HsaINT0042188 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121904 | CSMD2
Description
CUB and Sushi multiple domains 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:19290]
Coordinates
chr1:34052688-34066610:-
Coord C1 exon
chr1:34066465-34066610
Coord A exon
chr1:34052769-34066464
Coord C2 exon
chr1:34052688-34052768
Length
13696 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTCAGT
5' ss Score
7.53
3' ss Seq
GCCTGCTTTTATCTTTTCAGCTT
3' ss Score
10.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GGATGGGCCACAGCAAACAGCACCACGGCTCGGCGTCTTCACCCGGAGCATGGCCAAGAAAACAGTGCAGAGTTCATCCAACCAGGTCCTGCTCAAGTTCCACCGTGATGCAGCCACAGGGGGGATCTTCGCCATAGCTTTCTCCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTATCCACTCACCAAATGCCCTCCTCCCACCATCCTCCCCAACGCCGAAGTCGTCACAGAGAATGAAGAATTCAATATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121904-CSMD2:NM_052896:45
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.020 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=PD(44.8=94.0)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=PU(36.2=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)