HsaINT0044250 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000108242 | CYP2C18
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily C, polypeptide 18 [Source:HGNC Symbol;Acc:2620]
Coordinates
chr10:96484103-96493195:+
Coord C1 exon
chr10:96484103-96484290
Coord A exon
chr10:96484291-96493053
Coord C2 exon
chr10:96493054-96493195
Length
8763 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
GTCTGTTTTGCTATTTTCAGGGC
3' ss Score
9.87
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAAAGTCCAGGAAGAGATTGAATGTGTAGTTGGCAGAAACCGGAGCCCCTGTATGCAGGACAGGAGTCACATGCCCTACACAGATGCTGTGGTGCACGAGATCCAGAGATACATTGACCTCCTCCCCACCAACCTGCCCCATGCAGTGACCTGTGATGTTAAATTCAAAAACTACCTCATCCCCAAG
Seq A exon
GTAAGCTTGTTTCTCCTACACTACATCTCCATGCTCTTCAAGTCCCCAAATTCATAGTATAGTCCCAATCCTCTAACAACACATGATGAGAGAAGTGTAAAATTCATACGTGGGGCAGCTTTCTGGACTCTGCTGTTTCCATTCCAGTTTGGGCCTATGAAGGTTTATAACAGGTCTCAGTATCTAGCAGTGTATGTCTTCCAAATTTGTTCTGCTTCTTTAGTATTTTTTTTTTGTGGCTATTCTCAGGTTGTTTACATTTCCAAGTAAGTGTTGAAAGTATCATTTTGTCAATTTCCCAAAACACTGTGCTGGGATTTTTATCATGATGACATTAAATCTTTAGATCAATTTAGAAATAATTGATGTCCTGACAGGTTGAATCTTTCAATTCATGGATATGATTATGCTCTTTATTTATTTGGGCTTTCTTCTATTGTGTCAGTAATGTTTTGTCTTCAGTTCAGTGGCTTTCTCATGTATTACGTTTTTTTTCTGAAATGATATTTCTATGTAATTGTAAGTTGTGTATTTAATATATAATATAAAATATATATAATATGAAATAAATATATATAATATTAAAAATATATTTTCAAAACAGAGTCTTGCTATGTTGCACAGATTGATCTTCTGGGCTCAAGCAATCCTCCACCTCTTCCTCCTGAGTAGCTGGGATTAGAGATGTGTGCCACTGCACCTGGCTTTTAAATAATATACTTTAAAAAAAATGCCTTTTCCATTTCTTTGTTTCTGGTACATGGAAATATAATTGACTTTATTATTTTGATGACCTTACATCAAGCAAATTTACTTGGCATTGCTAATTTTTTGTTTGTAAATTTATTTGTAATTTCTATGTATTCTGTGTTCTCTTTTAATATTTATTTTATTTCTTATTTTTCAATTCTTATAACTCAGTTTTCTCTTTATTGTTTTATTTCACTGGTTAGGATTTCCAGGACAGCGTTGAATAAATCATGATGGTGGGCATCCTTGTTTCATATATGATGTTCAGGATGGGTGGAGATTTAACATCTCACCAGTGAGAATGATGTTTTATGTATATTTTCATAAGTAAAAAATCAGATTAGAGAAGGTTGCCTTCTACTTTTGATGACTTTTTTTGGTCTTGAATGTGTATACAATTTGATCAAATGGAGTCTCTGCATCAATCGATATGGCCATATATTTTGTCCTGTCTATAGATATAATATATATATTAGTTAAAATACACACAAATGTGCACACAGAGACATACACAGCTGGGTTTTATTTGCTATGATTTTCAGGATGTTTGAACTTATATTTACAAGAGACATTGGTTTGCAATTTTTCTTCCTCAAAATTTTCTTGTCAGATTTCTGATATTGAGGAAATGTTGGCTTCATAAAATAAGGAAGATAATGTTCTGTATTGTGGTTGTTTTTATAATCTTTTCTCCCTTCTCTATTCTTTTTGTGCTCACTTAGTTCTGTCTTTGGAGTGACTCATAAATTTTGGTTAAGTGCCAGTTATGATGTATGAAAAAATGCAGAATGTCAGATGAGGTTCATCTTCTTCCAGAAAGGGTTCATCCCTCCCATGCTAGGCAGACAGAATTATGCAACACCTTCTACCTTCATTCAGAATTAGATATCAACACAGTCAAAAAAAATTTTTTTTCAATTTTTTTTTTATTATACTTTAAGTTCTGGGATACATGTGCAGAATGTGCAGTTTTGTTACATAGGTATACACGTGCCATGGTGGTTCGCTGCACCCATCAACCTGTCACCTACATTAGGTATTTCTCCTAATGTTATCCCTCCCCTAGCCCCAACATCCCCCACAGGCCCTGGTGTGTGATGTTACCCTCCCTGTGTCCTTATTGTTCAACTCCCACTTATAAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTTTTCTGATCTTGTGATAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCAATGTCCCTGCAAAGGACATGAAGTCATCATTTTTTATGGTTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGTCATATTTTCTTAATCTAGTCTATCATTGATGGACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCCACAATAAACATACGAAACACAGTCAAAAATTGACTGTAGCCATCAAAAATTGACTGTAACCTCTCTGAGTTCCCCCATGCCTGCAAGCCTGAGTAATTTTTGTCTCAACATCTTTTCCAGTGCCTTCTAACACATGGTTTCTGTGTTTATTGAGACTTTTTAGTTGCTATTCTGCAAGCTGCTCCATTCCACTTGAAGCGAGTACATATTGCCATTATAAAGAAATAAAATAATGAAAATTTAACTTTGAGAGGAAAAAGGATTGGAGTTTGATAAGGTTGAAATCACTATTGCCATCTTATAGGGAAGAGGGAATTCTGAATGTCTGTATTGTGCCATATGGAATCCACTAGCCACAGGTACCTATTGAGCACCGGAAGTGTAATGAATGCAACTGAGGAAATGAATTTAAAATTTTATTTACTTTTCATTACTTTAAATTTAAATACAAATAGCCATGGATCATTCATGGCTACCGTGCTACAGAACACATATCTGATTGTTTAATTTTCTGTAATACAGGGTTAGAAATATCTCATTCTCAATTATGTAATATTAAAAGCCTGAGTAGTTAAAAACCATTTAAGGTGGGTGTAATTTCATTTGGCTAAACATTTACTTGCGTGGAGTGAATGTATTTATTTTCCTTATTTATCATACTTTGTATAAATATTAATGTTTTGCTAAAGAAAAGGCCAGGTGTGGAGATTCCCATTTGTAATCCCAGCTCTTTGGGAGGCCAAAGTGGAAGGATCATTTGCACCCAGGAGCTGGAGGCCAGCCTGAGCAACATAGTGAAACTCTATCTCTACAAAAAATAAAAAAATTAGCTGGGTGTAGTGGCATGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAAGTGGGAGGATTGCTGGTGTCCAAGAGGTTGACGCTGCTGTGAGCTATGGTCGTACCACTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGGCCCTGTCTCAAAAAAAACAAAAAAAAAAGAGGAAAGAAAAGAAATATCATGTATTCAATTATATGGTATCTCCCCACTCTCCACATTACTGGGAGTGTTAGAAAATCTGTAGCAACTATTATGTAGCATAATATCTTTCTAGAATGAATATATGTGTGTGTAGGTATATAGTATACATATAATATATGGAAATGTGCATACATCTACATTTTAATCTATACATTTATCTGCATTTATCTATCATCTATCTACCTATGTAATCTAATCTGTCACATTTAACACCTAAGTACTTCAGTATATAATTCCCAAAAACAAGGACTTTCTCCTACATAATAATAATAACATTCACACTCAAGGAATTATTATCAATACATTAATATTATCTAATATCTTATAACTACATTTTCCCAGTTATACTAAAATATCTCTTATAGCTTTTTTTTGATGGACTTCCTGTAGTCCAGTCAAGGAACAAGCTTTTAATTTGGTTATCTTGTTTTGTTAATCCTTCTTCATCACGAACAGTTTTTTTTAGTTTGTTTCACTTTAATACACTGACAGTTTTTAAAAGTCCTGTCCCCTTGTTATGTAAAATGTTGCTCAGTCTGGTTTTGTTAGAATTTTTTTTTGACAATTAGATTCCAGTTATGTGTTTTTGGCAAGAAAGTTACATAGGTGATGTTATATACGTGCCATTGCATCATATGTGCGGTCCACATTTTGTAAGCCTGTATCTGCTAGGTCTCTCCATTGTTGGGGTTCTGTTTTTCATATGCAGTTAATAAAAAGATGGCATGGTACTTTAAGATCCTGTGAATATTACTTTCCCAAATAATTTACCCAGTAGTTTTAAAGTTAATTGATGATCCTTGCCCGAATCTATGGTCCTACCTGAATGGCTGCAAAAATGATGATTTTTCTAAATTTATCCTTCCTTCTGTGTTTTTTAGGTTGGATTCATCTCTGATGAAGAGTTCCCCCACGTGTTTTAACTAAAAGAAACATATAGCATTTCTGTGATCAACCCCTCAATAAATTTTAGTGTACTTGTTGATATCATCTCAGAAGTCATTTTTAATTAGATCAGACCTCCATTTTAAAAAACCCTATGAACAGATTCCAAATTCTCCTCACTTTTTTTTTTTTAACAAAAGTTTTATTGGAGATAGAACCACCATGTACACAGGGAAAAGAGCACAAAAATTCAACTGATACAGAACAACAACTGAAAGTCACAATTACCCAATGTAGTTTGCAATTACTTTTCAGTTTCTTAAACAGCTCCCCTCAACTTGTTTTTTTAACAGTCTTGCTAATTTTTCAGCTGAAACAGCATCAAGTTTTCCAAAAATTAAGAGCCTCGGGAGGGGACCCGCTTTCAAGATACTGAAGGTGACATCAAGAGTCTCCTCCTAACAGGACCAACTCTATCTAAAAGTTGCTTACGAGTAACTTGAATCTTGTGTAATAGTCTGCATCTCACAGACCATCATGGATGAGTTAGAACACTGTTGTTGATGGTCCAGTATGAAGAGAGGGCAACCAAATAGCTGTATTCGCTTGTCAGCTGAGCTCATATAAAGAAGTCAGTGAGGAGCTGAGAAAATATAGGCAATGGCTGCTCAATAAGAATTTTAAGTTCCGAATACCACATATAGGTAGACACCAGTGTGCAAGTTGATGCAACTAGAAAGAAACAGATGACTTTTTAAAATACCTGGCCACAGGTCTTTGAGAACTCAAGAAAATAATCAACAGTAGACACAAGAGTCAAAAATCTTCTCAGGTTGAAGATTAGGACATGGGTAATCTTCCTAACAGCTCCAACAGGCAAGGAAATATGCTGTGGCAAAAAGCATTAAGTAGTTCTGATTTTTAAAAAACAAAAACAAAATTTTCTGCTTCTCCTCCCTTCAAAGCTTCAAGGA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Seq C2 exon
GGCACGACCATAATAACATCCCTGACTTCTGTGCTGCACAATGACAAAGAATTCCCCAACCCAGAGATGTTTGACCCTGGCCACTTTCTGGATAAGAGTGGCAACTTTAAGAAAAGTGACTACTTCATGCCTTTCTCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000108242-CYP2C18:NM_000772:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(13.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)