HsaINT0044253 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000165841 | CYP2C19
Description
cytochrome P450 family 2 subfamily C member 19 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2621]
Coordinates
chr10:94762624-94775220:+
Coord C1 exon
chr10:94762624-94762873
Coord A exon
chr10:94762874-94775057
Coord C2 exon
chr10:94775058-94775220
Length
12184 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
AACTGTATCTCCTTTTCTAGCTC
3' ss Score
8.37
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACACACTTAATTAGCATGGAGTGTTATAAAAAGCTTGGAGTGCAAGCTCACGGTTGTCTTAACAAGAGGAGAAGGCTTCAATGGATCCTTTTGTGGTCCTTGTGCTCTGTCTCTCATGTTTGCTTCTCCTTTCAATCTGGAGACAGAGCTCTGGGAGAGGAAAACTCCCTCCTGGCCCCACTCCTCTCCCAGTGATTGGAAATATCCTACAGATAGATATTAAGGATGTCAGCAAATCCTTAACCAAT
Seq A exon
GTAAGTATGCTCCTTCAGTGGCTTGCAAAAGGTAAGTAAATTCACCTGTATTTTTTAAATAAAGTATATCCCTAGAGGTACAATGTTACAAGAGATCATTGTAAAGTAAAATACTTTGAAAGGCTTTTGTTGCCTTTTCCAGTCTGTCAGTGTCAGAAATAGTGGAATGAAATAATATATTTTGTTATTAGAGAAAGATTTAGGTCTTTGCATGTTAAATTCAGAATAACAAACTGTCAATAGTTTGAAATGTTGTGTTCCTTCTTTATTTCATAGCCATTTGCTAGAATTTTTGGCTGAGGGTAAACAGTAAGGGAAGTGTTTGTTATTAGAGATTTTATTAAATAAGTCCTCTACTATATTAGCCATGTGTTTTATTCAGAATAGCCGTGAAAATTGAACTTCTCTGAAGAAATAATTTATGCCTGTTGTAAAGGAAGCAGCTGTGGGTTTAGGACCAGCAAAAGCAGATAAGCGGTAGATAAGAAGTTATAGACTTCAATTATTAGATCCACAAACTAATGTTTTAATTAAGCTATAGCTACAATATATAAACCCCAAAATGACCTTAGGGTTTAGTAATAGTAGAAAGAGGGTTAGAAGATGTATAAGCATTACGGTTTTTTCTTGAGTAAAAGATGTTTTAACAGTGTTAATATGATATGTGAATACACCTCATTGTGTAGTTATTAGCATATACAGAGAGTAAAGGGCTGCGATTAGTATATTAAGCCTTATAAGCATGATGGTATGATCAGATCAAGAGAATGAGGCTGTAGTTATGAAGACTACTCCTACTAGATTGATGGTAGGGGGCAGGGCAAGATTGGTGGGGCTAGTTAAGGGTCATCACTTTCAGGGAGAGCAGTGTTTGAAGGCCCCGTGTTATTAGTATGCTTTTGTGTCTGGAACTGGTTCTTTCCAGTGGGTTCTTGGTCTCGCTGACTTCAAGAATGAAGCCACGGACCCTCGTGGTGAGTGCTACAGTTCTTAAAGATATTGTGCCAGAGTTTGTTCCTTCAGATGTTCAGATGCATCTGGAGTTTCTTCCTTCTGCTGGGTTCATGGTCTTGCTGACTTCAGGAGTGAAGCCGCAGACCTTCGCAATGAGTGTTACAGCTCTTAAAGGTGGCATGTCTGGAGTTGTTCATTCCTCCTGGTGGGTTTCTGGTCTCGCTGGCTTCAGGAGTGAAGTTGCAGACCTTTGCGGTGAGTGTTATAGCTCATAAAGGTAGTGTGGACCCAAAGAGTGAGCAGCAGCAAGATTTATTGTGAAGAGCAAAAGAACAAAGCTTCCACAGCATGGAAGGGGACCCAAGAGGGTTGCCGCTGCTGGCTCAGGTGGGCAGCTTTTATTCCCTTATTTGGCCCCACCCATGTCCTGCTGATTGGCCCATTTTACAGAGTGCTGATTTGTCCATTTTGCAGAGTGCTGATTGATCTGTTTTTACAGAGTGCTGATTGGTGTGTTTACAAACCTTTAGCTAGACACAGAGAGCTGATTGGTGCATTTTTACAGTGTTGATTGGTGCATCTGCAAACCTTTAGCTAGACACAGAGCACTGATTGGTGTGTTTACAATCCTTTAGCTAGACAGAAAAGTTCTCCAAGTCCCTACCTGACCCAGAAGCCCAGCCGGCTTCACCTCTCAATCCCCCCTTTAAACAGGACACCCCAACTGCTGTTGGGAATTCGGTGATGACTGCTGTAGCTACTTCCTGCTGGAGAGGGGTGAAGAAGGGGTCCTGCAGTTGTAGTGTCCTCCGGAGGGGAACTCTTTAGGCCAGTGAAAGGGCCAGTGGGTCAGTCCAGGTGTCCTTGGAAGGAGTTGTTAGTTGAGCTCATTTGGGGTTCCATTTGTAAGACCATCTGTAGCTTGATGGCGTTGATCCTAGAGGAAACAAATTTGACAAGGAGGTTAAAAATACAGGGCCTGAAGGTGAGTAATAACAAGATGGCTGCCATGGGACCTAGAAAGGGGAGAAGCCATGTTGCCTAACTCCAGAGGTTGGTATGAGTTTGAAAAGCATTGTCTGATTTCAGAAGCCATTTCCTGTAAACACTGGGTGGCATCTCATACTATTCCTGATTGGTTAGTGTAAAAATTATACTCTTCCCCTAAGAAGGTGCAGAGTCCTCCTTTCTCAGCAGTGAGGAGGTCTAGTCCTCAGTGGTTTTGGAGAGTCACTGTTGCCAAAGAGTCTATTTGGGATTGTAGAGTAAGGATAGATTTTGTTATTTCTTGTAAACTGTCTGAGAAATTCTTTGAGAGTGTGTGGTAGTAGGATAATGAAGTAGATAAACTGGCTATTCTGGTTCCTGTAGCAGTAGCCATTCCTAACCCTATAAGTAGGGATATTAGTTGTATGGCTTTGCACTGATGGAGTTGAGTTTTGAGGGGTACTGATAGGGTCTGATTTCCTGGGGCAATGTTAATGTTGGGACTTAGAAAGACTAAGGTGCAGGTGCCAGTCCAGTTAGTGGGAAGGCAGATATAGGTCGACATTCCACATAAGAAGAATATACCTTGGCTGGGTAGACACAACTGGTTGTGTATGTTAAAAAGGTGTGTGTTTGTTGTTTTCATTTTCCCATACTCCTAGAGTACTTGCCAAGGTAGCTCTGGTGAGTGGCTGGAAAGGGGTGTTGGGAGCAAACTGAGTGGCTCCGTGTGTTCTATTTTCCCATTGGAGAAAAAACCGTTCTGTGTCTACTAGGAACCATTCAAGAGAGTGATTGAAAGGGGATGAGAAAACATTTACTAGTGGTGGGGGAGCTGCTGCAGGGGATCCAGGGGTGAATGGTCATGCAGGGAGTATGTTTGCCATTACAAAGCCTGGACTGTTTGTTAAGCAGGGAGGAGGTGATGATATTTTGGGGCCCTGAGAAGCGGACAATCCATCTGGATAGAGCTGTTTGAGTGACTCAGAAGTTACTATGATCAGTTGGGGCTTGAAGTTGTAGGGTGTAATTACACTGATGGGGTAGTAGGTGCCTCAGGGGCAGGCCTGATAACAGGTTGCATTGCATTCATACAGGGGCTTGGAAAGTTAAGATGGTATTTGTAGTTACAAGGCTGTGTATGGGCTTTTCATTGCTTGTGTAATAGGTGAGGTTGGAAATGTAAGAATGTAAAAGTTGGATTGCACGTCCTGTTAGGGTATTCTTGGTCCTATCAGAGATGGAGAAGTCAGCTAATGATTGCATATTTAGAAGTTGGAAAGGGTCTTTTCCGTCATAATGAAGGTGGTAGGTTAATTTGGTAAAGATCCAGTTTTTTGTGGGAATGGGGGTGGCAACATAAGCAGAGGTTGATAGATACAAAGCCAACAGTCATTTGCCAGGGAAGGATTGGACTGGTTTAACAAAGAGTGGGTTAATCTGAGAGTCTTGTAGAGATAATTAGGAGCTAGTGGAAGGGGAGGGGTGATTGAGGTATCCAAGGAAGCAGGAGGGATAGATAGGCAAAGAATAAATAGGAAGGTAAAGATGGTGCTCTGGAAGATGAGATCATTTTATCCAGGCCGAGTAAAAGGTAGGAGTAAATTGCTGTCAGAAGGAAGGAAGACAGAAAAAAGGTTGATGTGATTAGGATTTTCATCCCAGCAGGAGCTACAGTATATAGTCCTATTGCAAAGAGTATGGTTAATATGCTGCTTAATAATATGATGAAATAGTAAAAGGGTTCCATTAAAGGGGCAAGAAGAGGTGTTAAAGATAAAGATTATGTAGGTTTTCACTTATCTTTTTTAAGGAGGAAGGGGTTTTTCTTCAGGATCGGTGGTAGGAGCCTTTTTAGTCTGGGATGTTTCCTTCTGAAATAAGAGATGCAAGTCCTCCAACAGTTCGCAGGTGTATTGAGGCTGGTCTGGCTGATCTTGGGACTCCTGAGCTGATGGTACTGCAGGTTCCTCAGGGGATGTCCAAAATTTAACTCAGGTGTGGCGAATCCAAGATTCCATTCCTGAACCTTAACAGCAGTGGGGTTAGAGAGGATTACCGAGTATGGTCCTTCCCACAAAGAGGCCATAGATAGGGAGGTAGAGGGGAGAGATTTGATCAACACTAGATCTCCTGGTTGAAACAACTCTGTTCCCTTTTCTCTGTGATATCCTTCAGGTAGGTTTTTAAGGTTTCATTGATATTTTGCCAAAGAAGTTATATCTTTGACCAAGTTGGCCGTTTCCTGATCAAGTAGGAGGTCATTTGTGAAAAAAGGCCATCCATACAGCATTTCATTTGGACTGAGCCCCATTTTGTGAGAATTTCGGATTCTCAACAAGGTCATGGACAAAAGAGTAAAGAGTAGGCCATGGGAAATGAGATTCTTGTGTTAGTTTCCTTAAGTGCCTCTTGACTGTTTTATTTGCCTTCTTGACCTTCCCTGAGGATTGTGGCCTTCAGGTGCTGTGAAGGTGATATTGTATCCCTAGTGCCCTGGAAATTCCCTAAGTTATTATGGCTTTAAAAGCCAGACCATTGTCACTCTGTAAGCTTTGGGGAAGCCAAAATCTAGGAATTATTTCATGAATTAGGACTTTAATCACTTTCTCAGCCTTCTCTGTCTTGCAGGGGAAAGCTTCTATCCAATTTGTAAAGGTATCAACACAGACCAACAAGTATTGAAATCCCTTTGACTTAGGCATATGGGTGAAATCTAACTGCCACTCCTCTCCAGGATAGTGACCTATTCTTTGTTCCCCCCAAAGGGGCCCTATGATGGACCAAGGGATTATTCTTTTGGCACACCTCAGAGGCTTTGACTACCTGTCGGATTGTCCAGAGGAGATTTGGCCCTGTAAATAGGGATTTGGCCATTTGATGAGTGTTTTCAATACCCATATGAAAAGTTTGGAGGAGGGTTTTAAGTATTTTCCACTGGCTGGCTTCAGGTATAAGTACCTGTCCTTCTTCTGTCATTAACCACGCTGAGGGGAGAGAAAACTATGCCCCTGTGAAAGTTCCCATTCTGTTTCAGTCAGGGAATACTGGGGCTTAAT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Seq C2 exon
CTCTCAAAAATCTATGGCCCTGTGTTCACTCTGTATTTTGGCCTGGAACGCATGGTGGTGCTGCATGGATATGAAGTGGTGAAGGAAGCCCTGATTGATCTTGGAGAGGAGTTTTCTGGAAGAGGCCATTTCCCACTGGCTGAAAGAGCTAACAGAGGATTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000165841:ENST00000371321:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.018 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=PU(5.7=46.4)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(11.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development