HsaINT0031169 @ hg19

Intron Retention

Gene

ENSG00000117335 | CD46

Description

CD46 molecule, complement regulatory protein [Source:HGNC Symbol;Acc:6953]

Coordinates

chr1:207958964-207968861:+

Coord C1 exon

chr1:207958964-207959027

Coord A exon

chr1:207959028-207966863

Coord C2 exon

chr1:207966864-207968861

Length

7836 bp

Sequences

Splice sites

5' ss Seq

AGGGTAAAT

5' ss Score

5.83

3' ss Seq

CTTTATACCTTGGTTTGCAGGAA

3' ss Score

8.18

Exon sequences

Seq C1 exon

TTGTTGGAGTTGCAGTAATTTGTGTTGTCCCGTACAGATATCTTCAAAGGAGGAAGAAGAAAGG

Seq A exon

GTAAATTAAAGCATGTTTCTTTTAACTTCTTGGTCCTTCTTATACTTAACATGCTTTTGTGCAGCTTCAGTTTGTAATCTGTATTGCATGCTATCTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAATGCCTGCATTAGTTTGTCCTACCAATTGCATTTCTTTGCTAAAAATATTTTCAGCTACTTCTAACATCACTGCAACATAAAAACATCTGTGCAGAGTTCCTACAGCTATTATGACTTTAAGAAAAATTTCTTTTGGATTTGAGGTTTAAGTTATTTAGCAAATCATGGACCACTCACTATGAGGCCTTCTCTACCCTATTCCCTATTTCCAAAATTGCACTAATGGCCAAAATTAAATTTAAAGTATTTCACTGTGGAGACTTTGACAGTTGTATTCACTGGAATTTTTATAATGAAAGTTTCCACTTGTCTATATAGCTTAGCTAGTTGCAAGAAGCTATGTAGGCATATCATTTAAATACCCAATTTGGTGTCTTTTCATTTAAAGTTGTTATTTATACATGTTAAACTGGGGGATTCAAAACAACACTATCCGATTTCCCTCTTATGTTCTCTGAATTTACCAGATTGCAGTAAAACTGATAGGGTTAAAGTTAAAATTGCTGAGAGGGGTTAGATCTATAAGGTACCTCAATTAACTGTGTCTTTTAATATATAAAAATGTAAAAAGTGAGTGGGTTTAGAATAGAAGAAAAATGTACAAGTACATATCTTCTAAAGAAAATAGGGTTTTAAAACATCAAACTCAAATTTTAGTTAAAGAGCTTACAGTTTAACAAAAGACTTAGAATGAATCCTGGAACACAGACTAAGATTAGGTGCTTTGAAATTTCTGAAAGATAATATACATTCATTTTTACTGATTTTTAAAAACTGTTTTCCCCTATAGTTTTAGAAATAGCTTTGAAATCAAACCTAATAATTTTAAGACTTTTGGTACTCATGGTTTTATGATATATATTCCTTTTATACTGATCATCAGGTTTGGGCTAAGTCATAAAAGTACAAGCTTTACTCATAAGGAACTCAAACTTTTTTCATATTACTTGGTTATCTTTTGAAATACCCATAATCCCTTCACTTGAATCTTAAATCTTGTATTAATGGAACACGATATGCATATTTGATTTATCTATCAGTTGTATATTCTAAAAGTTACATATCTACAACGTGAGTACAAAATATTATCAATGGAATATTTTTACAAATCCATAAGGTTTGCGTAGAAACAAGTTCTAAAGAAAACAAAACAAAGTCGCATTCTGCTTATTTTCCTTCTTTGTTTAAAATATCACTGCATCAGAATTTTTAAAGGTTCATTAACAAGTATTAATCAAACTCTCTCTAGCTAGCAGTTAATGGTTTTTCTGTTGTTGTTTTTTGCTTTTTTGTGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTTGGCTCGCTGCAACCTTGGCCTCCTGGGTTCAAGGGATTCTCTGCCTCAGCCTCACGAGTAGCTGGGATTACAGTCGTGCACCACCACCACCGGCTAATTTGTTGTACCTGTACTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTAATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAGGTGCTAGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCCGGCCTTAATGGGTCTTTTAAAGCTCAACAGTTATCTGACTGTTACACTCCCAAATGAAAGGTTCAATAGCAGTAGTGAACTGAGATTCCAAAATTAATTTGTCCAGTGATTTTTTTTTAAAGCCCATATTTTACAGCATAGGGTCCAACTGACAGTTGCCATTATTAAAATTTTAAAATATTTTGGGAAGGTATGATATCTTTAGCCAATGCAACATAATTAATCCTGCAAATAGTAGCACAACTTGAGGAAAAATAGTCCAGAAAATGGTGTGAGAGACGAAACTCCTAATTGCCTTTGAACTTTAAAATATAAACTGCGTGGGAATCTTTTAGAATAGATGTTACCCTTTTTATGACAGGAACATACTCGATTGGAAATTCAGCATATGTAATGGCTGAATCCAAAGCTAGGCTCTCTTTATGGATCTATTATTTTGTAGTTCCATGTTATTTTGATAGCTGAACTGAATGTGAGGGTGGTTTATCTTTCTTCTTCAGAGTCTAGAGGAATGTTTCTCTGACTTTAATGTGCACATTAGTCACCTGGAAATCTGTTAAAGTACAGATTCTGATTCATTGGGTTTGGGGTGGAGCCTGAGACCCTGCCTGTCTAGTGAGCTCCCAGTGCTGATGCTGCTGCTGTGCCTGGGCTACACTGACCAGGGTGTTGCCCACTACTGATGTGCCTATATTGTTGAAGTCTGAAGAAACACTATGAAGCTTATTGGCAAATTTTTCTAATATTTAAGATAATTGAAGTTTTTAAGATTCCTCATCCATGTGTATCCTTAAAAAAAGGCTATGGGGTAATAAATAGTACTTGGCTTTTCTTACCTTCTTTAACTCTTAAAAAACAAAGATTTCCAGCCGGGCCTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCCGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCGAGATTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACGGAGTGAGACTCCATCTCAAAAACAAAAAACACAAAAAAACCCCAAAGATTTCCATTATTTTCTTTGCACTGTTTAATGTCCATAATCTTGTCCCCCCAGATTGGCTGTTGTGGCCTTAGAAACTTCTTATAAAGACTATAAAATGTCTGGAGGCACTTCTCCACTTCCGGGGGTAACTGGAAGCAGGCTAGCAGGCACAAATAATCTCAAATTGTTGTTAAAGCCTGGCACAAAATGTATTTCTTGTAAACTGGTATTTATGGTGATTTGGGAACGTAATTACTCTTCTGCAGCCTTCATCTCAAAATACAAAAATAGTGTAAGGAGTCATTTTAAGATCATCCAACATCATTTACATTACTTGATAAAAAGTGGGCAAAAGGTTAAAGTATTCTGCCACTTTTCTGTTTCATAGCTCTCAGCTGAGAACAGTATAGGATACCAGTGGGTCCGAAACAGGTCCCATCCACATGCTCCCTCCTTTTCCCTTCCCATTTCCTTTCTTTACTAATTCTTCTACCATACTTTTTAGTCTTGGAAGCCACAGCCCTGTCTTTGCTACTGCTTCAGTCCTGTATTGCATGGCATGACTGTGCTTCTGAACAACAGATGCCTTTTGTTTACATAAATATTTAAGTAATGGTTTTTTTTAAATGCATGATTATTTTTTAACTCTAGTTAAGCATCCCTGGATAAGTGACAGTTTGGCTAAGTTAGTGAAAGTTATTTACATAATTTATATATTTATTACCTGTGACAAATAGTTTTTCCTTTTTTCCATTAATGGTATTTATTATTTTGTATAACCTAAACTGACTTTTAATGTTACATTAATATTGACTGACCCAATTACTTTATTAAAAATAGTGGTCAGTTCAGGTAATTGGGGCATATAGTGACATGGGGCAAAAAAAGGATCAAATTAACTTAAATGTTTTTCTAGTTGGCCCTTAAATTCTTGAGCATTTAACCCTTCAAAAATTTTTGAGCAACTACAAAAATGTTTTGTAATTAGTTTAGAAAGCATCCTTACAAAATTAGATCCATCTCAGAAATATGAGACGCCATGTAATACAAAGTTTTGCAACGATGTCTCCTCAGGTTGAAAACAGATGTGCCACAGGAAGACACTTCTTAATGTAAAAGTCCAGAGACATCTGAAAATACATGATGTCATAAAGTTGATTTCTAGATAATATTACATGGATTTGATACATACTCAATGTATTCCCTCAAAATTGAGGGTGTTAGGCCGGGTTTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAACTTTGTGAGGCCGAGGCAGGCCGATGGCTTGAGCTCAGGAGTTTGAGATCAGCCTGGGCAACATAGTGAGATGCTGTGTCTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAGAGTGCTAGAGACCGGTACCATTTCTCCCCAACAATCTGTTATTCCTTGAAAACATTTTGACATGAATCACTTCATGCAAAATGGCTTCAAAGATAAACATATTAAACAGGAATTTCCAGTCTGTTTATCTGCTGGATGATCTATATGACTTCAAAGTTCAAGTAGCTTCTAGCACAAAATTCATGTTTCCAGTCCTTCAGTGAGAATGAGAAAGTCTTAAGTTATGAACCTAATTCTCAGCTTTCCTGCTACTCTCTTACACTGGATTTTATCCCACTTGTTATGCTACTCGTTTCTTTTTGGTTTGAAGTCACTATTTTATTCAGCCGTTTTCTCTTCCTCTGTTCAGCACATACCTAACTGATGAGACCCACAGAGAAGTAAAATTTACTTCTCTCTGAGAAGGAGAGATGAGAGAAAGGTTTGCTTTTATCATTAAAAGGTATCTGTTTTCTGTTGTTTATTTTCAGATGTCCTTTCTTTTGAAAAATATTCAGTGGATATATAGATATCAATAACCTGAGCAAAGAGATATTGGCAGTAAATATCAAAGAGGAAATTTACATTCCTGTTCCCTTTGCTAAATTATTGATGTGTTCTTATACCATTCCCTTTGAAAACATAATGTGTACTGACAGGCTTTGACGTAGGCTTTAAATAGAGTTATGTTCCCCTAGTCCTTTTATCAGACGATCTCACTTCTACCTTGTAAAACAGCTGTGAATCCAAAAGTAAGAATTTGTGAGCCAACTGGGAAATAACCACAGAATCAACTCATTTTAAGTGCAAGGAGGAAAAATGCCCTTTTATAGAAACCAAAATATATTTTACTTAGTTTTGTAAATTTATTCAATTCCAACGTATAAATAACTCTGTAAAGACATTTTATCAGTTTCCCTGGGCTGGGATATTTTTAGCATATCAAAGGAAAACAAAAAAGTCCTCAGATTTTGAAAAGTAATGGATTGCATTGCCTTAAACCCTTGGACCCTGTCCACCTTCTGTCTTTGAACTGAACTGGAATTATTCCTCTGTTTGTGCTAGAATGTGTGTCCGCAGAGCTGGGAAGAGATGGAGATACATATCCCACCTCTTATAATGTGAGGCCCTAACCTAGGTTATAATTAAAAGTTTGGGAGCAGGATCTACAAAGGCCAGCTGGAAGGACAATTTCTTAGTAAAAGCAAAGTGATGTCTTTGGTTACAGGAGGAAAGGGAAAGACAAAACATACCAACCAGAATTGGCGGTCTGGGCCTACCCAGTCCTATATACAGTAGTTCCTTCTTATCCACGGGGGATACATTCCAAAACCTCTAGTGGTTGCCTGAAACCTGGGAGAGTACTAAACCTTATATATACTGTTTTCTCTTAAGCATGTATACCTATGATCATTCAATTTATAAATTAGGCACAGTAGGAGATTAACAGCAATAACTAATAACTAATAATATCAATTATAAAAATATGCCAGCATCACTACTCTTGTGCTCTGAGGCCACTAAGTAAAATAAGGGTTACCTAACCACAGGTACTGTGATACCGTGACAGTCAATCTGATAACCAAGACAGCTATTGAGTAACAGGCACATAGTGTCCACAGCATGGGTATGCTGGACGAAGGGATGATTTATATCCCGGGAGGGATGGAGTGGGACAGTGTGAGATTTCATCATGATACTCAGAATGGCACACAATCTAAAACGTAGTTCTGTAATTTTCCATTTAATATTTTTGACCGTATTTGACTATGGGTAACTGAAACCGTGCAAAGTGAAACCGTGGATAAGGGAAGCCTACTATATCTTCTTAGTCTCTTAGGACACTTTTGAGACTAAAGCCAACTAGGAAAATAGTTTTTAGACTCTCTCTGAGCTTCAGGGTATCTGTAAACATTTGAAGATAATTTAATGAATGCTGTAGTTAATATTTTGCCATCTTCAAAATAGCTTCATTGTTATATCCAATAAATGTTTCTTTAAATTTATGTTAATGCCTTTTATCTTTGGCATAGATTGGATTTTTATTTAAAACTTTATTTAAAGAAAGAGATTCTACTACTATGGGAAAAAAATATTTACTTAGAAAAATATAGTGGTGGCCAGTCCTGGTGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACTTAAGGTTTGAGACCAGGTTGGCCAAAATGGTGAAACCCTGTTTCTACTAAAAATACAAACATTAGCTGGGCATGGTGGTGCACACCTGTAATCCTAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCACAAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGAGGAGGTTGCAAGTGAGCCAAGATCACACCACACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAGGAAAAAAAATAAAGAAAAGAAAAGAAAAATATAGTGGTCTTGGAGAATTCAGTGACAGGCCAAACCATTAAGTCTGTCATCACAACAGTCCTTAGGGAACTGCAATATTATAAGTATAGTAATGACGCAGTAGAGAACCATAATGATGGCCTCCCCGGCAAAGAAGAACCAACCCGTTTACGCCTGAGGTTGCAATTTTTTGAATTTTTGCAGTCAGACCCTGGCGATGACCTTGAGCAGTAGGAGATAAATTCCACATGCTTAGCGTTCCAGTAATGGAACACTAGGCATAAATGGGTTATTAAAGTATCCAGAATTAACATGCTTAGCTGTGACATTGGAAAGGCAATGTGTTTGCTGTGGCACACATACTAGTAAATAATGACTGGTCCGAATTTGGTTTTCGTTTGTCTATTAAAGTCAATTTACTAAGGCAGGGAGGGCCCAGAGCTGTGCTGTCCAGTTCAATAGCCATGCGTGACTGCTAAGGACTTCCAAAGTGGCTAGTCCAATGTCAGGTATGCTGCAAGTGTCAAACACACACTGGATTTCAAAGACTAAGCCAAAAAAATGTAAAATACATCTCAATATTTTGGTTATACTCGGTTAAAGAAAATAAAATTATTTTTGCCTTTTTATGTTTTTAAAAGTGGCTTCTGGAAAATTTTAAATTACATGTATGACTGGCATCATCTGTCTTTGGCCAGCACTAGACTAGAATAATAGGTTTTATAAAGATGTCTATTGTTATACTAAAAGTGTGACGTAAACTTTAGTTATTTAGGAGACTCTTAGTGGAATACATGATTTTCTTGACAGTGAGGGGTAGATGAGGCATCACATACTTGAACAGTTAGAACCACTATCTTTTTAAAGGTTCTGTGCCAGAGCTACAGCTTTAAAATGGAGGGATCAGGAAAGCATGCGTTTGTCTCCAGTCTTTCCCATTGGCCCTACATCAAAATGAGGACATAGTTACTAAGTACTTTGTGTGCTACTGCTCTATTTCTTGTTTTGGAGGGGATCAAAAATATAAGACAGGGATAAAGGAAGGTTTTTTTTACAGTGAGACCAGTTGAACATTTGAAATTATTTTAAAAGAATAATTTATTTCCCAGGTTGGTGGCTCATTACTATATTTTTTTAATTGTTCATTTTCTGAATAGGCTTCTGGAATTTAATTTCTGTACTTAATTATATTTATCTTTGACATGATCTTTATACCTTGGTTTGCAG

