATTAATATAGTTTATAAGGAAAATTATATTTTAAGGGATTTTCTACAAAGGTGAAAAAAAATCACCCTATGAGTTTAAAGGATTTTAAGCTTTATATTTAATTCTTTCCTTCTTTTATTAATTTAATCTATATTTCTTCTTTTTTCCTAG
Seq C2 exon
GATATCCTAAACCTGAGGAAGGAATACTTGACAGTTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000117335-CD46:NM_172361:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.007
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=90.3),PF0200911=Rifin_STEVOR=PU(2.9=3.2)
A:
NA
C2:
PF0248011=Herpes_gE=FE(16.4=100),PF060117=TRP=PU(7.0=30.8),PF122163=m04gp34like=FE(20.7=100),PF128772=DUF3827=PU(15.6=76.9),PF054546=DAG1=PU(15.9=76.9),PF151761=LRR19-TM=PU(3.4=15.4),PF151021=TMEM154=PU(14.3=69.2),PF0200911=Rifin_STEVOR=PU(9.1=30.8),PF0265610=DUF202=PU(21.4=69.2),PF055686=ASFV_J13L=PU(7.0=30.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)