HsaINT0036186 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000150048 | CLEC1A
Description
C-type lectin domain family 1 member A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24355]
Coordinates
chr12:10081237-10089222:-
Coord C1 exon
chr12:10089124-10089222
Coord A exon
chr12:10081414-10089123
Coord C2 exon
chr12:10081237-10081413
Length
7710 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGT
5' ss Score
7.65
3' ss Seq
GACTTGGTCATTTGGGTTAGTTT
3' ss Score
3.09
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCACAGGGCTCCCTCTTCAACGTGGCGACCAGTGGCCCTGACCCTGCTGACTTTGTGCTTGGTGCTGCTGATAGGGCTGGCAGCCCTGGGGCTTTTGT
Seq A exon
GTAAGTCTGCGCTCTGACCTGGGGGAGGATCCTGGTTCCAAGGTTTGTCTAGGATGAGAAACACTTGTTATGGATTTGTTTTTTAAACTTTAATTCCTTAGCCTTTGGAAAATTCAGTGTATCTTTTTTTAAATGGCAACTATTTAAATAGTGAATAATGGAAGAAGAAGTAAAAAAAAAATCAGTTGCCAACTAGAATTAAACATTCTGTTTGAGATAAGAAGGGTTTTGTCTGTTTGTTTGTATGTCAATGTTTAAAAAAAATCATTTATTTTAAATAAATGCATGCTTCAGCCCTCTCCCATTCCACAAAAGACTAGGGTATCAGAGGTTTGGGCTCTGAGAATACAAGGTTCAGTGGGCTAGTGCAGAATATGCTACCCATAGAGCCACGGGTACCATCAATACAAGGAGAGTAGGTAAACTCCTTAATCACCATATTTTTTAAAGGCCAGGAAGTTATACAGTCACTTTACAAAAACTTGTGAAAATCAAATTGGAAAAAAGCATATCTAAAAATATTTAAATTTCAAACTAGTAAAAACAAGTTAAAAAGCTTAAAAAAGAAAGTGGATGAATTTGCCTCAGTAGGTGAAGACCCCACAGCAATGTTTCCTAAACAGCTGAATAACTGTTCTTTGAACAGTTCTTTTAACTGTTCTTTGAACAGTTCTTTTAACTGTTCTTTGAACAGTTATTCAAAGAAAAATGTTATATAGAAGAGCAGATTTTAATGTCAAAAATTGGGTTTTATAGGAATTTTAATACTTCTGTTTGTGTCTTATATTTCAAAATTAAAAATAACTTCTTGTTGCCCTTTTTGATCCCAAAAGTTTTGTTTCATTGTGATAGAACTATTGTTTTGCAATCACCATTATTCTTGGAAATATAGAGGAACTCTTATGATTCATGAGGGATTTCTATACTTAGATGTAGAGACCTGAATTTCAAATCTGAATGTTGAAAATTTCTAGTCAAATGATGTTAGGAATTTACTTGTTCTCAATGATCCTAATTGCAAACTGTAAAATCATGGAAAAAATAATAACACTATTTCAATAACTGAATAAGTAACAATATATGGTATATTGTCAATACTCAATATAATGATCAACATATAAACAGATTGGCGGTTTTATGTTGAGTAACATTTGAGAGTATACATAAAAATATTTATCAAGCAGTAAATATAGGTTAAGAATTTATTCCTGAAGTTAGGAACTAATATTATAACTCCACATTTCTATTTATTTATTTATAAATATACATAGATAAATTATTTAAATTATACATTTTTTTTAGGCCAGGAATGGTGGCTCATGCCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGAATCGCTTGAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCCTGGCTAACATGGTGAAACCTTGTCTCTACTGAAAATACAAAACTTAGCCAGGCATGGTGGTGGGCATCTGTAATCCCAACTACTCAGGAGGCCAAGGCAGGAGAACCGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGATTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTGCACTCCAGCCTAGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCTAAAAAAAAAAAAAACAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAACTTTGAGGTATGTCCTTTATATGCCAATTTTGCTGAATGTTTTAATCATAAAGGAATGCTGGATTTTGTCAAATGCTTTTTCTGCATCTATTGAGATGATCATAGGATTTTTGTTTTTAATTCTGTTTATGTAATGTGTCATATTTATTGACTTGTGTATGTTAAACCATCCCTGCATCCCTGGGATAAAACCCACTTTATCATGGGGTATTATCTTTTTGATGTGCTGTTGGATTCAGTTAGCTAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTACACTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTTCGCCTCCCGGGTTCAAGGGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGAGATTACAGGCACCCACTACCACACCTGGCTAATTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGAGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCGGTCTTCCAAAGTCCTGAGATTGCAGGCATGAGCCACCGTGCCAGGCCTCAGTTAGCTAGCCTTTTGTTGATGATTTTTGCATCAGTGTTCATCAGGGATATTGGTCTGTAGTTTTCTTTTTGTTCTGTGCTTTCCTGGTTTTGGTATTAGTGTGATACTGGCTTCATAGAATGATTTAGGGAAGATTCTCTTTCTCTATTTTTGGGAACAGTTTCAGTAATATTTGTACCAATTCTTCTTTGAATGTCTGATGGAATTCAGCTGTGAATCCATCTGTGAATGGACTTTAATTTGTTGGCAATGTTTTTATTACTGTTTCAATTTCACTACTTGTTACTGTTCTGTTCAGAGTTTCTATTTATTCCTGGTTTAATCTAGGAGGGTTGTATATTTCCAGGAATTTATCTATCCCCTCTGGACTTTGTGATCTTTCGTATTTGTGTGGCATCAGTTGGAACATCTCCCGTTTCATTTGTAATTGAGGTTATTTGGATCTCCTCTCCTTTTCTTGATTAACCTTGCTAACGTTCTATTGATTTTATTTATCTTTTCAAATAACCAGTTTTTTATTTCATTTATCTTTTGTATTTCTTTTTTTTTTTTCATTTCAATATCATTTAGTTCTTCTCTGATCTTTGATACTTCTTTTCTTCTACTGGATTTGGGTTTGGTTTGTTCATGTTTCTCCAATTTGTTGAGCTGTGACCTGAGATGGTCTATTTGTGGTTTTTCAGACATTTTGATGTAGTCATTTAATGCTATGAACTTTCCTCTTAGCACCGCTTTTGCTGTATGCTAGAGGTTTTCATAAGTTGTGTCACCAATATTATCGTTCTGTTCAAAGTATTTTTTAATCTCTATCTTGATTTCGTTGTTTACCCAAAGATCATTCAAGATCAGATTATTTTATTTCCATGTATTTGTGTAGTTTTCAGGGTGCCTTGTATTGTTAATTTTCAATTTTATTTCACTATGCTTTGAGAGAATACTTGATATAATTTCAGTTTTCTTAAATTTATAGAGACTTTTTTTGTGGCCTATCATATGGCCTTTGTTGGAGAATGTTACATGTGCTCATAAAAAGAATGCATACTCTGCAGTTGTTGGATGGAATGTTTTGTAAATATCTTTTAAGTCAATTTGTCCTAGGATATAGTTTTAAGTCCACTGTTTCTTTCTTTCTTCTTCATTGTTGACTTTCTGTCTTCAAGACCTGTCTAGTGCTGTCAGTGGAGTATTGAAGTCCCCCACTATTATTGTGTTGCTGTCTATCTCATTTTTTTAGGTCTAGTAGTAATTGTTTTATAAATTTGGGATCTCCAATGTTAAGTGCATATATATTTAGGGTTGTGATACTTTCCTGTTGGACTATTCCTTTTATCACTATATAATGTCTATAATGTCCGTCTTTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTGTTTTTGCTTTAATGTCTGTTTTGTCTGATAAAAGAATAGCTACTCCGGCTCATTTTTGTTTTCCATTTGCGTGGAATATCTTTTTCCACCTCTTTACCTTAAGTTTATGTGAGTCCTTATGTGTTAGGTGAGTCTTTTGAAGACAGCAGATACTTGATTGGTGAAATCCATTCTGTCATCTTTAGCTTTTAAGTGGAGCATTTAGGCCATTTACATTCAGTGTTAGTATTGAGATGTGCAGTACTGTTCTATTCATTATGCTAGTTCTTGCCTGAATACCTTGTTTTATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTATTGTCTTATAGGTCCTGTGAGATTTATGCTTTCAGGAGATTCTATTTTGGTGTATTCTGAGATTCTGTTTCAAGATTTAGCACTCCTTTTAGCATTTCTTGTAGCTCTGTCTTGGTAGTGGCAAATTCTTGCAGCATTTGTTTCTCTGAAAAAAACATTATCTCTCTTTCATTTATGAATCTCAGTTTCACTGGATACAAAATTCTTGGCTGACAAAATTTTGTTTGAGGAGGGTAAAAATAGGACCCCAATCCTTTCTGCCTTGTAGGGTTTCTGATGATGTCAGCTATTAATCTGGTAAGTGTTCATTATAGATTACCTGATGTTTCTGTCTTACAACATTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATACAGAGTCTCACTCTGTCGCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGTTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCCCAGCATTCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTGGAGACAGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTTAATCTCCTGACCTCGTGATCTTCCCACCTTGGCCTCCCAACGTGCTGGAATTACAGACTTGAGCCACTGCACCTGGCCTGTCTTACAACTTTTAAGATTCTCTCCTTCATCTTGACTTTAGATAACATAATGAATATTTACCTAGGCGATAATCTTTTTCAATGAATTTCTCAGGTGTTTTTTGAGCTTCTAGTATTTGAGAGATTGTTTGGAGGTTCTAGCAGGAGAGTGCAGCTACACATATACCCTTGACCAGACTGGTCCTCCTCTATCGGGTGTGGTCGTCCTCTTCGACCCAGTGCACAGCTTCAGGAGGGATGCACATGGAACAGTGAGGGAGGAAGGGGACACACACCTAGCCAGCCAGATCCGCTGAATCAACACTGGCAATCAGTGGGGTGACAGATATCGCAGCCAGATTGCCCTTACATCCTGAGCTTCTAGTGTTTGGATGTCTAGATCTCTAGGAAGACCATGGGTGTTTTCCTGGTTTATCCCCTCAAATAAGTTTTCCAAACTTCTAGATTTCTCTTCTTCCTCAGAAACAATTATTCTTAGGTTTGGCCATTTACTATAACTCCAACTTACTTGGAGACTTTGTTCATTTTTTTTTTTCTATTATCTTTGTCTTTGTCAGATTGGGGTAATTCAAAAGCCTTGTCTTCAAGCTCTGAAATTCTCTCTTCTCCTTGTTCTAGTCTATTGTTGAAACCTTCTACTGCATTTTCTATTTCTCTAAGTGTGTCTTTCATTTCCAGAAGTTGTGATTGTTTTTTCTTTACGATATTTATTTCTCTGGATAATTTTTTAAATCCATATCCTATATTGTTTTTTAAAATTTGTTTAGGCCGGACATGGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGAGGGCAGATCTCCTGAGGTCAGGAGTTTAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACAAAAAATATAAAAATTAGAGAGACATGGTGGTGGGCACCTGTAATCCCAGCCACTTGAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGTAGATCCAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACACTACTGCGTTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGATTCTGTCTCAAAAAGAAAGAAAGAAAACCATAAATAAGTTTCTTAAGTTGGTTTTCACTTTTCTCTGGTATCTCCTTGAGTAACTTAATAATCAACCTTCTGAATTCTTTATCTGGCAATTCAAAGATTTCTTCTTGGTTTGAATCCATTGCTGGGGAGCTAGTGTTACCTTTTGGTGGTGCTATAGAATCCTGTTTTGTCATATTACCAGAATTATTTTTCTGTTTCCTTGTCATTTGGGTCTATTGGGTATTTCAGTGAAAAGATCTGGAACACACAGGCTGCTGTTCAGATTCTTTCATCCCATGGGGTGATCCCTTGATGTTGTGCTCTCCCCCTTCCCCTAGGTCTAGGGCTTCCTTAGAGCCAGACTGCAGTGATTGTTATTCTCTTCTGGGTCTAGCCACCCAGTGGTGCTACCAGGCTCCAGGCTGGTGCTGGGGAATGTCTGCAGAGTCCTGTGATATGATCCATCTTCTGGTCTCCCATCTGTGGATACCAGCACCTGCTCTGGTGAAGTTGGCAAGGAGGTGAAGCAGACTGTGTGAGAGTCCTTGGTTGTAGATATGTTTAGTGTGCTGTTTAGTGTGCTGGCTTCCTTGAATGCTGGTTATGCTAGCAGTGAAGTTGTCAGATGGATGCACTCAGGACCTCTGGTTAGCCAGGATGTTGCAGGCAGTGGAATTAGCTGTTGTCTTCTCCCTCCTTGGAGCAGGGTTATTCTGTCTTGAGTTACTCTAATGGTTTGAGTTGTTGGCCTCCAGCCAGGAGGTGGTGCTTTAAAGAGAGCACCAGCTGCAGTAGTAGACACGGGATGTAAGCTTGTTCTAAGTTTGCCAGGATGAGTATTCAGGTTTCTCAGGTGATGGGTGGGGCCATACAGCTCCCAAGTTTATGTCTTTTGTGTTTGGGTACCAGGGTGCATAGAGAAAAAACATCACATGGGATCAGGGTTAGGCAGGTCTGAGCTCCCACTCTCCTTGGACGGGGCTTGTCATGAATCCTGTGGGGGATGGGGGTTGGTTCTCAGGATTTTATGGCTGCCTCTGCTGTGTCATACAGGTCACCAGGGAAGTGGGAGAAAGCTGGCAGTGATAGGCCTTACCCAGCTCCCACATAGCTGGTGATGCAAGTCTTGCTCCCCCCATGCCCCACCAACACCACGAAGTTTATATCCTGGCAGCTCATGCCTGGGGCTCTGAACTTGCCTCAGGCTACAACCCTTCCCACTGAGAAAGCAAGCAGGCTTTCAGGCCACGCCGCTCCCCACCTTCCCACACCATCTGTCACAGTTCCTGTGCTGATATCTGTAGCAGTTCCTCTTTGCCCCCTGGATTCTGCTTAAGAAAATTCATATCCAGTTGAAATTATTACAAAATTCATTTGGAAGCTTCTTTCATCCTGTGTCTCCTCTTTAATTCCACTGGCTGCCTTGTCCAAGGACCCCTGTGAGACAAAGTCAGGGATGGCTTCCCTGGGCTTGAGCTGGAGAATGGGAGTGCCTACAGGACTCTTTCCTCTGCTTCTTCTACTTTTATATTTTGCATCTATTTTATATTTGGCTCCCTACATCCATTTCTGCTCCAGGTGAGGTTAAATCCTTCTCATGTAACCCAGATTTTCAGGTTCCCCATTAGGGATGTGTGTTCAGAGGTGGGTTTTCCCCACTTCACACATTTTTGGCTGTCTTCCAGAATTTTCAGTATTGAGTTGCTTCTTTCAAAGGATCTGTGCATTCTTTCAATTTTCCTGGTATGTTCCTGAGGTGGTTCCTGGAGGAAAAGTTCACAGTGTGAGTCTCCTCACCCTGTTCTGTTGTCCAAATGGGAGCTCTATCTTAGCCCTCTTAGCCGTCATTTTCTCCTCATGACTTCACATTTTTAGACAGACTTAAAGAAATTAATTTGCCCAAGGTGATACAACTTCTCATATATGTACTAGAGTCCAAACTTGAATATAGGCAATATGAGAACTCAGAGCCTGAGATACTAAAAAATATACTGTTTTGTCTTCCCCATAAGCAGAAAATGGAAATAAAACATAGAAATAAGCTGTCCAGTCTGACTTGGTCATTTGGGTTAG
Seq C2 exon
TTTTTCAGTACTACCAGCTCTCCAATACTGGTCAAGACACCATTTCTCAAATGGAAGAAAGATTAGGAAATACGTCCCAAGAGTTGCAATCTCTTCAAGTCCAGAATATAAAGCTTGCAGGAAGTCTGCAGCATGTGGCTGAAAAACTCTGTCGTGAGCTGTATAACAAAGCTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000150048:ENST00000315330:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.170 A=NA C2=0.150
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066977=DUF1191=FE(29.7=100),PF041569=IncA=PU(29.2=82.4),PF083915=Ly49=PU(28.6=82.4)
A:
NA
C2:
PF066977=DUF1191=PD(38.7=71.7),PF041569=IncA=FE(61.5=100),PF083915=Ly49=FE(60.2=100)
Main Inclusion Isoform:
ENST00000457018fB1662
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development