Special

HsaINT0044259 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000165841 | CYP2C19
Description
cytochrome P450 family 2 subfamily C member 19 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2621]
Coordinates
chr10:94842837-94850058:+
Coord C1 exon
chr10:94842837-94843024
Coord A exon
chr10:94843025-94849916
Coord C2 exon
chr10:94849917-94850058
Length
6892 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
CCTATGTCTCTTGTTTCTAGGGC
3' ss Score
10.16
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAAAGTCCAGGAAGAGATTGAACGTGTCATTGGCAGAAACCGGAGCCCCTGCATGCAGGACAGGGGCCACATGCCCTACACAGATGCTGTGGTGCACGAGGTCCAGAGATACATCGACCTCATCCCCACCAGCCTGCCCCATGCAGTGACCTGTGACGTTAAATTCAGAAACTACCTCATTCCCAAG
Seq A exon
GTAAGTTTGTTTCTCCTACACTGCAACTCCATGTTCTTTTATTCCTCAAATTCACAGTATGATTCTTACCCTCTACCATCACTGGGTGAGAGAAGTGCATTACTCCTATGTATGGCAGTTTAATTGGACTTTCTGTTGATTCCAGTTTGGGACTATAAAGATTTGTAACAGGTCTTAGTGTCTCACAGTGTGTGTTTTTCAGATTTATTCTTTCTTCAAGATTGTTCTGGCTACTCTTAAGTGGTTATATTTCCAGACAAATTTTGAAGGTGTTAATTTTTCAATTTCCCAAAACATTGGGCTAGAATTTCTGTCAGGGTGACATTAAATTTATAGGTCAGTTTGGAAAGAACTGACATCTTGACACCTTGAGTCTTTCTGTTTGTGAATATAATTATGCTTCCAATTTATTTGCACTTTCTTTATTTTCCCAGGAATGTTGTGATTTTGTTGTCATGGCTTGCAAGTCTTTGGTTTTTCCTAGATAATTAATATTTTTGTTGTTGTTATAAACTTACAAAATGCCTTTTGATTTCTTTGTACTTGGTATGTTGAAACATAATTAGTTTTTATCATTCTGATGACCTTAATCTATCAACTTTGCTAAATTTACTAATCACTATTCATAATTTATCTCTAGATTCATTGGAATTTCTGTGAACAGTACACTGTATCTGTGTTAATATTGTTTTATTTCTTACTTTCCAATTCTTGTGGGCTTAATTTCTCTTTATTGCATTCATTATTGCATTGGCTAGAATTTCTAGGAGAGTGTTGAATAGAATTGCTGATAGTGGGCATCCTTGTTTCTCATTTCTAATCTGCAGGAAGCAGTGGAAGTTTTACATTTCAATATTGAAAATGATGCTAGAAGTAGATTTTGGTAGAAATTCTTTATCAGATTAGGGAAGTTTGCCCTCACATATATATAGAAATAAATATAAATAGAAATAAGTATGCACATAGAGATGAATTTATATTCTTCATATTGTTTAGGGCTTCTGTGTTTACATTCACAAGGATTTAGTTTGTAATTTTCTTTCTCAGAATTTTCAAGATTTTTGATATCAAGATTAGGCCAGCCTTATAAAACTAAGTGAGAAATGTTTCCTAATGTGAGTCTGTTTTTACTGCCTCCCCGTCTCCACTTTTCTTCTTGTGATCACTTAGTTGTATCTTTGAAATGCCTAATAACTTTTGGTTAAATACCAGATGTTATGTGTAAGAAAGTGCAGAATTTCAGAGGATGTTTATATTCTTCAAAGAAAGATTCATTCCTCTCCCATCGGCAGTCATAATGACATAACACATGTTGTCATGATTCAGAATTGTACATAATGTGAACCCAGTCGAAAATTGACTGTCAGTGTTAGCTTAGCTCTCTGAGGTTCTCCTACCTCTGGAATCTTGAGACCAATTTTTGTCTTGGCAGCTTTACAATTGCCTTCTATCACATGGTTTCTGTATTCATCCAGACACTCTAGTTGCCATCTCAAACCTGCTCTTTTCCAATTTAAACCAAGACATATTATTAGTAAAATTAAAAATAATATAACCTAAAGTTATATTTTCAAGGGGAAAAATCAATGAGATTGGTAAGGTTGAAATTACTAATGTCACTTTTTGAAGAAGACAGAATTGTTAATTTACCAAGAGATTATGGGGCTTACCCTGAGGTCACTGATTTAGTACAAGAGTTAAGACTTCAATGCACTCTGTTTTCACAAACACAGGAGATAACCAGGAGAAGGCTTTCGCTTCTCAAAATTAGGGTCTGAGGGTAATAGTAATGAAACTTATTTCTTCTCCTATAACTAATTAATGAGAAATATACTGAAGAATCAGGATGAGTCGCCAGTCTCCCAATCCACTGCATCAGCTTTGGTGACCTGTTGAAGGGGAATGCTGCATCTGATGAGCTTCTTCATTCACCCACCTGCAGGGCAGCTCATGCTATGCCTGGTGTCTTTTGAGCCCTGAGAACCCAGAGCGCAAGGAAATCACCCACTGAATCCCTTCTTCATGGAACAGCCTATAGAAAAGTGCAGCACTGCGTGGCCAATTCTACCCTCTTTACAAATCAGGCAAATGTGTTCTTCTGCTACAGGCTGGATCCACTTATCTAGGTGGAGATAATAGTCTGAGAGAGGAGTTGGCAAACTGTTCCTGTAATGGGCCAGATAGTAAATATTTTAGACTTTTTAGGCCATGATGTTTCTGTTGCAATCCTTGACATCTGCTATTGTAGCATGAAAGCAGTCATAGACAATGTACAAATGAATATCTTCCAATTTTTATAGAAACAAATGTAAATTTCCCATAAATTTTTGTTTCAAAAATATTATTTATTTGCATTTGTTCAATGTAAATACTTTTAGCTCACATACTATACAAAAACAGGTGGCAGGATGGACTTGTGCAGAGAGTATTGTTTATTGATGCCCAATATAAGACTTTCCTGTCCAGTAGAATTTTCTGCAAAGATGCTCGATTGATTTGTGTCCTATTTAAAGAATATTTGTCAGCACAAGATTCCAAAGACTGAGTTTTAACTTTCCCATAATTTTTTTGTTTTAGCTCTTATATTTACATCAATGACATGTTTCAAATTAATTTTTATTTGTAGTATGGAGTAATAATGGTCGTGCTTCAATGTCTATAAATTTCTATTTATTCAAGTAACATTTGTTGAAATAAATCTGCTTTGGTATCTTAAAAACATTTTAATATAGTACTTATTTATAAATATTCAAGGGAATATTTTTTAAAACAAAATTGTAGACTATTTATATGAAAACTTAGTGGGTAGAATTTTTCATCACCTTTGTATTATAAAATTTTTAAGAATAAATAACATTACACACATATATCTATATGTACATATGGCAGTGTGTATATATATCTACTTTGATATCTGTCTATCCATCTATCTAGACCTCAATACTGCAGTATATGTAGCCCAATAACAATGGTTTTCTCCTATATAATAATAATAGCATTCATAGTATGGAGTTATTGATACAATAATATTATTTACTGTACAGCTTATATTTAAAATTTCCCAATTCTTAAGGAACATTTTAATTACTTTTTTCTTTCAATTCACTCTCCAGTCAAGAAACAGGCACATAATTCGGGTATGTTGTCATTTTTATCTCCTGTAATCAAGAACAGTTCATTTCCTCTGTTTCCTTTCAGTATGTTGATCTCTGTGAAGAGTTGAGGCCTTTAGTCATTTAAATTTTCTTCGGGCTTGTTTTGTATAATTGTTTTCTAGATATTATATTCCAGTTATGACTTTGGCAAGAAAACTACATAGTACTTTGACTATTCCACTGAATCACAGTGGTGAGGCAGAGGCACATAATGTTACATATGCTATTACTGGTTATGCTAAGATCCTGACCTAATAAGTTGGAATCTGCCAGATCTCTCCATTGAAGGAGTTCTGCTTTTATGTGTAAATGATGAAAATCTATGGCATGACACTTTAAGACAGAACACCCTGTTTCCAAAGTCACACATCCAATAGTTTTATCTTTCATTGATGATCCTTGCCTGGCCTGATGATCTTGACCTGAATGGTTACAAAAGATGATTTTTTTCTAATTTCATTATTCCTTCTGTATTTTTTAAACTATTAGAATCTATTTATTTATTTATTTATTTTATTATTTTTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTGCCATGCTGGTGTGCTGCACCCATTAACTCGTCATTTAGCATTAGGTATATCTCCTAATGCTATCTTTCTGTATTTTTAAGCTATGATTAATCTGTAATGAATATCTCTCCCGTATCTTTAAATGATAACAAACAAACTACATGGCAATGACAAACATTCAATAGTTTTATACTTGTGACTATACTTGTTACCATTCTAGAAGACGTCGTTTGAAGCTCAATCATATGTTTATTCACAAATGCCCTGTGAATAGACACTCTGGCCATTTCCCATGTCAACAGAGACTTCAACTTTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTTTATTATTATACTGTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAACGTGCAGGTTAGTTACAAATGTATACATGTGCCATGTCGGTGTGCTGCACCCATTAACTTGTCATTTAGCATTAGGTATATCTCCTAATGCTAACCCTCCTCCCTCCCTCCACCCCAAAACAGTCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAATATGCGGTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGTGATAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGTGTAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCATATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGATATTTGGGTTGATTCCAAGTCGTTGCTATTGTGAGTAGTGCTGCAATAAATATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGTAGCATGATTTATAATCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAGCGGTATTTCTAGTTCTAGACCCCTGAGGAATCACCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAACTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCTGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATCGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTGTGATTTGCATTTTTGTGATGGCCAGTGATGATGAGCATTTTTTCAAGTGCTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTCAGAAGTGTCTGTTCATATCCTTCACCCACTTTTTGATGCGGTTGTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTGGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTCGTCAGATGAGTAGATTGCAAAAATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGCCTATTCACTCTGATGGTGGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTTATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGACATGAAGTCCTTGCCCATGCCTATGTCCTGAGTGGTATTGCCTAGGTTTTCTTCTAGGATTTTTATGGTTTTAGGTCTAACATTTAAGTCTTTGATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATAAGGTGTAAAGAAGGGATCCAGTTTCAGATTTCTACATACGGCTAGTCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGTTTTTGTCAAGTTTGTCAAAGATCAGATCATTGTAGATGTGTGGTATTATTTCTGTTGGCTCTGTTCTGTTCCATTGGTCTACATCTCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACTGTAGCCTTGTAGTATAGTTTGAAGTCAGGTAGTGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTAGGATTGACTTGGCAATGCAGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTCCAATTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGATGGGGATGGCATTGAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACAATATTGATTCTTCCTACCTATGAGCATGGAATGTTCTTCCATTTGTTTGTATCCTCTTTTATTTCATTGAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTAAAGAGATCCTTCACGTCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGAAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTATTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGTCCATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGTTTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGGGGTTGTCTAGATGTACAATCATGTCATCTGCAAACAGGGACAATTAGACTTCATCTTTTCCTAATTGAATGCCCTTTATTCCCTTCTCCTGCCTGATAGCCCTGTCCAGAACTTCCAACACTATGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAGAACATCCCTGTCTTGTGCCTTTAAGTCATAGTCTACACATAAGATTTGTGAAAACTGAAGTGATGAAATAGAGCAGCAGGAGTGGACAGGCACTAAAGCCCAAGCTTGATGAAAAGGACAGATTCAGAAGGTTGCACCCAAGTACGCAAGTACTCAGTACTTCAAATGTGGTTGTGGGCATTTTATTTATTTATTTATTTATTTTTTTCATCAGCAGATTTTATTAAGAAGAAGAAACAGGAAATTCAAAAGCAAGTTCATTTTAAATTAGCTGGTCAGAAGAGTACAAAGAGAAAAAAAAAGAAAAGAATCAAGAAATCCTATAGGACTTTGGGATTTTTTTTAAATTTTATTATCATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTTGTTACATATGTATACATGTGCCATATTGGTGTGCTGCACCCATTAACTCATCATTTAGCATTAGGTATATCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCCCCGAAGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCTGATTGTGGGCATTTTAGCAAGATTATTGTCACTGGCCTTAAGCTCATGCCTCTTATTACTTCGTCTATCTGTCTGGAAATGGTACTGCTCTTCTTTGGAATGGTGTTTCATCATCTGTACATCAAAAGATTTAACTGCATGATTACCACTGTTTCTTAAACCTTCGTGACTTCTTTACAGCTCAGTTCACCTATGTCTCTTGTTTCTAG
Seq C2 exon
GGCACAACCATATTAACTTCCCTCACTTCTGTGCTACATGACAACAAAGAATTTCCCAACCCAGAGATGTTTGACCCTCGTCACTTTCTGGATGAAGGTGGAAATTTTAAGAAAAGTAACTACTTCATGCCTTTCTCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000165841:ENST00000371321:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.111 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0006717=p450=FE(13.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development