RnoINT0032216 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007917 | Cd46
Description
CD46 molecule [Source:RGD Symbol;Acc:3061]
Coordinates
chr13:113787349-113794298:-
Coord C1 exon
chr13:113794238-113794298
Coord A exon
chr13:113787463-113794237
Coord C2 exon
chr13:113787349-113787462
Length
6775 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAAT
5' ss Score
6.41
3' ss Seq
AAAGTGTCTTTTAACTACAGAAA
3' ss Score
5.58
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGTTGGAGTTATTGTAATTTGTCTCATCATACTCAGGTGTTCTGAGTACAGGAAGAAATG
Seq A exon
GTAAATATTCTAAATTGTCATCCACGCAACTGTTTTGTCTTTTGCCTTGCACACCCTCCTCTTCCAGGCCTGCCTGTAGTAATTTGCCCTGCAAATTGCATTTCTTTTGCTAAAACATGGTCGGCCAGTTTTACATCTTTAAAGCATAAGGATCTGTATGGAGTGGCTTTTTAAGCAGCTATTATCAGTACAAGAAAGTTTTCTATGGGATTTGAAAGTTTAAGCTGCTTAGTGAAACAAGATTATTATAAAGCATTCCCTATTTTCTAAGTTCAAACGTGGCCAAAATTAAATTTGAAATATTTCACTGTGATATTTTTATTTTGTAGTCACTGTGATTTTTGTGATAAAAGCTTACATTTGTCTAACTTGGCTAGTGGTAAGCTATGTAGGGGGTCTGATTTTTTTTAATAATTTAGAGTTATTTATTAATTTTAACCAGAGTGATTAAGACTGCCACTATTCATGTTCCCTAAATCGTTTGAATAGTAACTCATTCATTAATTAGTATTAGAAATAGCTGAAAGGCTAAAATTAGAATAAGGTGACTTTATTTTTAAAGTAAATAAATTTATTTTAAAAATAAATTTAAATAAGCAATCACTAATATATGAATAAATTTCATATAAATAGGTAGGTAGATTGAGCTTTTACAAGTGAAGAATATACTTCTATTGTATAGCCCAAACTTGATGATTAATTTAAAAGGAAACATGAAACAGGGCACTCTATTATCTTTTATCTGTGTTCTATCTCTATAAAGACTAAAACAAAGGAGGATTAAATCAGGAAAAATTAAAAATACATATACTTCAGAAGAAATGGGGATTTAGAGGAGATGGGGGTATTTAGGGTGGCAAGTCCCTAGGCAAAAACAGGGAGTTAAATTATTAAAATTAAATGTAGCAAATTTACCTGTAATGGAAGATTTGGAATAAATCTTAGGACACAAATTATATTAGTCCTTTGAAGTTTCTGATAGGATTTAAGTAATTTCATTTTTTTTGTCACTTTAAAATAGCTCTGAAATCATTCCTAATAAATAAAAGACATGTTTCATGTTTCCTTTTAAGTTAATTATCAGGTTTGGACTAAATATTCTTCACTTGTATAAAGCTCAATCTTTTCATTTATTTATTTTAAAAATAAAATGACTTTATTCTAACTAACTTAAATAAAAACATCACATAACTAGACAGTTGGTTTTTTTTTTTTGTCTACTTTATTGGGTTCTTGTATCTACCATCCTCCCAACCCTTATTCTACTCTAGTCCCTTTCAACTTCCCAACACTAAATAGGAGAGAAAGGTTAGAGGGGAAAGGGTGCACAGACCTCGTTAAACTACTTCCTGCTGATTAAGGGCTTGAGTTCCTTGGGGCAAATCCAACCTATGACATCAGGAAACCAATTTCTTCTTCTCCTCTTTGCTCATGGCCACCTGACAAACTGCAGCAGCAGGAACCAGCAGCAGCCTCCTAAGAAAACCCCACCCACCTCAGGGATCTCAAATTTACACCCTCTCAAAAGTTCTCAGAATTCCAAATACCACACACTTGAAGAAACTGTCTGCAGCTGGCAAAACCATCCCTTGCTAGTGCAGGAGGCAAATCATAATCCCCTGCTGTGAAATGGCCTCTTATCCCACCTCAGGGCTCTCAGTGGTCTAACAGAAAATTAAATACCTAAAAATGTTTTGGAAGGGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGGAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAGAACCCAAAAAAAAAAAAAATGTTTTGGAAGATAATTTGTCTTCAAACTGTAATGTAGTCACTGTACAGAGTAGTGCAATTATAACGTTCCCAAGAATGGTGTGGAAAGAGGTTAATTGCCTCTTAATGGCCACTGAGCTAAAATATAAATTGTATTGATAGTCTTTTAAGATATAATTTGCACCTTTTAATGACAAGATGCCAATATAACATATGGTGGTTAAATTAAAAGTCTCCCCCATACTTATCATGCATAAGGCATCAGTCTCCAGCACAGAGAGAAAGTAAATCAGGATGCTTGCCTTCAGAACACTGACGTCCACATACGGGTGTGTGTGGGTCTCTTGTTTGTTCTCTGGGACTATTTCCTGATGTAGCTCTGGCTAGCCTCAAGCTTGTGATATCCTCCCGACTTGCCTCTCTAGTAGTAATATACCTGAGTCCCAAAGAAAGAGATGCACTTCTTCTTTAACATCCTGAACAATATCTCTGTAGACTCATGAATCATCTGGAGATCTGATCTTTTGGTCTGGCGCAGGTCTGAGACCTACTGTTTAATGCATTCCCAAGGGTGCTGTATGGTCTGCTGTATAAAATTATCCATTGTTGAAAATTTAAAAATTACTATCATGCCTTTTATTTTCTTTTCTGATATTAAGATCACTAAGTCTTTTTTTATTTTTCTGTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTGAAATAGGGTTTCACTGTGTAGCTCTGAGTATCCTTGAACTCATTTTGTAGACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTTGGATTAAAGGGTGCACCACTACACTCAGCCATAATGTCTATCTCTCTCTCTATATGTGTGTTTGTGTATCTTTTATTTGTAGAAGTGTTTTGTTTACATGTATGTAAATGTACATGCCTGGTGCACAAGGAGGCTAGAGTAGGGCACCAGATCCCCTGGAACAGGAATTACAGCCAGTTGTGAGCCACAACGTGGTTTGAGGAACCAGACCTAGATTTCTCTACAAGAATAAGTGCCTTTTACCACTCAGCCATCTCTCCCACCCCTCAACATCTCATCTATGTATAACTTTTTCAAGAGTGGGTTAACAGTGACCTTTATTTAACTTTTTTTGTGCTATCTTCTTTATAAGATTTATTTATTTATACGAGTACACTGTCACCATCGTCAGACACACTAGAAGAGGATATTGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGATTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGAAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGATAAGGCATCTCTCCAGCCCTTGTGCTATTTTCTTAATAGTATTTAATGTCTATAATCAAAGTGGCTTTCATTTCCTCTAAGTTATCAGGAATAACAAATTCATCTTCTCCTATGATCTCACTTGACAACCAATGCAGATTGCTGTAAATAAATATGTAGATTTTCCACACAGAAATCAGTCAGATCTGCAGCAGACAACAGTTGGTGCTCTTTATTTCCATTCAGATCTCCACAATTCTCCCTTTTAGATGTCAGTCCCAAGCTCAGTTATTTTACCCACCAACTATAAGGTACAGTCACCACAATTAATTTGCTAGAGTCACAGAACTCAAACCAGTTTGAACTACAGAGGAAAATTGTATGTCAGAGAAGGAGCAAAAAGACTCCATGCCTTCAGAAGGAATTACCCCTAGAAACCTTTCTTCCACCTATCTGGAATCTCCGAACCAGTCCTTTCTGCCCCTTCCCCTTTAAGTAATCATGATTAATTAGATCATTTAGGCTTCAGTTCTCTTTCTTGGAGGTTGGGCAGTATGGTTGAATGTCAATCCTCAAGTACTGTCTAGATCTTTTCTGAAGCTTCTGAAAGGTTACAACCATAAATCAGTTCATTAGCACACAAAAAGGATATCACTTTGAAGAGTCTAAGGATATTGAATTGTTGGGTACAGAATAATAAAGACCAAATATATATTTCACAGTACCACATTGGTGGCTAACTTCTTACATAAGACTATATAAAATGTATCTGTTTGGGGGGGGATGACTGGAAGAAAGCATAGATGTTCTCTAATTGCTGTTAAAGTATGGTTTTACAAACTGGCTTTGATATTTGTGATGTCTTGAGAACATAATGATCCTTCTCCAGCCATCATCACAAACTACAGACATTGTACAAGCAATTCATTTAAGTTTGTGAAAAATAGCCCAAAGTATCTTATAGTATTGGTTATTGTCTTCTGGGTATAAGAAAAGGATAGAATTTGGACTAGGGTGGTATCTTCTCAGTAAACTATTTGCCATGTAAGCATGAAGACCTGAGTTTAATCCTTGGGATCAACATAAAAAGCCAGGTTGCTGGTCCATGTTTTGTAATCACAGCACCGGGAATACAGAGTTAGAAAAACTTCAGGGCCTTGCTATTCAGTTAGCCTAGTCTATCGCATATACAAGAGAGTAAGTTAGGATCACTGACATGTCTTAAATAAGTATAGTTCACACACTTCTTTCCATTTTTCTTTCCAGTCTTTGTTCACTTTCTCCTCTTGGAGGCAACACACTACTTGACATTCATCTTAAAAGTCTATATGCTTCTGAACAAGTGCTTTTTACTTAACTGTTTTCACTTGTAAATTTTTTCATCTATGCATTATTTTCTTTACTCCAGCTAAGGTTTTTCTTTACTTACATCCCAAGAGAGGTGAGAGTTAATCCATAAATGAGTATTGTCTTAGTCAGGGTTTCTACTCCTGCACAAACATCATGACCAAAAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTAAGCTTACATTTCTATGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACTGGAATTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAATCCATGGGGAGATGTTACTCACAGGCTTTCTTCCCCTAGCTTGCTCAGCTTGCTCTTATAGAACCCAAGACTACCAGCCCAGGGACAGCACTGCCCACAATGGACTGGGTCCTCCCACCTTGATCCCTAGTTGAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTCATGGAGGCATTTCCACAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTTCAGCTTGTGTCAAGTTGACACACAAAACCAGCCAGTACAAGTATTATTTGCATAATTCATGTGTTTTGTTTTCCACAATAGTAATTTTCATTGTTTTCTATTAGTGATGCTAATAGAATGCTAAGA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Seq C2 exon
AAATGTATCTGCAGCAAGATGAAAAATCCCACGTGTGGAAGTCATTACTGTTCCATTTTTGAAAACTGGTTCTTCAAGTCTGCAAAAGCAAAATTATATATTTGCAGGAGCTTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007917:ENSRNOT00000057151:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]