HsaINT0042486 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000178662 | CSRNP3
Description
cysteine and serine rich nuclear protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30729]
Coordinates
chr2:165572339-165595213:+
Coord C1 exon
chr2:165572339-165572587
Coord A exon
chr2:165572588-165595042
Coord C2 exon
chr2:165595043-165595213
Length
22455 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
TGCTCTCCTTCCTGTTACAGGTA
3' ss Score
12.55
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCAGTGAGGCTGATGCCGTGCAGCAAGCAGTAGGTAATGAGTCTTTGTGCAGAGTGAAGCTCTTGTTGCTGAACAATAAAGCATATGGTACAAGCAATAAAACACAGGGCTGGGAAATTTAAGAAGATTCCTCTGAACCAGGAAGAACTGTGTCTTCGGTGATGCTGACACATATGATAAAATGATCATTTATTTTGGATCCTAATGAATAAAGAGTGCAAGGACTAAGACTACAGTTATTTGAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTACATGTGACAGCACTGCAGCGATGAGTGGAATTTTAAAGAGGAAGTTTGAAGAAGTTGACGGCTCCTCACCCTGCTCCTCTGTGAGGGAATCAGATGATGAAGTTTCCAGCAGTGAAAGTGCTGACAGTGGGGACAGTGTCAATCCATCCACTTCTAGTCATTTTACCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000178662:ENST00000342316:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.740
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development