Special

HsaINT0041151 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
complement component (3b/4b) receptor 1-like [Source:HGNC Symbol;Acc:2335]
Coordinates
chr1:207818458-207850913:+
Coord C1 exon
chr1:207818458-207818675
Coord A exon
chr1:207818676-207850733
Coord C2 exon
chr1:207850734-207850913
Length
32058 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAGGA
5' ss Score
8.18
3' ss Seq
GCTGTGGTCTTGATCCCCAGATC
3' ss Score
8.19
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTGTGAGTTTGGGGATTGTTGTGTCCACTAACCGGACTCAGAAGGGACTTCCCTGCTCGGCTGGCTTTCGGTTTCTCTGCTCACCTCCGGATAAATCACGGGGTCTCCCGCGCCGCTCATGGCGCCTCCCGTCCGTCTCGAGCGTCCCTTTCCTTCCCGGCGCTTTCCTGGGTTGCTTCTGGCGGCCCTGGTGTTGCTGCTGTCCTCCTTCTCCG
Seq A exon
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AGAAGGGACAGTAGATATGTTTACAATTTGCATTTTAGTGATGTGTTTAGTACAAAATAAAGCCTATTATAACTACTATGGAAATTTTGAGGCCACATCTCTTCCTTTTTTTAACTTCAAGTAGGTAAACATCTTCAGTTAGAACCCTTCTATTATTAGTTTTGGGCTCCCCAGAAGTCTTCTTGGTTGCCTAGACTCACTGGCAACATCTCACTTGAAGTGACAGTTTTGGTTGTTTTGGTCCTGTCTCTTCCTGACAACTCAGGGTTCGTCCTTCTCTGCCACTAGACGTTTTGCATTCATTATTTGAGTGTTCCTTCTTCTCTAAAAGAGTAAGGGGAAAAGAAAACCAAGTTCCCCCAAGAGTTGTTATTAATATTTGATCTCCTTAGGCACCAGAAAGTAACCTGTCTAGTGAAGAGATATGATAAAACTTACAATTTTATTTTTAGGAGAGAAGCATGCCCAGTAAGTTAAGCAATCTGTTGTCAGTGCTTACTGAGGTTCTCACAATAACCTCCAAATGTGAAACAGCCTAAACTAAACTACCTAGAAATTTTGTTGCTGGAGTAATTTCAATTTTAAAATGCTTATGGATGCTTCCGGTGTGCACAGTCCTTTGGAATTTAAAAGAAATGTAAGAGAAAGAGCTATGCTCCCAAGGTGTATGCATATAGAAGTAGGTGGTGGAGTTTTATGAAATCTACTTTTTAGGAAGCCAGTGTTCTGGTTTTTCCAGACTCTGCTACTTACCAACTGGGGCTGTGGACCCAGCAACTTAAGTCACATCACTGACCTTCAGTGTCCACGTGTATAAAATGAGCATGACTGACATCCTGATTTCTGAGAGAGGTATTTTGAAAATCAGGTGGGGTAGTGCATGTGACAGCGTTTTGTAATCTGAAAACCCTCATGCATGTCTGAAAAACCATGACTAAGCAGTCGTGCAAGACTGCAGGATCACTGAAAAGGGAGAAATCTCAACTCCTATGATCAGGAAAGGGTGAGGGAAAAGAGTATGACTTTACTAGCACTTGAAGAGTGAATCCAGAAACAGGTTGCATAGGACAGTTTATGGGAATATTTATATATAAAAAATAACAGAGGAACTAGGATTGTTTTGTCATTAGAGGGTACTCCTACTACCCATGAAGTGGTATGGTGCTATTTGAAAGAGAACTTAGATTAGCTGCAAATAGATATTGCAAACTTAGGGCAACTACTGAAAAAAGTGAAAAAAAGAAGTACAATTGATATGCCAGTAAGGAAGAGTGAATTGCATCATATAAAATGCTCAGTTAAAACAATAAACGGGGCCAGGCGCAGTGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTAGGAGGCAGGGTAGATAACTTGAGGTCAGGACTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAATACCCATTTCTACAAAAATCCAAAAATTAGCTGGGCATGATGGTGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCTCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTACACTCCAGCCTGGGCGAAAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAATAAAAATAAAATAAAATAAAGGTCAGGAAAAGAATGCAAGACAAAAAATAGAAACAGAGAACAAGAGAAGAAAGACAACAAATAGAAACAAGTAACATATTAAACCAACTATATCAACCATCATTTTGAGTGTCAATGATCTAAAGGCACCAATTGAAACAGATCATCAGAGTCGATCAACAAACAAAACTCAACTATATATTGTGTACTCCCTATAAGACCATTTTAAATATAGACAATATATATTAAAAGTAAATGGGTAAAGATATACCATGCTAATGCTAGTCACAGAAAGCAGGAGTAGCTGTGTTAATTTCAAACACAGCAGACTTCAGACGAAGGAAAATTATTAGGAATAAAGAGGGTCATCATATAATGATAAAGGGGCTAATTCTCCAAGAAGGCATAACAATATCTAATATGTATCCATCTGACAGAGAAACAAAATATGTGGGGCAAAGCTGATAGAACTGCAAGGAGAAATAGATGAATGCACTATCATAGTTGGAGACTTCAGCACCTTTATCTTTTCTGATATCAGAAAAGATAAAGGTGCTGAAGTCTCTTTATCAGAAATGGGCAGATTCAGCAGGCAGAAAATCCATAAGGACATACTTGAACTCAACAGCACCATCAATCCACTTGGATATAATTGACATATACAGACGACTTCATCCAACAACAGCAAAAGACATTCTCTGGCTCACATTCATGGGGATAGACCACATTGTGAGCCATAAAAATAGTATGCTAATTAAGCTTTACCAGGGAGTGTTTAACATAGGGTAGACTCTGGCGCCCTCACATGGTCCTCATGTAGGATCTGATTTGGTTTTCCCTGCTAGGTAAAGGTGCAAGATAGAAAGAAGGGTAATTCCAATTTGCTTTCTGTGCTTTGTGATGTATTCTGGTTTACATATGCTCGGATGAGTAGATGTATGATTTATATTATCTACTGTTATCTAAAATAAACTTCACATTCGGACAGGCAACATCAAAACTGTCCTACACAGAAATACTGGGTGAAGATCACTTAATAAGACGAACTCCAGAAAACAAGAAAATGGCAGAGTTGACAATCCCTCTCACCCTCCCTGCAAAGACACATGTATACAAATTTCTTTTGTCAGAGACATTAAGAGAAACAAATGCTGTCAATCTAATCACAACTGATCACAACTTGATGAAACCAAAAAATCTAGAAAGTATCATGAAGACAGTTGAAATACAGCTTTACATTCACTATTGTGACCAGAGGAACTCACTGTGGCTGTTTTTTGTCCCCTTAGATGTCAACTAATGATTGTGTTAAGTGATCATGATTAACAGAGCATTTAAAATGTTTATTTTATCTGTTTTACATTTCAAAAATTTATATTTAGGCATATAATTTATATTTGTGTACATATATAATTTATTACTTTATATTTTTGAAAGTGCATGCTCTTTTTTTAAGCTGACAGACATGCCTAAGCAAAGCAAGTGCAAGTCTGTTCCTTAAAGGGTAAGTATGCAGAATGGAAAGCAGAGTGTACTTCGGGTTGACAGCTCATATTTGCGCAGACATGAAAGTGATGATGTGTTAATTGTGCGTATAGCACAGAATAAATCAGCTTGCTTTGAATGGAAGATCTGAACCAGGAGTGCATGAAATTGGGCTGAGTCATACAAGAAAAAACCCGAAATGAGATAACAAAATATACCCACTAGAATGGCTAAAATGGAAAAGATTGACCAAACCAAGTGTTGGCAATAAAGTGGAGAAGCTGGAATTATAATATACTGCTATTCGGCAGGTAAAATTACAACATAACTTTAGAAAATAGTTCAACCGTTTCTTAAAACCTTACACACACACCTGTCATATTACTCAGCATTTTACTCTTAGGTTTTTACCCAAGAGAAATGAAATCATATGTCCACAAAAAGACTTGTACATGAATTTTCATAACAGTTTTGTTTGTAATAGCCAACGAGTGGGAACAATCCAAATGTCCCTCAACAAGTGAATGGATAAACTAAATTAACATATATTTATACAATTGAATATTACCCAGCAACAAAAGGAAACAATTTGTATATGTGCAGCAACCTAGATAGAACTCTAATTATGCTGTGTGAAGGCTAAAACATTTAAAACAATCGGAGTGATTTCCTTTATATGATAGGATATAAACGAAGTGATTCGGGTTATATGAAATTTTAGAAAGTCAAATCAATCTGTAGTAAGAGAAAACAGGTCGAAGGTTGCCTAGAGAAGGAAGTGGATGTTTGGATGCATTACAGAAGGACATGAGGGAACTGTGTGGGGTGAAGGGTATGATGGAAATGTTCATTGTCTTCATTTGGTGATGGTTTCACAGGGCATATATATAAGTAATCAAATTGTACACTTTAAATACTCATCAACCATTTTATGTAATACATCTTAATAAAGCTATAAAAACTTTTTAAACTTATGGTAGGTCTTGAGTTTATGGAGTTTATATTAATATATTTATCATAAGAACCAGCCACAAATTGAGGGATTGGTAATAAAGAGGGAAAGGAAACTACATCAAGCATTCTTTGTTGAAGGCTCATATGTTCCTTTTTTGGGCTACTACGCAAATTTATATTATTACCTATACTATGCATATACTACTATAAAGGTAAGAATATTAGGTAATTAAGGGGAAGGAACTTCTTTCTTTCCAAGAATGGTTCATTATATTTGCTTTGTTGCTTTGATCTAGTTCTAACCTCTCATTGCAAGCTTTGTTGTGACGTTTACCCTCTCTTAATACAGCTTTTGGCGCTAGGAGAGCTCCACTTGGAATCTCTTCCTTTGTCTAGCATCAATGCATAAGACACATATCAAAATTGTATTTCATCCCACATATCAACTAGAGGAAAGGTGAATGCATAACACTGAAAGTCACGGAACTGTTTTATTCGTGTTTTTTTTTTTATACAGTGGTTCTCAAAGTGCTGTTATCTATCCAAATCAGCTGTGAAACTTTTAAAAAATATAGACTCCTGGGCTCTAACCCAGACCCACTAAATCAGAGATTCTGGGGACATAGCGTGGACTCTTCATTTTTTTTTAAGTTTTATAAGTAATTCTTCAATTATTTGATCATTGCAACAAATATGCATTGAGTGCTTATAACTGAGTGTTAAGCACAAGGACTAGGTATTAATTTAGAAGTACAAAAAACATGTCATCATTTGCCCTCAAATTATACATATCTAATATCTTTTGAGAGAAATAGATACTTCTAAAAGCACACAAAATTAAAAAGCACAAATTGCAACCACAAACAATTATTGATATGAAAGGAAAAGGAAAGGGCCTGACTAGAAATTATAGGGTGGGGCAGAGGGAAGTAGTTTAGATTCCAAATCCCTGAGAGGGTCAGGGAAGGCATCAGACTAGATTGGGTGCGTTCAGGGTGGTATGGCCATAGACAGGCCAGGGAAGGCTTCGATAAGAAGGTGGTATTTTAGCAAACACCTGGAGGAAGAATTGAAGTCATAGCCAAGATAAAAGTGCATCACACAAAAGGAATGTCATAGACAGGGGAAAAATGTGTGTCTTCAGGAAACTGAAAAAGGGGAAAGGGCCACCACACCTTGGTGAGGGGACCCAGTGGTAAGAGATGAAGCAGGAAACATAGACAAGGGCATCTTTGTACAAAGCCAAAAGTTGGTTCTTTTAAGTCTAATAAAATTGACCTCTGGCCTCAATCTACCCAATTAATTAGTGGAAGGTGTGGGAAGGAACAGAAATGAAAACAAAACAAACAAGATATTTCCAAAACTAGAGTAAGATGCTATTCTTTTTCAACAGATATATCTTCTTGATTACATACTGTTTGACTCTGTGATTTTTGTTGCTTTAAATTAAATCTACAAGGCCTTAAGGGGCCTAGCTGAGTCTACTATATAATATGAAATATCTATGAGAAAATACGTCTTCTTTATGGTAAAGTATAGCTTTAGTTGTTGAGCTTTGTTCACTCTTTGTGCTCAAGATTGACGTGGCGACAGACTTCCAACATTGGTGGCTGCTACTGAGGGCCAAAGAGGAGATGTGTACTCCCACTGAATCTGAGTGTCCACTGAGTGTGAAGGTGGATGGTAAAATGCATGAGTGTATCTTACACTCATACTTTACAAGAAAGTATGATAAATGAGGATGGGAGAGAAGCTACAACACAGGCACTTACTGATTAACTAAAATTTGAAGCTGTGAATTGCAGCTTCCCCTTTAGTGAAAGATGATATAAATAGCTTAGTTTTCTTCAAACTAGCAGAGACTTTTTAAATGGATGGATGCTGATTTTTTTTTTAAAAAAAGAGCCCATTTCTAAGGCATGTTTTAAAGCAGGTGTCCTCAACCCCTGGGGCATAAACCGGTACTGTCCGGTGGCCTGTTAGGAACTGAGCAGAACAGTAGGAGGTGAGCGGCCAAGCATTACTGCCTGAGCTCCACCTCCTGTCAGATCACTGGCAGCATTAGATTCTCATAGGAGCAGAAACCCTATTGTGAACTGTGCATACGAGGGATCTAGGTTGCATGTTCCCTATGAGAATCTAATGCCTGATGATCTGAGTGGAACAGTTCCATCTCAAAACCATTTCCCTGCACCCTCCATTCACGTAAAAATTGTCTTCCACAAAACGAGTCTCAGGTGCCAAAAAGATTGGGGACCAAAGTTCTAAAGGAATCAATCTCTTTGCTATTATTGTTATTATTATTGTTAAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAGTCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAATGATTCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTTGGACTACAGGCACATGCCACCATGCTCTGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAACTGGTCTCGAACTCCTGACCTCCAGTGACCCACCCACCTTGGTCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGACATGAGCCACCACACCCAGCTCCCTTGGCTATTAGTGAAGTCTTCTTTTTCTTTTTTGATCACATCTATGCAGTATATTTGAGAGAAAGAGGAAGTAGAGTGGGAATTTCAGCAGGGCATGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGGACTTTGGGAGGCAGAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGCCTGGCCAACACGGTGAAACCTTGTTTCTACTAAAAATTCAAAAATTAGCCGGATGTGATGGCAGGCGCCTGTAATCCCATCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGGAGAATTGCTTGAACCTGTGAGGCAGAGGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGGGAGACTCTGTCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTATGGTAATTTCTCCATTAACTTCGATGCTGCTGTGGTCTTGATCCCCAG
Seq C2 exon
ATCAATGCAATGTCCCGGAATGGCTTCCATTTGCCAGGCCTACCAACCTAACTGATGACTTTGAGTTTCCCATTGGGACATATCTGAACTATGAATGCCGCCCTGGTTATTCCGGAAGACCGTTTTCTATCATCTGCCTAAAAAACTCAGTCTGGACAAGTGCTAAGGACAAGTGCAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197721-CR1L:NM_175710:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=WD(100=93.4)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
Chicken
(galGal3)
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development