HsaINT0049410 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000174844 | DNAH12
Description
dynein, axonemal, heavy chain 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:2943]
Coordinates
chr3:57368810-57386253:-
Coord C1 exon
chr3:57386113-57386253
Coord A exon
chr3:57368969-57386112
Coord C2 exon
chr3:57368810-57368968
Length
17144 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTAAGT
5' ss Score
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2.2
Exon sequences
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000174844-DNAH12:NM_178504:45
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.005
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127802=AAA_8=PD(5.2=10.4)
A:
NA
C2:
PF0302810=Dynein_heavy=PU(12.4=76.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)