HsaINT0042242 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000164796 | CSMD3
Description
CUB and Sushi multiple domains 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:19291]
Coordinates
chr8:113421148-113484936:-
Coord C1 exon
chr8:113484820-113484936
Coord A exon
chr8:113421262-113484819
Coord C2 exon
chr8:113421148-113421261
Length
63558 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
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10.47
3' ss Seq
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3.28
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
No protein impact description available
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Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)