Seq C2 exon

GAAAGCAGATGGTGGAGCTGAATATGCCACTTACCAGACTAAATCAACCACTCCAGCAGAGCAGAGAGGCTGAATAGATTCCACAACCTGGTTTGCCAGTTCATCTTTTGACTCTATTAAAATCTTCAATAGTTGTTATTCTGTAGTTTCACTCTCATGAGTGCAACTGTGGCTTAGCTAATATTGCAATGTGGCTTGAATGTAGGTAGCATCCTTTGATGCTTCTTTGAAACTTGTATGAATTTGGGTATGAACAGATTGCCTGCTTTCCCTTAAATAACACTTAGATTTATTGGACCAGTCAGCACAGCATGCCTGGTTGTATTAAAGCAGGGATATGCTGTATTTTATAAAATTGGCAAAATTAGAGAAATATAGTTCACAATGAAATTATATTTTCTTTGTAAAGAAAGTGGCTTGAAATCTTTTTTGTTCAAAGATTAATGCCAACTCTTAAGATTATTCTTTCACCAACTATAGAATGTATTTTATATATCGTTCATTGTAAAAAGCCCTTAAAAATATGTGTATACTACTTTGGCTCTTGTGCATAAAAACAAGAACACTGAAAATTGGGAATATGCACAAACTTGGCTTCTTTAACCAAGAATATTATTGGAAAATTCTCTAAAAGTTAATAGGGTAAATTCTCTATTTTTTGTAATGTGTTCGGTGATTTCAGAAAGCTAGAAAGTGTATGTGTGGCATTTGTTTTCACTTTTTAAAACATCCCTAACTGATCGAATATATCAGTAATTTCAGAATCAGATGCATCCTTTCATAAGAAGTGAGAGGACTCTGACAGCCATAACAGGAGTGCCACTTCATGGTGCGAAGTGAACACTGTAGTCTTGTTGTTTTCCCAAAGAGAACTCCGTATGTTCTCTTAGGTTGAGTAACCCACTCTGAATTCTGGTTACATGTGTTTTTCTCTCCCTCCTTAAATAAAGAGAGGGGTTAAACATGCCCTCTAAAAGTAGGTGGTTTTGAAGAGAATAAATTCATCAGATAACCTCAAGTCACATGAGAATCTTAGTCCATTTACATTGCCTTGGCTAGTAAAAGCCATCTATGTATATGTCTTACCTCATCTCCTAAAAGGCAGAGTACAAAGTAAGCCATGTATCTCAGGAAGGTAACTTCATTTTGTCTATTTGCTGTTGATTGTACCAAGGGATGGAAGAAGTAAATATAGCTCAGGTAGCACTTTATACTCAGGCAGATCTCAGCCCTCTACTGAGTCCCTTAGCCAAGCAGTTTCTTTCAAAGAAGCCAGCAGGCGAAAAGCAGGGACTGCCACTGCATTTCATATCACACTGTTAAAAGTTGTGTTTTGAAATTTTATGTTTAGTTGCACAAATTGGGCCAAAGAAACATTGCCTTGAGGAAGATATGATTGGAAAATCAAGAGTGTAGAAGAATAAATACTGTTTTACTGTCCAAAGACATGTTTATAGTGCTCTGTAAATGTTCCTTTCCTTTGTAGTCTCTGGCAAGATGCTTTAGGAAGATAAAAGTTTGAGGAGAACAAACAGGAATTCTGAATTAAGCACAGAGTTGAAGTTTATACCCGTTTCACATGCTTTTCAAGAATGTCGCAATTACTAAGAAGCAGATAATGGTGTTTTTTAGAAACCTAATTGAAGTATATTCAACCAAATACTTTAATGTATAAAATAAATATTATACAATATACTTGTATAGCAGTTTCTGCTTCACATTTGATTTTTTCAAATTTAATATTTATATTAGAGATCTATATATGTATAAATATGTATTTTGTCAAATTTGTTACTTAAATATATAGAGACCAGTTTTCTCTGGAAGTTTGTTTAAATGACAGAAGCGTATATGAATTCAAGAAAATTTAAGCTGCAAAAATGTATTTGCTATAAAATGAGAAGTCTCACTGATAGAGGTTCTTTATTGCTCATTTTTTAAAAAATGGACTCTTGAAATCTGTTAAAATAAAATTGTACATTTGGAGATGTTTCATGA

VastDB Features

Vast-tools module Information

Secondary ID

ENSG00000117335-CD46:NM_172361:9

Average complexity

IR-C

Mappability confidence:

NA

Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available

Features

Disorder rate (Iupred):

C1=0.000 A=NA C2=0.697

Domain overlap (PFAM):

C1:

PF0248011=Herpes_gE=FE(28.8=100),PF060117=TRP=FE(36.8=100),PF122163=m04gp34like=FE(36.2=100),PF128772=DUF3827=FE(32.8=100),PF054546=DAG1=FE(33.3=100),PF151761=LRR19-TM=FE(36.2=100),PF151021=TMEM154=FE(33.3=100),PF145751=EphA2_TM=FE(38.2=100),PF0200911=Rifin_STEVOR=FE(47.7=100),PF0265610=DUF202=PD(45.2=86.4),PF055686=ASFV_J13L=FE(36.8=100),PF126692=P12=FE(48.8=100)

A:

NA

C2:

PF0248011=Herpes_gE=PD(24.7=72.0),PF060117=TRP=PD(31.6=72.0),PF122163=m04gp34like=PD(6.9=16.0),PF128772=DUF3827=PD(29.7=76.0),PF054546=DAG1=PD(28.6=72.0),PF151761=LRR19-TM=PD(36.2=84.0),PF151021=TMEM154=PD(30.2=76.0),PF145751=EphA2_TM=PD(40.0=88.0),PF0200911=Rifin_STEVOR=PD(11.4=20.0),PF055686=ASFV_J13L=PD(31.6=72.0),PF126692=P12=PD(23.3=40.0)

Main Inclusion Isoform:

NA

Main Skipping Isoform:

ENSP00000313875