HsaINT0042490 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000178662 | CSRNP3
Description
cysteine-serine-rich nuclear protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:30729]
Coordinates
chr2:166428846-166451723:+
Coord C1 exon
chr2:166428846-166429097
Coord A exon
chr2:166429098-166451552
Coord C2 exon
chr2:166451553-166451723
Length
22455 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
TGCTCTCCTTCCTGTTACAGGTA
3' ss Score
12.55
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTACATGTGACAGCACTGCAGCGATGAGTGGAATTTTAAAGAGGAAGTTTGAAGAAGTTGACGGCTCCTCACCCTGCTCCTCTGTGAGGGAATCAGATGATGAAGTTTCCAGCAGTGAAAGTGCTGACAGTGGGGACAGTGTCAATCCATCCACTTCTAGTCATTTTACCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000178662-CSRNP3:NM_024969:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.708
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF144821=Cut8_N=PU(68.6=70.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)