HsaINT0044248 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000108242 | CYP2C18
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily C, polypeptide 18 [Source:HGNC Symbol;Acc:2620]
Coordinates
chr10:96466541-96480294:+
Coord C1 exon
chr10:96466541-96466717
Coord A exon
chr10:96466718-96480152
Coord C2 exon
chr10:96480153-96480294
Length
13435 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
ATTATGAAATAATTTTTTAGGAA
3' ss Score
6.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTGCAATAATTTCCCTGCTCTCATCGATTATCTCCCAGGAAGTCATAATAAAATAGCTGAAAATTTTGCTTACATTAAAAGTTATGTATTGGAGAGAATAAAAGAACATCAAGAATCCCTGGACATGAACAGTGCTCGGGACTTTATTGATTGTTTCCTGATCAAAATGGAACAG
Seq A exon
GTAAAATGTTATTTGTTTGCCTGCATCTTGTGGTTCATTGATTAGTTCTATAACGATTGCTTAAATAGTGAGGCAAGAAACACTTCATGAGCACTTTATGTACTTACCATGTGTATAGATCTGGATGAAGCACCATGGAGAATTTATAATTGAATTGTTAAACAATTATATGTGAGCACCATTGTTAGGTACTAAGAATTTATCTGAGAAAAGACAGAATGCATGCCTTAGATGAAAGGGAAATACAAATAAGATAGAAAATGCAAAATATAGCATCATAAATTGAAGGTGGACATGGTCATATCACACAGCATATGGGAGAGTGAGGTGAAAGGGTTTAACCTAAGTGGGCCTCCTGCATGTCCTGATGTTTGGTGTAAATGTTAAAATATTTACAATGAATAACGGGGCAGTCAATTTTTTGGTGTGCAGAACAGTGTGATGACAGGTTCAGAGGTGTGTGGTGGCAAAGAGATGGAAAAGGGAGGCCTTAACTGAATGGAACCAAAAGTAAATCCGGACAAATATGGAATTGGAGGTGTCTGTAAGCTGCAGACCTGAATGCTGGCATGGAGAGTTTTGATGTGATCAGGTATATGTGTGAGCCCTAACAAGAGTGGGATGCGTATAATTATTAGAGAAAATAATCCTAGGAATTGTGTAGAAGGATATGTACAATGAGAATGGAGGTCAAAAACTTGCTACAAGACATTTCATATATTTGAAGTTCAGCTTGCTGAAAGTGTGGGCTACAGAAACAGATTCTGAAATAAAATCAAGTTGTCCATTTTGTCATATTGCCAAAAATCTATGGATATTAGTTTCAGTTAGAGGATCAGATAGGAGCCAAATGATAGGACCTGTGTGGGAAATTTCAGTAATGAGAGCAGACATTCTCTTTGATAACTTTAACTGAGGAGGGAAAGATTCAGATGGTGAATTTGAATAGTGGTAGGGTCAATATGGAAACTGTGAGGAAGGTAATATAGATGCTTCAGGACACTAAGGTGCAAAGTACTCTTTGAACTGAGAAGAGGCCCAATCCAGAACAAACTGAAAAGAGTTAACTCTAGAGAATAAAATCTTTCCTCTGAAGCCACCATTATTTTATTCAACCGCTTTACAGCACTAGGTGGAAATGCAGAATCAGTCAGTAGGTGAAAATGGGACAGAGTCAAAGATGCTGATGAAGGTGACTTCCATGAAATTGCCCATGGAATGTTAGCAGGACTGCTCGAATAATGTGTTCTAGATGGAGTGAAGTGAAGAAGATGAGATACTTTGAGGAAACTGGAGAAGGGAAGAAACAAATTATTTGTACTCTCCACCTTCTCTACTGCTAGGTCAATTGTTCTGAGGTCTAATTAATTTAAGAATCTCATTAAAATATGGACACTGCCAGAAAAATGACACTATATGAGTTCTCCATTTTTGTACACATTTAGGGGGGTTTCCTTAATGCTATGAATTGTCTCCATTAATTCCAGGTTAAGGAGAATTGTAAGGTCTATGGTGTTTCAGTGACCAGTGGCTATGTCCTCATTACTATATTTAAAAAGTGCATTGTTCCTTTGACCTCACTATAATATTTAGAATCTAGCTTATTTTATTTTTCACAGCATTTTTATTGAGTTTAATTCACATATTGTACCCTCATACATTTTAAATACAATTCAACAGTTTTAGTATTTTTCACAGAGCTGTGCAGCCACCACCACAACCAATTTCAGAACATTTCCATCATCCTGAAAAGACAACCATATGCTTAACAGTCACCCTGTATTGGGGTGGCTCTAGTCAACACTAATATACTGTCTGTCTCTATAGGTTTGCTATTGTAGACATTTCATGTAAATGAAATTACACAGTATGTGGTCTTTGTTTGTCTGACTTCTGTCACTTAGCACAATGTTTTCAAGGTTCATTGACATAGCATGTATCAGTACCTCATTCCTTTATGTGGTCAAATAATATTTGGGTGTGGCTATATCATATTTTATATTTCCATTCATTAGTTGTTGGTTTTGATTGTTTCTGTTTTGGCTGTTATGAATAATGCTGGTATGGACATTTGTGTACAAGTTTTTGTGTATAGATAAGTTTTTATTTCTCTTGGGTATATACTTGGCTGCAGAATTGCTGGATTATACAGCAACTGTATGCTTAATCTTTGGAGAAACCGTGGCTGGATCAAAGACCTAAATGTAAGAGCTAAAAATATAAAACTCTCAGAAGAAAACCTAGGCATGAAATTTGCTGCACCATTTCGTATTCTCACTACAATGTTTTGAGGATTCCACTTTCTCCACAACCTTGCTAATGTTTCTTATCTTTTTGATTCCAGCCATCCCAGTGGGGTTGAGGTGGTTCCATGTGGTTTGGTTTGCATTTTCCTGACATCAAATAATTTTCTCTTGTGCTTACTGGTCATTTGTGTATCTCTTTGGATAAAAGTATATTCAGACCTTTTGTCCGTTTTTAAATTAGGTTATTATATTTTTAAAATTATTGAGATGGAAAAGTTTTTATATATTCTAGATAAAAGTCCCATATCAGATGTTATTAAAGATATTTTCTCCCATTTTGTCAAGTGTCTTTCACTTTCTTAACAGTGTCTTTTGAAATACAAGTTTTTAGTTTTTGTGAAATCCAATTTATTTATTTATTTGCATGGTTTCTTGCAATTTTTTTGTCACGTTTAAGAAATGATTTCTTAGTCCAATATCACAAAGATTCACCCCAAGTTTTCTTCAAATGGTTTTATAATTTTAACTATTACATTTAGGTCTAAGATCCACTCTGAGTCAATTTTTGATTATAGTGTGAGGTATGGGTACAACTTCATTCTTTGCATGTGCATTCAGTTGTCCTAGTACCATTTGTTGAAAAGACTATTCATTCCCCATTGAGTGATCGTGGTACATTTGTTGAAATTCAGTTGACTACAAACACGAGGATTTATTTTTAGACTCTAAATTCTATTTCATTGATCTATATAGCTTTCTTTATGCCAGTATGACAGTACTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCGCTCTGGTTGCCTAGGCTATAGTGCAATGGTGTGATCTTGGCCTCTACCTCCCGGGCTCAGGTGATTCTCCCACCTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACTATGGCCAGATAATTTATTGTATTTTTAGCAGAGACAGCCTTTCGCTATTTTGCACAGGCTGGCCTCCAACTGCTGGCCTCAAGCAGTCCACCCACCCTGGCCTCCCAGATTGCTGGGATCACAGGAGTGAACCACGCACCTGGGTGATGGTAGCTTTTATGTAAGTTTTGAAATTGGAAAGTGTCAGTTCTCCAGTTTTGTTCTTTCCCAAGATTGTTTTGGTTCTTAGCTATTTTGGTTGTGTAGAGTTCCCCATGAATTTTATGGTAATCTTGTCCATTTCTATTAAAAAGGTAACAGATATTTTGATATGGATCACTTTGAATCTGTAGATCAATTTGGGAAGTAATGCCATTTTAACGATATTAAGTCTTCCAATAGATGAACATGGGATGTCTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTTAATTTCTTTCAACAATGTTTTGTGTCAGCTAGCTTAATTTTGATAGGCTATTTGTACATAACCACTGATTTTTCAAATTCACTTAAACAGAAGGAAATATTAGTATTGGTTTATAAGTGCTCTACTCTCCTTCCTGGCTTTGGTGTAATTTTGAGTTGATAAGCTTAGAAAACTGTGTTAAGTTGATGTTACCAATGGGCATGATGACCTTTGTCTAGCAAGTACATCTGTTGAGAGGACTAGGTTTGTCTTACTGTGGTTGATTACATAATATTAGGCATGCCACAGGTCACATGGAGATTATAACAGCCTTATTAAATTAATGCTGTTCTAGAGGATTGAATAGGAAGAAATCTTTTTTTGTATGTTAATTACTCCCTATAGTCAATAATTTAGACTGTCCCATTGTTATGGTCAATTTTGTGTTACATATTTCCCTCATCTTAAACCAGCCTTAGTTGCCTTGTGAAGTGCTTTGTTCTTCCACTCTCCATTTTATTATTAATGGCATAAACTGCAATTACTTTTTCACCAACTGAATATAAGAACTCAGTTCATTCAGTCCCTTGTCCTAAGCATCTCCATTGCCCTTACTCTCTCCTTCATCCTGTATAGGTGGTTAATGTCCAAACTCTCTGTCTTCATGTCTGTAGTGTCTCTTCAATTTCTATATTCTTATTCATTCCTGTGCTTGTTTACTAGATCAAGTTGACTATTACCTCACATCTGGAATATAATAATGGCTGGCCCCATCTTGTCTTGTCAATCTGTTCTCTTTCTCCATAATCTTGGATATGTTACCATGTTATCTTTTGCACATTTCCGAGTTCATAATGAGTCTGCAGGCAATATTGAGTGTGACTAAATTCTTTTTTTTTTCTCAGACAGAGTCTTACTCTGTCACCCAGGCTGGAATGCATTGGCATGATTGTGGCTCACTTTAGCTCGACCTTCTGGACTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCCAGTAGTTGGGACTGCAGGTGCACATCACCATGCCCAGATAATTAAAAATTTGTTTTTATAGAGATAGGGTCTCACTGTGTTTGCCCAGGCTGGAGTGGACCTCCTGAACTCAAGTATTCCTCCTGCCTCAGCTTCCGACAGTGCTGGGATTTAAGGCATGAGCCACTGTGCCCAGTCTAAATTACCTATAATTCCTTATACAATGTAAATGCCATGTAAGTGGTTGTTATACTGTATTTTTTAGGGAATAATGACAAGAAAAAGAAGTCTGTACATGTCCAATATGAACACTTTTTTTTTTCTGAATTTTATTCTTTTTTGTTTTAGAGGCAGAATCTTGCCCCATTGCCCAGGCTGTTGTGAAGTGGTATGACCATAGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCAATTCTTCCACCTCAG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Seq C2 exon
GAAAAGCACAATCAACAGTCTGAATTTACTGTTGAAAGCTTGATAGCCACTGTAACTGATATGTTTGGGGCTGGAACAGAGACAACGAGCACCACTCTGAGATATGGACTCCTGCTCCTGCTGAAGTACCCAGAGGTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000108242-CYP2C18:NM_000772:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=PD(0.1=0.0),PF0006717=p450=FE(21.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)