HsaINT0061140 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000189319 | FAM53B
Description
family with sequence similarity 53, member B [Source:HGNC Symbol;Acc:28968]
Coordinates
chr10:126395205-126432930:-
Coord C1 exon
chr10:126432582-126432930
Coord A exon
chr10:126395457-126432581
Coord C2 exon
chr10:126395205-126395456
Length
37125 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGC
5' ss Score
5.94
3' ss Seq
CTTTTCTTTTGTCTTTCCAGGGA
3' ss Score
12.39
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)