HsaINT0042132 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000183117 | CSMD1
Description
CUB and Sushi multiple domains 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14026]
Coordinates
chr8:2966570-2973299:-
Coord C1 exon
chr8:2973117-2973299
Coord A exon
chr8:2966747-2973116
Coord C2 exon
chr8:2966570-2966746
Length
6370 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
TGTTCTTGTTTGCCTAACAGCCG
3' ss Score
8.73
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATAATCCTGGATTCTGTGGTGATCCGGGGACCCCAGCACATGGGTCTCGGCTTGGTGATGACTTTAAGACAAAGAGTCTTCTCCGCTTCTCCTGTGAAATGGGGCACCAGCTGAGGGGCTCCCCTGAACGCACGTGTTTGCTCAATGGGTCATGGTCAGGACTGCAGCCGGTGTGTGAGG
Seq A exon
GTGAGTAGCCAGAAGCCTTAAGGTCCACCTTGAAAGTTAAAACCACACAGCTCGTTCTAAAATGCCTGGCAAAATTCTACAAAAATTCTAGAGGTTTGTACTATTTATACAATTAAATCTTTTCCCCGCAATATTTGTGGAAGCATCATCAGAAATCATGACTGGGTGCATGGAGGTATTCCAAGTATCCACAGGTCCCATCACACGGATGCTTATTGTTTGAAAGTTCGTAACACGGAAGCTTCTAATCTTCTCCCAGTGATAATCTATATGTGGTGTTGCCAGTGTTTTCTAGATCCTGGCAGTGAGTGAGTGGGGTTCCAGAGCAGTGAGCAGGACCAATGCAGATCACTGATGGGAATTTCCGCAGGCTGGAAGCAGGCTTCCTTCACACGTCATTTCCAATCTGTTGGTGGCCCCTGTGTGTGGAGCACTCTATTTCACAGGAATCTGGGGTTATATTCTATGAACTATTTTGGAGTGGGTCTACTTGATTCTAATGTTTGAGAGGCATCGTAGGAAGTGGTGGTATGCTCCAGTAATGACAGTAAGAATAGCCACGGACACCTTATAGACACTGCACTGTGTATCAGAAATGTAGCCTCAAGCAAAGGTGAACTGAGAGGTGATGGTAACCATGTATTCGGAGTTCAAAACCCGATTTAGAATTCAGACAGATAGGAATGTAAATGTTAGGAATTCTTTACAAGCAAACTCCTCAATTAAATTTTCAGTCTAAAAAGGTTATACAAATTAATTCAATATGTATTGTTGTATGTATGAAACACTTTCCAACCAAATAATTTTACCAACTTGAGTAAGCTCACATACACACTATCAATGTGAGAAATTTAACTTGAGTTTCCTTAATCTTCATTTATTGTCCTTGACTATACTGTCTCCACTTCTGCCTTTATTGTATTATACATTCTATATAGGTAAATAGAAATAATGTATGTATATGATCTATCTATATTATATAATCTATGTAACATTAATTTCACATATAAAATAACGCTAAATATTAATATAGGAATGTTTGTGCATATATTTGCATATTTATATATTATATTTACCCATGCATAGTGTATATATTTTTTCTCAAAGACTATTTTTGACTATATATGTATATATATGCATATAATATAGGCATACACATATGTGCACACAAACATGATAATCCAAGATAATTTTTTACTCTGAATTGCCTCTTGACAATCAAAGTAGTATAAATCTTAAGACTAGGCCCTAAAAAAGTTGTCTTAGGTCAAATACCACTGATTAGTAGTGAGAAATGGTTACCCATAGTCACGAATTGCAGGATCATACTTTTGTTTTTAACTGAAGTATGACACTATAAATTGATATAAATTTGTTAATCAAATGCAAATGTTTTCAGTTCCCTCTCATCTTGTAGATATTTCAGTATTAAAATTTGCACATGAGAGCAATGTTTTCTCACCAAAACCAGAGTGTTTTCTACTCTTTCATATAGTACTTCAGGTAAGCAATCCTATGGGATAAACCATTATCACCAATATTTTAACAAGGTGATGTTCTATCTTCCCGATATGAGGCACTGAAAAGAGACATTGTCATTTCTATGGTATTGCCAGTGAAATGCGTAACCTGAATCGAGTCCTGAAGCAGCAGCAATAACATCCCCCAAAACCCTAGGGGCATGCAGCAAATCAGCTTGCCCGTGTTCACGAAGAAACGTCAAGTTCAGAAAAGACACCGTCTGAGTGATTCTTTCAGATTTAAGAGACCCGATAAGTGCAATGTGTGGTCTCGGATTGGGTCCTACACTGAGCAAAAGAGAGTTATGAGAGGCGTTACCGAGATGGTAGAGTCTGACCCTGAGATGATCTAGGTGGCGAACTGACACAGGATCTTAAGACAACTATTAAAAATATGTCCAAGAGCTTGAAGTGAATTAGATTATGGGTGTGTATGAGACAACATTGCATCAAAGTTACATTTCATTCTTTTAATAATTGTATTATGGTTATGTAAGAGAATGCCTTTGTTCTTAGGAAATACATACTGATATATTTAACTCTAAAGAGTTGTCATGTCTGTAACTTACACTCACATACCTTAGAAAATACATATTTAGAGAGACAGAGGGAGAAAAAGTGAGCAAAATGTAAACAGTGGATGAATCTGACTAAAGGGTGTGTAAGAATGGCTTATAATCTTTTTGTGAAGTTTGTTTAATCCTGTAGTTATAACAAAGTGTGGAGTTACAAAAAATGTTGCCAATAAATTAAAACAATTTCCATAGTAAAATTTCAACGTTTCTGTCAAATCCCATTTAACAGTAGCTTAATGTATCTGTAGCATTTATCATTCGGGACTTTTGGAAAGCACCATGGTGGGTTTGTGAATTGTGACATTTTGGCTCTAGACCTGATTCTATGTAGTGATCACAAAGTCTTGGTTCTGGATCTTAATTCTCCATTGTTTAAAAACAGAGAGGCTGAAAGATCACTCATCGGCAGTATTTTAATTGAAATTTAAAATATTTCCTCAATAGTTACAAAGAGGGCTGGATGTCAATAAGTGAATGCTGGAATAATTATTCAGACTTTATAGATATAATCTGATGCTGATTAAAAGCAGAACTATCCTTCTGTTTTCAAGAATATTAAATGCAATAATTGAGCCTAAACCCTGGTTTGCAGCCTGAACTTGGTGTATGAAGAGCAGAGACTCTGACACTCCCAGAAAGTGGAATATGAAATATTCTATCAAAGATGGCCATTCACTTGAGACTGTACATTCAGTATCATGTTTACCTCAAGTATTTCAGTTTTGAAAACTTAAAAGATGAACAAAATTATAACAGTTGAGGGTGGGCAATGTTTTTCCTTAGCAATCTCACCTCTGTGGGGCTATGAAGGCACACTATGAGTTCTAGTCCAGCAAAGTACACATTAAACAATTTATTTGAATGAGAGCTTAATTGCGTTTCACTTCCCAATCTATCTAACTCAGGCAATGCAAAGTATTTTTAAAAATTTTATTTTGCTTTCTAAAGTTAGACATTTAAAAGTTTTCTATGAAAAAAAATTAGAAACTTAGCCCTTAAAAGCTGCATACACAAAATAAGTTACAAAAATGTTGCAATGCTGAAAATATTTCTCAAATATATCATGCCTCACAAAATTGATTACTTCTAAAACTGCATTATATGATACGGACATCATGGGAAGCTGAATAAGCCCACTGCAATATATGTTACACCCAATAAGGCAACAAATTATGTATAAAAGTCATAAAATCAGTGACTGAACACACACACACCAGCAAAAATTTGAAATACATTTTGGAGAATCTGTAGGTTTTCATTTTGTTCCTTGTTTGTTATCATAGGTCCAAATCACTGAAGTGTGAGTTCCTCTCGATGAAAAAGGATGTAACCAGTGGTTGCATTTCCAGGAAGCGTAGCTTCTATGACTAGCTATGACTTGACTAATCCCCTAGTTAAGATTATTGCAAACCTGATGAAATTATTTCCTCTAAATCTGTCAAAAAGTTAGATACTGATGGTAAATTGAATAAATTATAAAAAGGAGGAGGAAATTATAATTCTAAACGAAAAATCTTTTTAAATTCTTCAACTCAAAGAATTTATATTGCAGATATATTTCCTTCACATTAAATCAAATTTGCTTTTGTTAGCCATCTAGTCTTTTAATCATAGGCTCAAGCTTAAGATTTCAAATGGATCTATCTCATGAAGTTGCATTACATAACTAAAATATTTAGTTTCAGCTGTATTAGGGAACTCTTAATTCTCTTTCAGATGAAATTATGATAAAGCTACACTTTACTCAATAAGTAAGAGTGATGATGATGAAAATAACAATAGCATAAGCTACAAGCTAACTCATTGCTACCACTAATACATCAGATCTCACACTAGGCATTTTACATATAGCGTGGGTAATTTGGTAACAGCCGGGAATAAGTATTTTTATAATACTCATTTTATGGTTAAAGGCACTATATCTAAGGAATTTAAATTGATTGCTCAGGTTTATTTAACTTGCATGAGCAGATATTCACATCTATTTAACTCAATTTAACAGCAATTTTTGTCATGTAGCATGCAAAATGAACAGTACTAATATTTGTAAATAATAAAGTATATTTAAAATAAGCATAATATTTTATTATATGCTGAGTTAAAGAAATTATGTTTTAGCTGAAGAAGTCACGTTAACAAAATGTACTTTTTATAAAAGCATATTTCAAAAGAAAATAAACTCAGGAAAGAGAAAATATGGCAAAGTTTAAACTTACAGGTTAATTTATTTTTCTTCTTCCAGTTTACTTTTCCTCTTCTAATTTATTGTTCTTTTTTCTCCTCTAAATTTAATCTATTGTTTTGTTTTAGTCTTAGTCCTGTCTTATAATTTTACATAATTGCATTGATAGAAAAGCGGATATGTTGACATTGCCTTCTAGTCATTTTCATAGTTATAACCGTGAGTGAAAGTGGTTTTTGTCAGCCAAAAAAAGAGAAAAAAACTAATCATGAATTTTACTTTCCACAGTACAATATTTGAGGGGACATTCCCAATATTAGGATAGCATTATGCTGGTACTCATTCATTAACAATATTAGCAAACTAACATTTTAGTTTCCTTACAAACTGAATTGAAATTTTTCATCGGTTATTTGACTTGTTTAAGTATTGGTTCTACCTAGGTGGCTTTTGAAGATTTAGACATACAATTGAATAGCAAATGTAATTAGAATACAATGTAACAATAACATCAGTGTCCTCTTTCGGTTTGTTAAACTATGAATTGGACCAAACTCACTCCCTTTCTGTGACAGGCTTTCCATTAGCCCATCCACACAGTACCTGTTGCACAGTAAGTGAGGAATATGTGTTTGTTGAATGAATAGTTGTCTTGGATAGTCCAACCCTTAATTATTGCAAAATGAAATTTTGATATATAGTATAGTTATCATAAAACTTTCA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Seq C2 exon
CCGTGTCCTGTGGCAACCCTGGCACACCCACCAACGGAATGATTGTCAGTAGTGATGGCATTCTGTTCTCCAGCTCGGTCATCTATGCCTGCTGGGAAGGCTACAAGACCTCAGGGCTCATGACACGGCATTGCACAGCCAATGGGACCTGGACAGGCACTGCTCCCGACTGCACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000183117:ENST00000520002:58
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=87.1)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=WD(100=91.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development