HsaINT0039513 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000163359 | COL6A3
Description
collagen, type VI, alpha 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:2213]
Coordinates
chr2:238289558-238305490:-
Coord C1 exon
chr2:238305370-238305490
Coord A exon
chr2:238290143-238305369
Coord C2 exon
chr2:238289558-238290142
Length
15227 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TATAATGTTGCCACCTACAGTCA
3' ss Score
6.04
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163359-COL6A3:NM_057166:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.018 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0009223=VWA=WD(100=87.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)