HsaINT0041151 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197721 | CR1L
Description
complement component (3b/4b) receptor 1-like [Source:HGNC Symbol;Acc:2335]
Coordinates
chr1:207818458-207850913:+
Coord C1 exon
chr1:207818458-207818675
Coord A exon
chr1:207818676-207850733
Coord C2 exon
chr1:207850734-207850913
Length
32058 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAGGA
5' ss Score
8.18
3' ss Seq
GCTGTGGTCTTGATCCCCAGATC
3' ss Score
8.19
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTGTGAGTTTGGGGATTGTTGTGTCCACTAACCGGACTCAGAAGGGACTTCCCTGCTCGGCTGGCTTTCGGTTTCTCTGCTCACCTCCGGATAAATCACGGGGTCTCCCGCGCCGCTCATGGCGCCTCCCGTCCGTCTCGAGCGTCCCTTTCCTTCCCGGCGCTTTCCTGGGTTGCTTCTGGCGGCCCTGGTGTTGCTGCTGTCCTCCTTCTCCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCAATGCAATGTCCCGGAATGGCTTCCATTTGCCAGGCCTACCAACCTAACTGATGACTTTGAGTTTCCCATTGGGACATATCTGAACTATGAATGCCGCCCTGGTTATTCCGGAAGACCGTTTTCTATCATCTGCCTAAAAAACTCAGTCTGGACAAGTGCTAAGGACAAGTGCAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197721-CR1L:NM_175710:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=WD(100=93.4)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)