HsaINT0042120 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000183117 | CSMD1
Description
CUB and Sushi multiple domains 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:14026]
Coordinates
chr8:2954371-2964163:-
Coord C1 exon
chr8:2964050-2964163
Coord A exon
chr8:2954560-2964049
Coord C2 exon
chr8:2954371-2954559
Length
9490 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
GCTGGTACTTTTCTCTCCAGCAC
3' ss Score
6.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGATTTTGTGAAGTACCAGTGCCACCCCGGGTACACCTTGGTGGGGACCGACATTCTGACTTGCAAGCTCAGTTCCCAGTTGCAGTTTGAGGGTTCTCTCCCAACATGTGAAG
Seq A exon
GTATGCACTGTTCGATACTAAAACTACATAAACTTATTCAACATGGAAAATTGTATTGTTTGTATTGGTCTGCATTTCTTTGTATAGATGTGAACTTATTTATTTGTTTATTATTTATTTATTTATCTTGGAGATAGGGTCTTACTCTGTCACCCAGGTGGGAGTACAGTGGTGCAATCATGGCTCACCACAGCCTCAACCTCCCTGGTCTCAGGTGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAACTGGGACTACATGCATGCACCACCATGCCTGGCTAATTTTTGGATTTTTTTTTTTTTTTTTGTAGAAATGGGTTTTCAACATGTTACCCAGGCTGGTCTTGAACTTCTGGACTCGAGCTATCTACCTGCCTCAGCTTCCCAGATTGCTAGGATTGCAGGCATGAGCCACTGTACCCAGCCTGCACTTAATCTGTGCTCTGATCCCATTGCAATGAAACTAACATGCTAACAGAAATATCTAATGATGCTTTTTCTTTTATCTAGTCCTAGAAAATAAACCAAGGCCATATCAAATAAGAAATCATGTTTCTCACAGCAATTTATCATGTAAATGTTCAAACATGGCAAAGTTGAAATAATTTTAATACCTGAATAATGTAACACCTGAATATATACCACCTAGCTTCCGCTATGAAAACTTACAAAGTATTTCCTTTATCACATGCCTATCTGTTATCTTTCTAGCCATTTATTAAGCTACGCTATATTTTTGATGCATTTCAAGGCAAATTTTGAATATCATTTCGTTTTGCTATAAATACCTCAGCATGCATATAATTAGCTGGTGTTTAATATTTTGATGTAAATTTATAAAAAATGAAACATGCACATCTCAAGTTTTTCTCACATATGTTTAACATATGTAGACCATGTGCAAGAGTATAGACAATATACAATAATAGAACAAGATACTGAGGCTGAATCTGTTGATTTAATCTATTAGAAGACAAGTAGATTACTTTTAAAATATTAATAGACACCACTTTCAAGTATCATTGAATGAAAAAGGCTTGAAAAACTTTACATAAGCTCAAATGCTCAAGTAAGTCGAAACATCATTAGTTCACCTATCCAAAAGCTTTCCTAATTAGAATAGTTTTTATGACTTCAAAATCATAGTGAAGTGCAGATGTAGTGCTTTTGAGCATTGTGGCTCTTTCAAGGAATCCAACTATTGTCATTCCTTAGGGTGAGTGACACAGCTATAAGGGCCCACGATTTAGGAAGACAGGACCCGGAGCCAGAGTCACCCCATCAGGCAGCTTTGAGCAAGTCACTCTTCCCTGCACTGTGCACACAGAGGATGATTTATCCGCTTTATTTTTGAGATTGTTGTAAAGACTCACCGAGTATTAAATGAATTTATCTTTTTGAGTGTTTTATAATGTTAACTGCCTTCCCTGTAAATGGAAGTTTTCTTTGCAAAAGTATCGACTTCGCAGTGGTTTTGCAGATGCTCACACCTGTGCATGGATCCTCTTCAAAGGTCTGATAACTGGCCGGGCGCGGTGGCGCACGCCTGTAATCCCAGCATTCTGTGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACCTGAGGCTGGGAGGTCGAGACCAGCCTGACCAACAGGGAGAAACCTGTCTCTACTGAAAATACAAAATTAACTGGGCGTGGTGGCGCATGCCTGTAATGCCAGCTACTCAGGTGGCTGAGTCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCTTGCCATTGCTCTCCAGCCTGGGAGACACAGCAAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAGTCTGATAACTTTGTGCATTCTCATTCTGGAATGAGGCAGGATTCCAGGCACCCTGAAAGAGAGAAACAGTCTTCTACATCTGAAGAAAAATTGGCATACATTTTGGAATGAATTATTATCAGATATCCATAATAACTTAGATTTTTTTTTTGAAAAAATATTAACATTGAAGTTGTATCTACATGAGAACTATTGATTACAGGAAACCGCTACCTGAGCAGAGGGCCAGACCCTTGGCCTGCTCGTCTGTTTAAACGCTAAGCAGACCGTAGGCTGTGGAAGTCATCAAAATCTGTGCCTCTAGGTTGCCTTACTTAGAAGTGGGGATTGCATTGGGTGCAAAGTCAGGAGATCCAAGTCACTGTCTTCTTAGAAGAAAGCCAACGTCTGTGCCATCTTCCAGGAGCAACAATGGTCTATTTATGGATTCTTTCCTCAAGGTGGGGGGATATAAAAAGTGTTCATCTTCTGCCATTCTATATGGAAATGAACCCAGGCAAACCTTCACATTTTTAAGGTACATTTTAATCCCAACAAACAAAGCCTCAAGTTTCTCAGAATAGAAGACTTTAACTAAAGGTGATCTTAGCTGAGAAGAGAAGAAAGGCATACGTATGTATCAAATGTGCTGCTCTAAAAACAGGGAATTTTGGTCAGGGACAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGAACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTTAGGAGTTCAAGACCACCGTGACCAACATGAAGAAACCCCGTGTCTACTGAAAATACAAAATTAGCTGCGTGTGGTGGCACGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTGGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTACATCATTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAGGAATTTGATTAGGGTGTCCTCTCCAGATGAACCAAGTTCTTATTTAAATGACGTTTAATTCATGACAAGCCAAGAGCAGAGAATAATCACGCACTGCATGACGTTTTGAACCGTGACAGACCGTGTAGATAAATGTGGTCCTGTAAGATTATAATGAAGCTGAAAATTCCTACCACCGAGTGACGTCTAGCAGTTGCAGTACTACGGGGCCACGCATTACCTTTTCAATGTTGAGATGAGTTCAGATGTGAGAATGCTTACCCTTGTGTTCCAGTTGCCTACAGTCTTCAGTACAGTCTCATACTGTGCAGGTGTGTGGTTTGGGAGCAATAGGCTACACCATATGGCTTAATTGTGTAGCAGGCTGTACCATCTGGGTGTGTTTAAGTGTTCCTGGACCAAACTGAAGGTGGGGCTGCTATTTTTCATGTCCCAATAACGAGATGCAGATAAACTGAGGAGGAAGAGAGTTTTTATTTCTATAACTGGTTACAGGGAGAAGGCCTGGAAATTATCGCCAGACCAACTCAAAATTACAAAGTTTTTTAGAGCTTATGTACCTCCTTAGCTATATGTCTATGTGTAAGTGTGTATTTATTTAAAGACATAAGTGATTAACTTTTTAAAATCTACAGCTAAGGTCTGAGTGCTGAAGACCTTCCTCTGGAGCCTCAGTAAGTTTACTGAATCTAAATGGGTCCAGGTGCTGGGGTGATTAGTCTTGTTTTGTCTCCCGCTAAATCACAAAGGTTTGGGGAGCTCCTTTAGACCCCAATAAACTTGTTTGTGGAGGCCTGGGGAGTTTCTTCAGACCGCTAATAAAACTCGTTGAATTCTAAAAGGGTCCTCCTGTTAAGAATTCTTTTGTTATCTTGTCATGCTTCAAGGCCCAGGAGAAGCCTAGGGAAAACTCTTTGTTACCTTCCAGGCTTTGTATAAAGGCGCTGGCTCTTACAGCTTTTAATATTTAACGGAAACACTCCGTTCCAGGCTTTGTATAAAGGCGCTGGCTCTTTCAGCTTTTAATATGTAACTGAAACACTCCGTTAGTATGGAAACAGTTGTTATGGAGGCCTGCATTGGTGAGAGTGGCCTCCCTCAGAAGTGCATGCTGTTATCTTTGCATGATGACATGATCCCCTAAAGATGCATTTCTCCCAGCCTGTCCCCATCTTTAAGTGGCACATGTCTAAATCAACACAACATGAGCGTTATTCTCTAAATTTCCTCATTTGTCACAGACAGTTACAGGGAGCATTCTGCAGACAAAATTTGCCGACTTTTACTCACGCTGAAGTTTCCCAAGCCCCACTCCACACCTCAGGAGGCGAACAGGATAACCTAGTTCTCTTCTCTTTCAAGTCACGAGTCAATTTGTTTAAAACAACCGGAGAGTGATCTTAGCTGTCATTCTCTAAACAACTCATCATTTGAAAACAAACAGGAAATAAGACCCTAGATGTCTTTTACCAAATCCTTAATCACTGAATCACTTAATTATCATCTTTCTTTAAGTACTTTTCTACTATTTGATTGATTCGATTGTGCTCAAGTGGGGGCCCATCTCCCAATAAATTCTTCAGAAAAATTACGTTAGCTATTAGTCTGTCTTCTTCAAATGTCATAACCACACTTTTAGAAGTTGTGCTTTGAAACTTATCACCATCCCAGCACTTTTGGAGGCCGAGGTGGGAGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGACACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGATGTGGTGGCAGACATCTGTAATCCCAGCTGCTCTGGAGGCTGAGGCTGGAGAATTGCTTGAACCCCGCATGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGTCACTGCACTCCAGCCTGAGCGACAGAGCAAGACTCTGTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAGAAACAAAATTATCACCAATTTTAGGGAAACAAGGAGAGTGCATTGTTCTTTGAAAGTCAGGATTGGTCGGATGCGGTGGCTCATGCCTATAATCCTATTACTTTGGGAGGCTGAGGGGAGCGGATCACAAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGGTAACATGGTGAAAACCTATCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAATTAGCCAGGCATGGTTGTGGGCCCCTGTAGTCCCAGCTACTCCGGAGGCTGAGGCAGGAGAA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Seq C2 exon
CACAATGCCCAGCAAATGAAGTCCGGACTGGATCATCGGGAGTCATTCTCAGTCCAGGGTATCCGGGTAATTATTTTAACTCCCAGACTTGCTCTTGGAGTATTAAAGTGGAACCAAACTACAACATTACCATCTTTGTGGACACATTTCAAAGTGAAAAGCAGTTTGATGCACTGGAAGTGTTTGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000183117-CSMD1:NM_033225:46
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=PD(63.8=94.9),PF0043115=CUB=PU(23.4=38.5)
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=PU(56.0=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)