HsaINT0044250 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000108242 | CYP2C18
Description
cytochrome P450 family 2 subfamily C member 18 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2620]
Coordinates
chr10:94724346-94733438:+
Coord C1 exon
chr10:94724346-94724533
Coord A exon
chr10:94724534-94733296
Coord C2 exon
chr10:94733297-94733438
Length
8763 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
GTCTGTTTTGCTATTTTCAGGGC
3' ss Score
9.87
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAAAGTCCAGGAAGAGATTGAATGTGTAGTTGGCAGAAACCGGAGCCCCTGTATGCAGGACAGGAGTCACATGCCCTACACAGATGCTGTGGTGCACGAGATCCAGAGATACATTGACCTCCTCCCCACCAACCTGCCCCATGCAGTGACCTGTGATGTTAAATTCAAAAACTACCTCATCCCCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCACGACCATAATAACATCCCTGACTTCTGTGCTGCACAATGACAAAGAATTCCCCAACCCAGAGATGTTTGACCCTGGCCACTTTCTGGATAAGAGTGGCAACTTTAAGAAAAGTGACTACTTCATGCCTTTCTCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000108242:ENST00000285979:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(13.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development